檢疫組職掌如左： 一、關於進出口物品檢疫業務規劃事項。 二、關於進出口船舶、航空器及其工作人員、旅客等檢疫業務規劃事項。三、關於國際預防接種業務規劃、委託、辦理及證書簽發等事項。 四、關於船舶、航空器工作人員及旅客醫療急救業務之規劃事項。 五、關於各檢疫分所檢疫業務之規劃、推展、督導及管理事項。 六、關於檢疫人員訓練事項。 七、關於檢疫藥品、器材之籌劃事項。 八、關於檢疫業務資料之建立、編報、統計事項。 九、關於檢疫業務之研究發展事項。 十、關於上級交辦事項。
根據行政院衛生署檢疫總所辦事細則第 4 條的規定，檢疫組的職掌包括了進出口物品檢疫業務、船舶、航空器及其工作人員、旅客等檢疫業務、國際預防接種業務、船舶、航空器工作人員及旅客醫療急救業務、各檢疫分所檢疫業務、檢疫人員訓練、檢疫藥品、器材籌劃、檢疫業務資料建立、檢疫業務研究發展和上級交辦事項。 在這些職掌中，特別值得關注的是關於進出口物品檢疫業務規劃事項（第一項）、國際預防接種業務的委託、辦理及證書簽發等事項（第三項）、檢疫業務資料的建立、編報、統計事項（第八項）等。這些職掌的細則可以幫助檢疫組合理規劃相應的業務和執行相關的工作。
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