機密文件，註明所長親啟者，須陳所長拆封外，餘由主任秘書拆閱，陳所長核閱後處理，或交有關單位簽辦。重要機密文件由主管人員親自詳簽意見，親送核判，如涉及重要法令案件並須檢附有關文卷陳核，普通及例行案件由承辦人員辦理，如有前案須檢附隨案簽擬，逐級陳核，經核定後發回主辦單位，逕送主辦文書人員交繕、校正、用印、編號，依普通及機要文件分別發出，文件發出後，由收發人員編號將稿件送管卷人員點收、登記、分類歸檔。
根據行政院衛生署檢疫總所辦事細則第 20 條，對於機密文件的處理程序進行了具體規定。如果文件註明由所長親啟，則需要由所長親自拆封，其餘由主任秘書拆閱，陳所長核閱後處理，或交有關單位簽辦。而對於重要機密文件，則需要由主管人員親自詳簽意見，親送核判，並在涉及重要法令案件時檢附有關文卷陳核。普通及例行案件則由承辦人員辦理，如有前案須檢附隨案簽擬，逐級陳核，經核定後發回主辦單位，逕送主辦文書人員交繕、校正、用印、編號，依普通及機要文件分別發出，文件發出後，由收發人員編號將稿件送管卷人員點收、登記、分類歸檔。 參考資料： 行政院衛生署檢疫總所辦事細則，可提供上述釋義的依據。其中的具體條文內容和程序要求，清楚地規定了機密文件的閱讀、處理以及發文程序。例如，對於重要機密文件需要主管人員親自詳簽意見、親送核判的程序，以及與法令案件相關的具體要求，都在該辦事細則中有所規範。
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