臺中高等行政法院判決

104年1月29日辯論終結

原告

伸浩企業有限公司

代表人

白崇賢

訴訟代理人

石佩宜 律師

被告

財政部中區國稅局

代表人

阮清華

訴訟代理人

林啓晶

牛素玲

上列當事人間營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國103年8月20日臺財訴字第10313944330號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下︰

主文

事實及理由

一、事實概要：原告係經營長程、市區電力及電信線路工程業，民國（下同）100年度營利事業所得稅結算申報，原列報營業收入淨額新臺幣（下同）87,725,660元，被告初查以原告所承攬「新北市－抽水站消防改善工程」，工期在1年以上，未依營利事業所得稅查核準則（下稱查核準則）規定計算工程損益，乃按投入成本占估計總成本之比例，調增應歸屬100年度之工程收入3,492,728元，核定營業收入淨額91,218,388元，並補徵應納稅額620,480元。原告不服，申請復查，主張略以：（一）依成本費用配合原則，應依實際發生成本認列，系爭工程經2次變更設計，並對所用材料重新估計發包，累計至101年底，耗用成本為34,820,822元，則100年度完工比例應為83.3%（29,007,232元÷34,820,822元），請重新核定。（二）100年度因其員工於進行臺北大眾捷運股份有限公司（下稱臺北捷運公司）南港線水電照明系統設備之保養維護工作時，竊取該公司電纜，遭沒收履約保證金3,559,274元，致原告遭受損失，該金額應可在損失發生年度認列，若日後有收回，再於收回年度認列收入云云。案經被告審查認為：（一）原告於99年12月6日與新北市政府（原臺北縣政府，下稱新北市政府）簽訂系爭抽水站消防改善工程合約，依新北市政府水利局102年8月5日北水抽字第1022353699號函及第2次變更設計總表所示，該工程經2次變更設計，原告未報竣工，亦未辦理契約竣工驗收作業，為工期1年以上之工程，原依查核準則第24條規定，以完工比例法，按投入成本29,007,232元占估計總成本32,815,147元（第2次變更設計後合約總價36,790,289元－營業稅1,751,919元－利潤及管理費2,223,223元）之比例88.4％，調增系爭工程應歸屬100年度之工程收入3,492,728元〔工程總價35,038,370元（未含稅）×88.4％－已申報收入27,481,191元〕，並無不合。原告主張101年底耗用成本累計34,820,822元，100年度完工比例應為83.3％等，係誤解法令，委無足採。（二）原告訴稱該年度曾遭臺北捷運公司沒入履約保證金3,559,274元，營業收入應扣除該筆損失乙節，惟原告辦理100年度營利事業所得稅結算申報，並未列報該筆損失，且為原告內部管控疏失，致其員工得利用職務機會，竊取臺北捷運公司之電纜，難謂係原告經營本業及附屬業務所生，實屬員工個人與原告間之內部賠償關係，尚不得以此項損害，列報為原告經營本業之損失，是原告所訴核不足採等為由，乃作成103年5月19日中區國稅法一字第1030007078號復查決定駁回其復查之申請（下稱原處分）。原告仍表不服，提起訴願，惟遭訴願駁回，遂提起本件行政訴訟。

二、本件原告主張：

（一）按租稅法律主義，其內涵包括課稅要件法定主義、課稅要件明確主義、合法性原則、程序上的保障原則、納稅者的權利保護以及關於禁止溯及立法等。其中課稅要件法定主義者，係指有關租稅之最重要事項，諸如究竟何者，應該繳納何種租稅、其租稅額應該依何種基礎計算、所應繳交之稅額又是若干，必定是由法律預先加以規定。（最高行政法院95年度判字第1712號判決參照）次按完工比例法之作用，主要是透過預估之收入來決定「當期營業收入」，以符合會計上以權責基礎計算收益之要求，故其對營業收入之認定有其意義。從而本於租稅法律主義之精神，除法律別有規定外，被告自不得以實質課稅為由，否准或調整納稅義務人應納稅額。

（二）原處分逕以修正後之工程合約總價計算核增應認列之營業收入，不當加重人民租稅負擔，有違收入與成本費用配合原則及量能課稅原則：

⒈長期工程合約之工程合約價款如有變動時，應作為會計估計變動處理，亦即將變動差額於變動年度即行調整：

⑴按所得稅法第24條第1項、查核準則第24條第1項前段及第4項之規定，營利事業承包工程之工期在1年以上，有關工程損益之計算，應採完工比例法；而完工比例之計算如依工程成本比例法，應以投入成本占估計總成本之比例計算之；又工程損益計算方式，係「累積工程損益＝工程合約價款×累積投入成本／估計總成本當期工程利益＝累積工程利益－前期累積工程損益」。次按財務會計準則第11號公報「長期工程合約之會計處理準則」第18點之規定，將變動差額於變動年度即行調整增（減）工程合約價款或估計總成本；另按財務會計準則第8號公報「會計變動及前期損益調整之處理準則」第6點規定、財務會計準則第9號公報「或有事項及期後事項之處理準則」第19點規定，可知工程合約價款或估計總成本的變動原因，只要是發生於資產負債表日前者，仍應為適當的調整。

⑵惟查核準則對於工程合約價款變動應如何處理及變動年度之認定，未有明文規定，則按行為時查核準則第2條第1、2項之規定，營利事業所得稅之調查、審核，於稅捐稽徵法、所得稅法及查核準則未有規定時，得參照財務會計準則公報之相關規範處理。從而辦理營利事業所得稅結算申報時，如其長期工程合約之工程合約價款或估計總成本有變動時，非不得依前揭財務會計準則第8、9及11號公報規定調整其數額。

⑶惟被告於原核定、原處分及訴願決定時均逕稱依照第2次變更設計後合約總價作為會計估計變動年度之認定，可見被告對財務會計準則公報第8號第6點有關會計估計變動之定義顯有誤解，故本件100年度之工程合約價款之會計事項，若查核準則無規定者，被告自應依財務會計準則公報之規定為查核。

⒉按查核準則第2條第1項及第2項，係規定有關營利事業所得稅結算申報之調查、審核等事項之行政命令，故就無違法律規定意旨及相關法律原則者，自得作為營利事業所得稅查核之依據，而查核準則第24條關於完工比例法之規定，乃是本於營利事業所得稅採權責發生制之精神而為之規範，其內容與所得稅法第22條關於營利事業所得稅結算申報採權責發生制之意旨相符。現行稅法對工程損益之認列，除查核準則第24條有具體之規定外，僅於所得稅法第22條及查核準則第27條揭明應採「應計基礎」之原則。財政部鑒於IFRSs與現行財務會計及所得稅法規定對於部分損益項目屬已實現或未實現之見解尚有不同，為期減少爭議，爰依商業會計法第10條，並參照查核準則第63條第1項規定，於所得稅法第22條增訂損益實現認列原則，該草案增訂內容:「營利事業會計基礎採用權責發生制，其未實現之收益、成本、費用或損失，除本法、其他法律另有規定或經財政部核定者外，不予認列，俟實現時，列為實現年度之收益、成本、費用或損失。」「前項所稱實現，指基於法律規定或契約關係，收益於確定應收，已有請求給付之權利；成本、費用或損失於確定應付，已有支付之義務。」有最高行政法院95年度判字第1486號判決、91年度判字第2397號判決及高雄高等行政法院90年度訴字2126號判決意旨，足資參照。

⒊準此，長期工程合約之工程合約價款或估計總成本有變動時，其變動差額於變動年度即行調整，惟查原告辦理100年度營利事業所得稅結算申報，其所以申報工程收入27,481,191元，係因系爭工程因原先設計不良，而有變更設計之必要，從而依據新北市抽水站案100年所開立的銷貨發票至100年5月20日止為24,476,932元再加上於101年初開立2,579,511元共27,056,443元，又101年5月要做100年的結算申報時當下無法確定正確的合約金額及真實的完工進度，故才以101年補開的銷貨發票為基準（101年第1筆開出，應是對應100年工程進度程度做請款）（計算方式為27,056,443／合約金額34,419,538 =78.6％;再多估1.24％合計79.84％）。且上開結算驗收係於100年度營利事業所得稅結算申報截止日（101年5月31日）前無法確定，原告與新北市政府之合約亦尚未確定，非屬財務準則公報第9號第19點規定需調整財務報表之期後事項，故100年度原告就實際結算總價屬合理調整，與查核準則第24條規定無違。此有業主於101年5月29日之抽水站消防改善工程第1次變更設計議定書、101年12月28日抽水站消防改善工程第2次變更設計議定書可稽，亦可證原告於100年營利事業所得稅結算申報時，申報工程收入27,481,191元確有理由，並無任意調整以降低營業收入之情形。

（三）本案之爭點應為：查核準則第24條第5項第1款「……1、工程成本比例法，即按投入成本占估計總成本之比例計算。」中之「總成本」究竟為「當期總成本」或「最終總成本」？兩造對作為計算總成本的基數有所歧見：

⒈依文義解釋，查核準則第24條第5項第1款「……1、工程成本比例法，即按投入成本占估計總成本之比例計算。」中明訂為「估計之總成本」，完工比例法本為預估之總成本，非最終議定之總成本，故應以當年會計年度做結算申報。

⒉完工比例法與全部完工法計算公式與標準均有差異，租稅額應該依何種基礎計算，立法者本就設計多種方式供納稅義務人自行選擇，並非僅被告選擇之計算方式方適法，此由完工比例法與全部完工法計算公式不同、完工比例法依營利事業所得稅查核準則第24條第5項亦提供3種計算方式可知。

⒊再者，完工比例法依財務會計準則第11號公報「長期工程合約之會計處理準則」貳、說明第8點規定「完工比例法之優點為損益配合工程進度於施工之會計認列;其缺點為各期之損益與工程進度係較主觀之估計。」可知，計算完工比例定是配合各期損益及進度做推估，若依被告之算法等同於係以全部完工法做每期認列，顯有錯誤。

⒋而按完工比例法依財務會計準則第11號公報「長期工程合約之會計處理準則」參、會計準則第11點規定「銷售及管理費用不列入工程成本。但如採全部完工法，且可明確歸屬於某一特定合約時，得列入該合約之工程成本。」查被告103年11月4日行政訴訟答辯狀第4頁第3行將管理費用一併算入，可知被告稱依照完工比例法卻依照全部完工法計算工程成本，顯屬誤解法律規定及會計準則，明確違反財務會計準則第11號公報之計算方式。

⒌又公司組織者應採用權責發生制，按「會計基礎，凡屬公司組織者，應採用權責發生制……。」為所得稅法第22條第1項前段所明定。又所謂營利事業會計基礎採用權責發生制，係其未實現之收益、成本、費用或損失，除所得稅法、其他法律另有規定或經財政部核定者外，不予認列，俟實現時，列為實現年度之收益、成本、費用或損失；另所稱實現，指基於法律規定或契約關係，收益於確定應收，已有請求給付之權利；成本、費用或損失於確定應付，已有支付之義務（所得稅法第22條修正條文草案參照）。是採所謂權責發生制，收益於確定應收時及費用於確定應付時，即行入帳，查原告辦理100年度營利事業所得稅結算申報，即係以當期所需申報並加上預估值計算，符合權責發生制之會計基礎並無違誤。

（四）被告誤解查核準則第24條第4項、第5項第1款（原為第3項、第4項第1款）的完工定義，逕依次會計年度即101年12月28日所簽的第2次變更設計議定書作為計算總成本的基數，用以認列調整工程收入之依據容有錯誤：

⒈查核準則對於工程合約價款變動應如何處理及變動年度之認定，未有明文規定，則按行為時查核準則第2條第1、2項之規定，營利事業所得稅之調查、審核，於稅捐稽徵法、所得稅法及查核準則未有規定時，得參照財務會計準則公報之相關規範處理，已如上詳。則工程合約價款或估計總成本如有變動時，應依財務會計準則第11號公報「長期工程合約之會計處理準則」第18點規定，作為會計估計變動處理，亦即將變動差額於「變動年度」即行調整增（減）工程合約價款或估計總成本。被告於原核定、原處分及訴願決定時均稱以查核準則第24條第3項所稱實際完工日期作為會計估計變動年度之認定，可見被告實係曲解查核準則第24條第3項之規定，而予以套用在財務會計準則公報對會計估計變動年度之認定。

⒉依被告103年11月4日行政訴訟答辯狀理由第1點第6行以下，被告直指應以實際完工作為總成本計算，但依照臺北國稅局新聞稿可知，實際完工是用來區分工程進度究竟應該在何年認列：「營利事業承包工程實際完工日期之認定財政部臺北市國稅局表示，營利事業承包工程，其工程損益之計算不論採完工比例法或全部完工法，均應注意實際完工日期之認定。該局指出，營利事業所得稅查核準則第24條第3項規定，實際完工日期之認定，應以承造工程實際完成交由委建人受領之日期為準，如上揭日期無法查考時，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準；其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準。舉例說明，甲公司承攬一道路改善工程，已於96年12月20日驗收合格，惟甲公司以委建人核發同意驗收結案公文之發文日期（97年3月10日）為實際完工日期，將該工程收入及相關成本、費用列報於97年度營利事業所得稅結算申報。經該局查核後，發函向委建人查證，委建人函復略以，驗收合格日期96年12月20日，為主驗人查驗廠商履約結果，確認與契約、圖說之規定相符之日期，即實際完工日期；而同意驗收結案日期97年3月10日為委建人發函通知監造單位辦理後續估驗末期款等事宜之日期。則其自96年12月20日驗收合格，至97年3月10日發函同意驗收期間，係依據工程契約規定處理工程展延事項及辦理付款作業，該局依據前揭查核準則規定，認定96年12月20日為實際完工日，並將該工程收入1,000萬元及成本費用等700萬元轉至96年度認列，核定應補徵稅額。該局提醒，營利事業承包工程，應注意實際完工日期之相關規定，以免影響工程損益之計算。

（五）原告計算方式本合於會計準則規定：

⒈按「會計基礎，凡屬公司組織者，應採用權責發生制……。」為所得稅法第22條第1項前段所明定。又所謂營利事業會計基礎採用權責發生制，係其未實現之收益、成本、費用或損失，除所得稅法、其他法律另有規定或經財政部核定者外，不予認列，俟實現時，列為實現年度之收益、成本、費用或損失；另所稱實現，指基於法律規定或契約關係，收益於確定應收，已有請求給付之權利；成本、費用或損失於確定應付，已有支付之義務（所得稅法第22條修正條文草案參照）。

⒉是採所謂權責發生制，收益於確定應收時及費用於確定應付時，即行入帳，查原告辦理100年度營利事業所得稅結算申報，其所以申報工程收入27,481,191元，係因系爭工程因原先設計不良，而有變更設計之必要，無法辦理竣工，從而依據新北市抽水站案100年所開立的銷貨發票至100年5月20日止為24,476,932元再加上於101年初開立2,579,511元共27,056,443元，又101年5月要做100年的結算申報時當下無法確定正確的合約金額及真實的完工進度，故才以101年補開的銷貨發票為基準（101年第一筆開出，應是對應100年工程進度程度做請款）（計算方式為27,056,443／合約金額34,419,538 =78.6％;再多估1.24％合計79.84％），是被告依照申報時完全不存在之契約做為認列完工比例為88.4％，實屬有誤。

（六）綜上述，被告既已肯認本件應採完工比例法，僅對總成本之解釋有所誤解，今原告合於查核準則第24條第5項第1款之規定，被告實不應僅泛稱依實質課稅原則並不影響原告權益云云，添加法律所無之限制，違反並凌駕租稅法律主義等語，並聲明：

⒈原處分（即復查決定）及訴願決定均撤銷。

⒉訴訟費用由被告負擔。

三、被告則以：

（一）按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」「經營本業及附屬業務以外之損失……不得列為費用或損失。」為所得稅法第24條第1項前段及第38條所明定。次按「營利事業承包工程之工期在1年以上，有關工程損益之計算，應採完工比例法……前兩項所稱完工，係指實際完工而言，實際完工日期之認定，應以承造工程實際完成交由委建人受領之日期為準，如上揭日期無法查考時，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準。第1項所稱完工比例，可採下列方法計算之：一、工程成本比例法，即按投入成本占估計總成本之比例計算。」為查核準則第24條第1項前段、第3項及第4項第1款所規定。

（二）原告係經營長程、市區電力及電信線路工程業，100年度營利事業所得稅結算申報，列報營業收入淨額87,725,660元，全年所得額1,762,313元，經被告所屬彰化分局以原告所承攬新北市政府抽水站消防改善工程，未依首揭查核準則規定計算100年度工程損益，乃重新計算調增工程收入3,492,728元，併同其他工程調減營業成本計157,154元，核定營業收入淨額91,218,388元及全年所得額5,412,195元。原告主張所承攬新北市政府抽水站消防改善工程，為一超過1年工期之工程，依成本費用配合原則應依實際發生成本認列，該工程經過2次變更設計並重新對所用材料進行估計發包，累計至101年底耗用成本為34,820,822元，則100年度完工比例應為83.3％（29,007,232元／34,820,822元），被告所屬彰化分局卻依合約計算耗用成本，調增系爭年度營業收入3,492,728元，請核實認列。另其100年度因員工於進行臺北捷運公司之南港線水電照明系統設備保養維護工作時，竊取該公司電纜，遭沒收履約保證金3,559,274元，致其遭受損失，應可在損失發生年度認列該筆損失金額，若日後有收回再於收回年度認列收入云云。經被告復查決定以：原告係於99年12月6日與新北市政府簽訂抽水站消防改善工程合約，依新北市政府水利局102年8月5日北水抽字第1022353699號函及第2次變更設計總表所示，該工程經2次變更設計，原告未報竣工，亦未辦理契約竣工驗收作業，為工期在1年以上之工程，被告所屬彰化分局遂依首揭查核準則規定，以完工比例法按投入成本29,007,232元占估計總成本32,815,147元（第2次變更設計後合約總價36,790,289元－營業稅1,751,919元－利潤及管理費2,223,223元）之比例88.4%，計算調增應歸屬該年度工程收入3,492,728元〔工程總價35,038,370元（未含稅）×88.4％－已申報收入27,481,191元〕，核定營業收入淨額91,218,388元，原告雖主張累計至101年底耗用成本為34,820,822元，100年度完工比例應為83.3％，惟依前揭查核準則規定，所稱完工比例應按投入成本占估計總成本之比例計算，是被告所屬彰化分局按投入成本29,007,232元占估計總成本32,815,147元計算完工比例為88.4％並無不合，原告主張應無足採。次查原告主張該年度營業收入應扣除遭臺北捷運公司沒入履約保證金所受損失3,559,274元乙節，按原告100年度營利事業所得稅結算申報原未列報該筆損失，且原告係因員工竊取臺北捷運公司電纜致遭沒入履約保證金3,559,274元，係原告內部管控疏失，致其員工得利用職務機會竊取臺北捷運公司之電纜，難謂係其經營本業及附屬業務所發生，實屬員工個人與原告間之內部關係，若因而致其蒙受損害，亦僅對原告負賠償責任，不得以此項損害列報為原告經營本業之損失，此有最高行政法院90年度判字第30 1號判決可資參照，是原告主張亦無足採。原核定營業收入淨額91,218,388元及全年所得額5,412,195元並無不合，應予維持。原告仍不服，提起訴願，嗣經財政部訴願決定持與被告相同之論見予以維持。

（三）訴訟意旨略謂：原告主張其就所承攬新北市政府抽水站消防改善工程合約列報收入與查核準則第24條規定無違，被告以修正後之工程合約總價計算核增認列之營業收入，不當加重人民租稅負擔，有違收入與成本費用配合原則及量能課稅原則，請核實認列云云。

（四）查本件原告100年度營利事業所得稅結算申報，原列報「新北市－抽水站消防改善工程」工程收入27,481,191元；被告所屬彰化分局以原告於99年12月6日與新北市政府簽訂系爭工程合約，嗣分別於101年5月29日及101年12月28日簽訂第1次及第2次變更設計議定書，經向新北市政府水利局函查，原告尚有1抽水站未取得消防合格證明文件而未報竣工，亦未辦理契約竣工驗收作業，有原告100年度工程損益計算表、抽水站消防改善工程第1次、第2次變更設計議定書及新北市政府水利局102年8月5日北水抽字第1022353699號函附卷可稽，審認系爭工程之工期在1年以上，乃依首揭查核準則第24條規定，以完工比例法計算系爭工程於該年度之工程損益，按投入成本29,007,232元占估計總成本32,815,147元（第2次變更設計後合約總價36,790,289元－營業稅1,751,919元－利潤及管理費2,223,223元）之比例88.4％，調增應歸屬100年度之工程收入計3,492,728元〔工程總價35,038,370元（未含稅）×88.4％－已申報收入27,481,191元〕，揆諸首揭規定，並無不合，應予維持。

（五）綜上所述，原核定、原處分及訴願決定並無違誤等語，以資抗辯，並聲明判決求為駁回原告之訴。

四、本院查，上揭事實概要欄所載之事實，除後列之爭點事項外，其餘兩造所不爭執，並有原處分書、抽水站消防改善工程契約書、被告100年度營利事業所得稅結算申報核定通知書、原告復查申請書（一）、原告復查申請書（二）、抽水站消防改善工程第1次變更設計開標／議價決標／流標／廢標紀錄、原告（議價專用）標單、抽水站消防改善工程第1次變更設計建議底價簽辦及底價核定單、抽水站消防改善工程第1次變更設計議定書、抽水站消防改善工程第1次變更設計開標／議價／決標／流標／廢標紀錄、抽水站消防改善工程第1次變更設計第1次議價標單、抽水站消防改善工程第1次變更設計建議底價簽辦及底價核定單、抽水站消防改善工程第1次變更設計議定書、抽水站消防改善工程第2次變更設計開標／議價／決標／流標／廢標紀錄、抽水站消防改善工程第2次變更設計第4次議價標單、抽水站消防改善工程第2次變更設計議定書、抽水站消防改善工程第2次變更設計總表、原告101年度營利事業所得稅結算100年度未分配盈餘申報書、原告101年12月31日資產負債表、原告101年度營利事業投資人明細及分配盈餘表、原告101年度股東可扣抵稅額帳戶變動明細申報表、原告101年度工程損益計算表、原告101年度未完工程分析表、原告101年度工程成本期末在建工程明細表、原告完工比例法工程損益計算明細表、原告100年度營利事業所得稅結算99年度未分配盈餘申報書、原告100年度營利事業所得稅結算申報書、原告100年12月31日資產負債表、原告100年度營業成本明細表、原告100年度工程損益計算表、原告履約保證金－臺北捷運公司沒入收據、財務會計準則第8號公報、財務會計準則第9號公報、財務會計準則第11號公報等件附卷可稽，為可確認之事實。

五、歸納兩造上述主張，本件之爭執重點厥為被告以系爭工程為工期1年以上之工程，乃按工程成本比例法計算完工比例，調增應歸屬100年度之工程收入3,492,728元，並補徵應納稅額620,480元，有無違誤？茲敘述如下：

（一）按「會計基礎，凡屬公司組織者，應採用權責發生制……。」「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。」為所得稅法第22條第1項前段及第24條第1項前段所明定。又所謂營利事業會計基礎採用權責發生制，係其未實現之收益、成本、費用或損失，除所得稅法、其他法律另有規定或經財政部核定者外，不予認列，俟實現時，列為實現年度之收益、成本、費用或損失；另所稱實現，指基於法律規定或契約關係，收益於確定應收，已有請求給付之權利；成本、費用或損失於確定應付，已有支付之義務而言。是採所謂權責發生制，收益於確定應收時及費用於確定應付時，即行入帳，營利事業如因銷售行為所生之應收帳款產生即應計入應收帳目，不以實際上已收到帳款為限。

（二）次按「（第1項）營利事業所得稅之調查、審核，應依稅捐稽徵法、所得稅法及本準則之規定辦理，其未經規定者，依有關法令之規定辦理。（第2項）營利事業之會計事項，應參照商業會計法、商業會計處理準則及財務會計準則公報等據實記載，產生其財務報表。至辦理所得稅結算申報時，其帳載事項與所得稅法、所得稅法施行細則、促進產業升級條例、促進產業升級條例施行細則、中小企業發展條例、企業併購法……本準則及有關法令之規定未符者，應於申報書內自行調整之。……。」「（第1項）營利事業承包工程之工期在1年以上者，有關工程損益之計算，應採完工比例法。……（第3項）前2項所稱完工，係指實際完工而言，實際完工日期之認定，應以承造工程實際完成交由委建人受領之日期為準，如上揭日期無法查考時，其屬承造建築物工程，應以主管機關核發使用執照日期為準，其屬承造非建築物之工程者，應以委建人驗收日期為準。（第4項）第1項所稱完工比例，可採下列方法計算之：一、工程成本比例法，即採投入成本占估計總成本之比例計算。二、工時進度比例法，即按投入工時或人工成本占估計總工時或總人工成本之比例計算。三、產出單位比例法，即按工程之產出單位占合約總單位之比例計算。……。」「凡應歸屬於本年度之收入或收益，除會計基礎經核准採用現金收付制者外，應於年度決算時，就估計數字，以『應收收益』科目列帳。」為行為時查核準則第2條第1項、第2項、第24條第1項前段、第3項及第4項及第27條前段所明定。又查核準則係規定有關營利事業所得稅結算申報之調查、審核等事項之行政命令，故就無違法律規定意旨及相關法律原則者，自得作為營利事業所得稅查核之依據。而上述查核準則第24條關於完工比例法之規定，乃是本於營利事業所得稅採權責發生制之精神而為之規範，核與推計課稅有別；並其內容與所得稅法關於營利事業所得稅結算申報採權責發生制之意旨相符，自應予以援用。且就此等工程損益之會計事項，若於查核準則無規定者，稽徵機關自應依財務會計準則公報之規定為查核甚明（最高行政法院95年度判字第1486號判決意旨參照）。

（三）又按，「工程合約價款或估計工程總成本如有變動時，應作為會計估計變動處理。」「會計變動包括會計原則變動及會計估計變動。」「會計估計變動係指因新經驗之累積、新資料之獲得或新事項之發生而修正以往之估計。由於企業經營具有不確定性，故使財務報表中許多項目僅能估計而無法精確衡量。……」「會計估計變動之影響應以下列方式處理：（1）若估計變動僅影響當期……，應於當期處理，不得調整前期損益。（2）若估計變動影響當期及以後數期……，應於當期及以後各期處理，不調整以前各期損益……。」分別為財務會計準則公報第11號「長期工程合約之會計處理準則」第18段及第8號「會計變動及前期損益調整之處理準則」第3段、第6段、第13段所明定（參見本院卷第56頁、第57頁、第67頁）。關於前述完工比例法所稱之「完工比例」，行為時查核準則固有關於得採工程成本比例法計算，暨所謂工程成本比例法即按投入成本占估計總成本之比例計算之規範，然就估計之工程總成本如有變動時，其各期總成本應如何認定一節，則無規定，故依上開所述，就此工程損益之會計事項，自應依前述財務會計準則公報之規定為之。亦即，長期工程合約價款或估計工程總成本如有變動，應作為會計估計變動處理，且應於估計之工程總成本變動當期，改依變動後之金額計算之，而不調整以前各期損益（最高行政法院95年度判字第1486號、103年度判字第536號判決意旨參照）。因此，被告主張「既然查核準則有規定如何計算完工比例、怎麼叫做驗收，被告當然要依照這樣的準則處理，不可能不用有的規定而用財務公報來處理，除非沒有規定或規定不清楚，我們才會引述財務會計準則公報或其他規定，但本件查核準則已經規定的很清楚，不需要再引財務會計準則公報。」云云，容屬誤解，洵非可取。

（四）經查，本件原告於99年12月6日與新北市政府簽訂系爭工程合約，嗣分別於101年5月29日及101年12月28日簽訂第1次及第2次變更設計議定書，原契約總價32,423,321元、第1次變更設計後合約總價36,143,051元、第2次變更設計後合約總價36,790,289元，被告所屬彰化分局為查明原告承攬系爭工程相關變更驗收事宜，向新北市政府水利局函查，經該局答覆本工程涵蓋68座抽水站，原告尚有1抽水站未取得消防合格證明文件而未報竣，亦未辦理契約竣工驗收作業，分別有系爭工程契約書、抽水站消防改善工程第1次、第2次變更設計議定書、第2次變更設計總表及新北市政府水利局102年8月5日北水抽字第1022353699號函附被告卷可稽（參見原處分卷第330頁、第335頁至第339頁、第341頁、第385頁及第381頁）。依契約內容所載，系爭工程屬長期工程合約，並以實做數量計算工程價款，且在新北市政府水利局102年8月5日答覆時，該工程尚未完工，其工期顯在1年以上，依上開規定及說明，其工程損益之計算，應採完工比例法，並無疑義。然關於系爭工程之合約價款及估計工程總成本（即合約總價減除營業稅、利潤及管理費之差），均是於101年度發生變動，依照上開說明，長期工程合約價款或估計工程總成本如有變動，應作為會計估計變動處理，且應於估計之工程總成本變動當期，改依變動後之金額計算之，而不調整以前各期損益。而此完工比例法之規範，不僅是稽徵機關於查核時所應遵循，營利事業亦應據之為營利事業所得稅之申報，故若如被告主張，應以嗣後變動之成本作為前期核算之依據，將使租稅法律關係處於不確定之狀態，自有違租稅安定原則。從而，被告所屬彰化分局依完工比例法，並參考原告所核認之第2次變更設計總表（參見原處分卷第330頁）及100年度工程損益計算表（參見原處分卷第346頁），按100年度投入成本29,007,232元占估計總成本32,815,147元（即第2次變更設計後合約總價36,790,289元－營業稅1,751,919元－利潤及管理費2,223,223元）之比例88.4％，計算調增應歸屬該年度工程收入3,492,728元〔工程總價35,038,370元（未含稅，即36,790,289元÷1.05）×88.4％－已申報收入27,481,191元〕，核定營業收入淨額91,218,388元（參見原處分卷第295頁、第356頁），即難謂無違誤。

（五）雖被告復主張「本件並沒有加重人民負擔，原告100年與101年稅率都是一樣的，且該2年原告申報及核定的課稅所得額都是正數，所以不管收入是放在100年或101年補的稅會一樣，因為總工程收入是一樣的。除非有哪年度的課稅所得額是負數或2個年度的稅率不同才會有影響，否則課稅所得額都是正數，稅率都是17％，並不會加重人民的負擔。」云云。然按，營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額，為所得稅法第24條第1項所明定，此即收入與成本費用配合原則之具體規定。該原則乃會計上決定一期間損益的程序。收入實現之前，必有成本與費用之支出。這些支出，無論直接或間接的，只要與收入之獲得具有關聯，就應在收入認定期間之同時，予以認定，而使得此一期間的收入與費用相互配合，以正確地決定此一期間之損益。又配合原則係建立於應計基礎會計之上，在衡量收入與費用配合之中，必須觀察費用產生之目的。如一項支出或成本，乃為賺取本期之收入而發生者，則認定為本期之費用，並與本期收入相配合，以決定本期之損益。如一項支出或成本為賺取另一期間之收入而發生者，或對未來期間之收入有所貢獻，則認定為另一期間之費用，並與另一期間之收入相配合，以決定另一期間的損益，而不能認定為本期之費用。是故，損益之計算應有同一期間歸屬及認列之問題，若有歸屬及認列錯誤之情形，並不能以不同年度間其課稅所得額同為正數且稅率相同，不致影響當事人權益等由而使之合理化。況且，本件系爭工程之合約價款及估計工程總成本，均是於101年度發生變動，依前揭會計估計變動處理原則，自應於變動101年度當期改依變動後之金額計算之，而不調整以前各期損益，被告依職權調整原告100年度之損益，並命原告應於100年度補繳稅額，亦影響原告何時補繳稅額之利益。又被告所稱最高行政法院91年度判字第2397號、93年度判字第356號判決，均與本件事實不盡相同，且其亦是闡明須在變動當期始得予以調整之意旨，被告援引用以主張其以系爭工程101年12月28日第2次變更設計後合約總價36,790,289元作為估計總成本之基礎，並核算調增原告應歸屬100年度工程收入並無不合等語，即難認為無誤。

六、綜上所述，原處分（即復查決定）核有違誤，訴願決定未予糾正，遞予維持，亦有未合，原告訴訟意旨求予撤銷訴願決定及原處分（即復查決定），為有理由，應予准許。

七、兩造其餘主張，均不影響本件判決之結果，無庸逐一論究，附此敘明。

據上論結，本件原告之訴為有理由，依行政訴訟法第98條第1項前段，判決如主文。

臺中高等行政法院第三庭