本所設檢疫組、港區衛生管理組、疫情組、秘書室、人事室、會計室及基隆、台北、高雄第一、高雄第二、台中、花蓮、蘇澳七個檢疫分所，另設北區、中區、南區、東區四個疫病監視中心，各組、室、分所、中心職掌事項依照行政院衛生署檢疫總所組織條例及實際業務情況訂定之。
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