學校執行校務基金有下列情形之一者，本部得命學校限期改善；屆期未改善者，得視其情節輕重，調降學校依第九條第一項所定比率上限或限制不得支給： 一、年度決算實質短絀。 二、第八條第一項第一款至第三款人事費支出超過最近年度決算自籌收入百分之五十。 三、可用資金過低，致影響學校校務基金健全。 四、依前條之專案報告，有涉及學校校務基金執行之缺失或異常情形。 五、其他缺失或異常事項。
根據國立大學校院校務基金管理及監督辦法第30條之規定，學校執行校務基金若符合以下情形之一，本部可以要求學校在限期內改善；若在限期屆滿後仍未改善，本部可以依照情節輕重，調降學校依照第9條第1項所定比率的上限，或限制不得支給： 一、年度決算實質短絀：指的是學校的年度決算收入少於支出。 二、人事費支出超過最近年度決算自籌收入的50%：指的是學校在人事費用方面的支出超過了最近一年的自籌收入的50%。 三、可用資金過低，影響學校校務基金的健全：指的是學校的可用資金過低，導致無法健全執行校務基金。 四、根據專案報告，有涉及學校校務基金執行的缺失或異常情形：指的是根據專案報告，發現學校在校務基金的執行方面存在缺失或異常情況。 五、其他缺失或異常事項：這是指除了前述情形之外的其他缺失或異常事項，且沒有具體列舉。 有關該條款的範例參考資料可以參考《國立大學校院校務基金管理及監督辦法》本條款之修正，為公告於106年3月16日的教育部令第1060001963號令。這個範例中，可以看到對於學校執行校務基金可能出現的缺失或異常狀況，以及本部對於學校改善情況的要求和相對應的限制措施。
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