本法所定之處罰，除對認證機構及驗證機構之處罰，由中央主管機關為之外，由直轄市、縣（市）主管機關為之。
根據有機農業促進法第36條，本法所定之處罰，除對認證機構及驗證機構之處罰由中央主管機關為之外，由直轄市、縣（市）主管機關為之。這表示在有機農業促進法中，對於處罰的權限不僅由中央主管機關執行，也可以由直轄市、縣（市）主管機關執行。這條法規的參考資料是有機農產品生產及驗證管理法，其第24條第1項第4款規定了處罰要件，可以作為參考。
本法所定之處罰，除對認證機構及驗證機構之處罰，由中央主管機關為之外，由直轄市、縣（市）主管機關為之。
立法理由鑑於本法所定罰鍰、禁止行為、令限期改善、回收、銷毀或為其他適當之處置等，直轄市或縣（市）主管機關較中央主管機關易於迅速、明確查證相關案情，為使裁罰案件儘速確定，保障業者權益，由直轄市、縣（市）政府為之。惟認證機構及驗證機構係由中央主管機關許可認證及依認、驗證系統經營業務，其裁處由中央主管機關為之，爰為本條規定。
鑑於本法所定罰鍰、禁止行為、令限期改善、回收、銷毀或為其他適當之處置等，直轄市或縣（市）主管機關較中央主管機關易於迅速、明確查證相關案情，為使裁罰案件儘速確定，保障業者權益，由直轄市、縣（市）政府為之。惟認證機構及驗證機構係由中央主管機關許可認證及依認、驗證系統經營業務，其裁處由中央主管機關為之，爰為本條規定。
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