根據《科學園區貿易業務管理辦法》第9條的規定如下： 1. 使用科學園區通關系統的園區事業應與通關自動化相關業務單位分別訂立契約同意以電子文件方式扣繳相關各項費用。 根據經濟部國貿局「109年10月新制通則關說資料」，科學園區通關系統係指由科學工業園區管理局研發並實作之通關作業系統，以實現更便捷效能的通關流程，提供園區內企業的當務之急。通關自動化相關業務單位則指與科學園區通關系統相關的業務單位，如系統研發商或運維單位等。 舉例來說，當一家位於科學工業園區內的企業使用通關系統時，他們必須與提供該通關系統的業務單位訂立契約，同意以電子文件方式扣繳相關的費用。 2. 通關自動化相關業務單位應繕製各項有關單據說明，交園區事業持用。 這一項規定是要求通關自動化相關業務單位為了滿足園區事業的需求，必須準備相關的文件文件說明，並提交給園區事業機構使用。 例如，如果一個通關自動化的業務單位為了科學工業園區的企業提供通關系統，他們必須提供相關的單據和說明文件。園區事業機構可以根據這些文件來理解和使用這個通關系統。
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