臺北高等行政法院判決

100年8月4日辯論終結

原告

力晶科技股份有限公司

代表人

黃崇仁（董事長）住同上

訴訟代理人

袁金蘭 會計師

訴訟代理人

張憲瑋 律師

被告

財政部臺灣省北區國稅局

代表人

吳自心（局長）

訴訟代理人

徐崇華

　王欽輝

上列當事人間營業稅事件，原告不服財政部中華民國99年10月11日台財訴字第09900346960 號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：

主文

事實及理由

一、事實概要：原告（原名：力晶半導體股份有限公司，99年6月7 日變更登記為力晶科技股份有限公司）民國（下同）96年11-12 月及97年11-12 月營業稅申報，係採「比例扣抵法」計算進項稅額不得扣抵比例，調整營業稅額。嗣於99年3月25日、3 月26日及4 月8 日檢附相關資料，主張符合兼營營業人營業稅額計算辦法（下稱兼營計算辦法）第8 條之1規定及財政部99年3 月29日台財稅字第09904501540 號函釋（下稱財政部99年3 月29日函釋）意旨，申請更正96年11-12 月及97年11-12 月兼營營業人營業稅額計算方法改採「直接扣抵法」計算調整營業稅額，溢繳之營業稅額96年11-12月新臺幣（下同）14,714,633元、97年11 -12月28,162,978元轉列為留抵稅額。案經被告審理結果，以99年5 月12日北區國稅竹市三字第0990002632號函復（下稱原處分）略以，經查尚無95年12月21日修正兼營計算辦法第8 條之1 、第8條之2 及第8 條之3 適用，否准其申請。原告不服，提起訴願經決定駁回，遂提起本件行政訴訟。

二、兩造聲明：

㈠原告聲明：⒈訴願決定及原處分均撤銷。⒉應命被告就原告99年3 月25（97年11－12月部分）、26日（96年11－12月部分）二申請案，分別作成准許原告就96年11－12月溢繳營業稅款，計14,714,633元、97年11－12月溢繳營業稅款計28,162,978元部分，轉列為留抵稅額之行政處分。

㈡被告聲明：原告之訴駁回。

三、本件原告主張：

㈠原告96年最後一期及97年最後一期營業稅辦理更正申報改採直接扣抵法，係依財政部99年3 月29日函釋及財政部99年3月24日新聞稿辦理，被告應予准許：

⒈原告於96及97年度之營業情形，因投資而有免徵營業稅之股利收入，故在營業稅方面成為兼營應稅業務及免稅業務之兼營營業人；依財政部78年5 月22日台財稅字第780651695 號函規定「..兼營投資業務之營業人於年度中所收之股利收入，為簡化報繳手續，得暫免列入當期之免稅銷售額申報，俟年度結束，將全年股利收入，彙總加入當年度最後一期之免稅銷售額申報計算應納或溢付稅額..」，原告爰於96年最後一期及97年最後一期營業稅申報書，分別將96年及97年全年股利收入，納入申報並計算應納稅額。然原告於首次申報上述96年最後一期及97年最後一期營業稅時，原係採用比例扣抵法（即以免稅收入佔全部收入比例，計算不得扣抵之進項稅額），而分別於99年3 月26日及99年3 月25日申報更正改採直接扣抵法（即就可直接歸屬之進項稅額直接歸屬，不可直接歸屬者方以比例計算之方式）。

⒉財政部於99年3 月24日所發布新聞稿指出「近日內發布解釋令針對兼營營業人於95年12月22日以後，..已採用比例扣抵法計算調整稅額申報營業稅且於該新令發布日以前尚未核課確定之案件，可適用直接扣抵法計算調整稅額。..該部95年12月21日修正『兼營營業人營業稅額計算辦法』..，免經向主管稽徵機關申報核准採用直接扣抵法，即可自行選用直接扣抵法計算調整稅額..爰參照稅捐稽徵法第1 條之1 規定之精神，同時於上開辦法修正之日，一併發布解釋函（即財政部95年12月21日台財稅字第09504563401 號函）規定對於尚未核課確定之各年度案件，均可適用前揭修正辦法。惟據營業人反映，上開函釋未明確各年度之適用期限，致該辦法修正後自行選用比例扣抵法申報案件，得否改採直接扣抵法調整計算稅額，產生適用疑義。..鑒於上開財政部函（註：指95年12月21日函）規定所稱『各年度案件』定義未明，產生適用爭議，將於近日內發布解釋令予以明釋，以利徵納雙方遵循，至95年12月22日以後採用比例扣抵法之申報案件，於該令發布日前，業經營業人申請更正或已提起行政救濟尚未核課確定者，基於信賴保護原則，仍准採直接扣抵法更正。」。

⒊嗣後財政部即發布99年3 月29日函釋，明確規定前述財政部95年12月21日函所稱「各年度案件」，係指95年12月21日以前申報之營業稅案件，至於在本令發布日（即99年3月29日）以前採比例扣抵法申報且尚未核課確定之案件，准改採直接扣抵法計算調整稅額。

⒋由上述可知，財政部係因「兼營計算辦法」修正後所發布之95年12月21日函不明確滋生爭議，乃發布99年3 月29日函釋，規定僅95年12月21日以前申報之營業稅案件方適用該95年12月21日函，至於其後之申報案件，只要在99年3月29日以前採比例扣抵法申報且尚未核課確定之案件，准改採直接扣抵法計算調整稅額。上開財政部99年3 月24日新聞稿，更明確說明所謂「在99年3 月29日以前採比例扣抵法申報且尚未核課確定之案件」，係指於該令發布日前，業經營業人申請更正或已提起行政救濟尚未核課確定者。本件原告針對其96年最後一期及97年最後一期營業稅申報，原申報時雖採用比例扣抵法，惟已於該財政部99年3月29日函釋發布日前，更正申報改採直接扣抵法，完全符合該財政部99年3 月29日函釋及財政部99年3 月24日新聞稿之明文規定及意旨，被告應予准許。況上開財政部99年3 月29日函釋及財政部99年3 月24日新聞稿，均未規定，亦未有任何文字表示所謂「於該令發布日前，業經營業人申請更正尚未核課確定者」，有排除「更正申報改採直接扣抵法」之情況，被告顯係自行限縮該函釋規定，致與其明文及財政部新聞稿揭示之意旨不符。

㈡本件訴願決定認原告未於原申報後30日內申請更正、退稅或表示不服，屬已核課確定案件，限縮稅捐稽徵法第28條第1項要件，所根據者僅個案判決見解，違反租稅法律主義：

⒈按稅捐稽徵法第28條第1 項定：「納稅義務人自行適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起5 年內提出具體證明，申請退還；屆期未申請者，不得再行申請。」，本規定之退稅請求權與同法第21條核課期間之衡平規定，此參最高行政法院93年判字第783 號判決認定僅經復查程序而確定之稅務案件，並不能排除稅捐稽徵法第28條之請求權，更遑論完全未經稽徵機關處分之案件。

⒉本件訴願決定之駁回理由無非以：被告以原告係自動報繳之營業人，又其報繳後並未於30日內申請更正、退稅或表示不服；且於本部99年令釋發布日以前並未有更正中或已提起行政救濟尚未核課確定案件，即屬已核課確定之案件，而無本部99年3 月29日函釋適用云云。然納稅義務人申報營業稅後，被告等稅務機關不會如營利事業所得稅一般，主動核發核定通知書予營利事業，且被告於5 年之核課期間內又隨時得對營利事業補徵營業稅，是以營利事業完全無法得知其各期營業稅核課確定時點。此外，無論是加值型及非加值型營業稅法、稅捐稽徵法等法律本身，或是財政部根據法律所公開發布關於「兼營計算辦法」之函釋等，均未見到任何營業人申報繳納營業稅後未於30日內申請更正、退稅或表示不服，即屬已核課確定案件之規定，本件訴願決定僅憑2 個個案判決（即改制前最高行政法院89年度判字第2678號判決及臺北高等行政法院97年度訴字第1509號判決），以之為依據，而表示原告96年最後一期及97年最後一期營業稅申報，因未於報繳後30日內申請更正、退稅或表示不服，即屬已核課確定案件，而無財政部99年年3 月29日函釋適用之認定。惟行政法院的判決除屬個案見解外，亦屬最高行政法院之早期見解，理應依較新之93年判字第783 號判決意旨，否則豈有納稅義務人自行申報確定效果高於稽徵機關核定或復查決定效果之理？至於臺北高等行政法院97年度訴字第1509號判決係下級審判決，仍應以最高行政法院判決為準。故訴願決定顯非基於法律而自行限制納稅義務人權益，違反租稅法定主義。

⒊訴願決定所引用之財政部97年1 月30日函，自始均非財政部對社會大眾公開發布之函釋，依行政程序法第160 條第2 項規定行政規則未於政府公報上刊登者，即有違法。除納稅義務人全然無法查得該函令外，其適法性、適用性、以及各年度檢討後是否仍將其納入法令彙編（未納入者即失效）等均無可得知，違反租稅法律主義。況該97年1 月30日函亦顯無任何法律以為依據，財政部擬採用該等已核課確定之認定標準，應檢討後提案修正法律，而非毫無法律依據下逕發布函令。

㈢現行法令未規定人民依法申請或申報案件，行政機關未作出准駁或核定之行政處分並依法送達相對人後，究於何時生「形式存續力」之「確定」效果，本件營業稅核課期間為5 年被告在此期間得隨時核定補稅，然被告及訴願決定卻以申報後30日內未更正、退稅或表示不服即認屬已核課確定，違反租稅公平原則：

⒈依行政程序法第117 及128 條之規範意旨，行政法上所稱之「確定」，係指行政處分因法定救濟期間經過，未提起行政救濟，因而具有「形式存續力」者而言。是人民依法申請或申報案件，必待受理申請或申報之行政機關為准駁或核定並依法通知（即送達）相對人時，始得起算法定之救濟期間，於法定救濟期間經過，相對人未據以提起行政救濟者，該行政處分始生「形式存續力」之「確定」效果。是以，在本件被告對營利事業之營業稅依法申報案件，未為任何處分之情形下，此等案件如何認定其是否或於何時為「核課確定」？現行營業稅法或稅捐稽徵法等法律或相關函令中均未有明文規定。

⒉然而，依稅捐稽徵法第21條第1 項第1 款及第22條第1 項之明文規定，「稅捐之核課期間，依左列規定：依法應由納稅義務人申報繳納之稅捐，已在規定期間內申報，且無故意以詐欺或其他不正當方法逃漏稅捐者，其核課期間為五年。..」、「前條第一項核課期間之起算，依左列規定：依法應由納稅義務人申報繳納之稅捐，已在規定期間內申報者，自申報日起算。..」，本件營業稅之核課期間應為5 年，亦即在原告申報營業稅後，不會接到被告任何核定通知書，既未經被告之核課，且無從起算法定之救濟期間，但在5 年核課期間內，被告得隨時對發現應徵之稅捐對原告核定補徵稅款，是以對於此等案件，即應回歸上開5 年核課期間之規定，即須於申報後經過5 年之核課期間，始生當事人不可再事爭執之形式確定力（確定）效果。否則，一旦納稅義務人申報後（或申報後30日）即視同核課並自行起算法定之救濟期間，使納稅義務人在未經通知下，即自動喪失法律所賦予之行政救濟權利，顯與行政處分應經送達、通知或使知悉等之規定相違背（行政程序法第110 條參照），且違法侵害人民依法享有之救濟權利。此外，若如被告及訴願決定所稱，於申報或自動補報後30日之不變期間內未再事爭執即生確定之效果，即稅捐稽徵機關之單純消極不作為，亦得視同行政處分，則於納稅義務人申報或應申報之期間經過後，是否亦應自動起算救濟期間，並於期間經過後即生確定之效果，稅捐稽徵機關從此對於「未核課者不得再為核課」、「已核課者不得再事變更」及「未申報者不得再接受申報」，如此稅捐之正確性及公平性必定蕩然無存，反而稽徵機關可事後責令納稅義務人補稅，並無案件已核課確定之限制，則依被告、訴願決定之意旨則有所齟齬。更何況該等所謂營業稅申報後30日內未更正、退稅或表示不服即屬已確定案件之見解，並未經任何法律明訂、亦未有任何財政部公開發布之函釋以為規定。

⒊綜上，未經核課並通知納稅義務人之主動申報或自動補報案件，似應回歸適用上開稅捐稽徵法5 年核課期間之規定，於申報日後5 年期間經過，始生「確定」之效果。再者，稅務機關位於行政高權之地位，於5 年核課期間內隨時得因另發現應徵之稅捐而對原告報繳後已逾30天之營業稅申報案件予以重行核定，然而本件原告卻無法於核課期間（或5 年退稅期間）內因選擇計算方式錯誤而辦理更正申報，尤有甚者，本件訴願決定及被告更在財政部已發布99年3 月29日之有利函釋情況下，逕以原告系爭營業稅於原申報之日起30日內未更正、退稅及表示不服即屬已確定案件之此等毫無法律依據之認定方式，率予否准原告得適用該財政部99年3 月29日函釋，被告原處分及訴願決定實不衡平亦不合理。

㈣稅捐稽徵法第28條第1 項「自行適用法令錯誤」之文義包括原錯誤選擇計算方法，自比例扣抵法改採直接扣抵法，原處分及訴願決定確有適用上開規定不當之違法：

⒈按本件原告於99年3 月26日及25日辦理96年最後一期及97年最後一期營業稅之更正申報時，所依據之法令為稅捐稽徵法第28條及前述財政部99年3 月26日新聞稿，嗣後財政部99年3 月29日函釋亦屬對原告有利之解釋，自為本件之法令基礎。然訴願決定書卻謂：「查稅捐稽徵法第28條規定所稱之適用法令錯誤，係指就課稅事實有無錯誤適用當時之法令而言，並非謂依行為時之法令予以課稅雖無錯誤，惟其後祇要人民一有退稅之申請，即得於該申請程序終結前主張變更適用最新修正之法令，進而主張課稅處分適用法令錯誤。」。惟依稅捐稽徵法第28條第1 項「自行適用法令錯誤」文義，必然包括選擇法令對其有利之規定，納稅義務人誤適用對其不利之規定，此乃自行適用法令錯誤之文義核心範圍，前引訴願決定所指之理由僅係事後有新法令變更之情形，實與本件主張行為時未能適用有利之直接扣抵法情況有別，自不得以前引訴願決定推論得出駁回原告申請之理由，其違法之情至明。

⒉原告辦理上開系爭營業稅之更正申報，係因其原選擇之計算方式錯誤，導致計算之結果不利，是以爰於財政部99年3 月29日函釋所規定之該令發布日前，依稅捐稽徵法第28條規定，向被告辦理更正申報改採用直接扣抵法計算稅額，該等更正申報完全符合適用直接扣抵法要件，此為被告所不否認。

⒊95年12月21日公布修正之「兼營計算辦法」，固規定符合一定條件之兼營營業人，可自行選擇採用直接扣抵法或比例扣抵法，毋須經稽徵機關核准，而非強制必須使用直接扣抵法；然而，營利事業如因計算、評估錯誤，事實上採用直接扣抵法將較採用比例扣抵法計算結果為有利，卻錯誤使用比例扣抵法申報，實質上本屬計算錯誤、評估錯誤、暨選擇適用法令錯誤，而為稅捐稽徵法第28條所規定範圍，是以本件原告應得依該規定於報繳之日起5 年內向被告辦理更正申請退稅。訴願決定所執駁回理由不能成立已如前述，如退稅求權之事由不能包括本件情形，實難想像在何種情況下始會該當「自行適用法令錯誤？」，更何況遍查所有相關法令，未見任何規定營利事業錯誤選擇計算營業稅方式而溢繳稅款，嗣後加以變更而自比例扣抵法變更改採直接扣抵法，不屬於稅捐稽徵法第28條適用法令錯誤或計算錯誤範疇，對於被告及訴願決定否准本件原告系爭更正申報所執之理由稱「改採直接扣抵法並非屬稅捐稽徵法所訂之適用法令錯誤」，顯無任何法令依據，而僅為其一己之見，更有可能使稅捐稽徵法第28條第1 項形骸化之虞，自屬悖於立法者本旨。

㈤按有關前揭財政部所發布之99年3 月24日新聞稿及99年3 月29日函釋，是否確指於99年3 月29日該函釋發布日前，營業人業已申請改採直接扣抵法辦理更正者，即屬符合99年3 月29日函釋之規定，而得予准許更正改採直接扣抵法，前已向發布該函釋時之財政部賦稅署科長（現已調任其他單位）詢問並取得其口頭確認，故訴願決定及原處分稱原告系爭更正申報不符合財政部99年3 月29日函釋，恐未向財政部賦稅署確認該函釋之真意及適用狀況之見解，至見解與其有所矛盾，被告以一己見解以為認定之結果，顯置財政部賦稅署擬透過99年3 月29日解決爭議之美意於不顧，而使該函釋完全失去意義，與財政部賦稅署發布該函釋意圖解決疑義之立意未符，反而創造更多爭議。從新聞稿客觀文義而論，95年12月22日以後採比例扣抵法申報案件，於99年3 月29日函釋發布前申請更正案件，不可能僅係指申報後30日內有辦理更正之案件，蓋此種情形在實務上甚為罕見，財政部既為處理實務上徵納雙方爭議而發布函釋，自然不可能與申請之案由無關。

㈥財政部業已對與本件相同案情作出撤銷原處分之決定（財政部台財訴字第09900098970 號訴願決定），訴願決定對此部分審酌後竟仍謬於事實稱本件與該案案情不同，顯違行政程序法第6 條之平等原則：

⒈按財政部台財訴字第09900098970 號訴願決定（下稱他案）「本件原告為兼營營業人，96年及97年之11-12 月營業稅均依兼營辦法規定，採比例扣抵法計算調整稅額；..嗣於98年11月4 日申請96及97年度依兼營辦法第8 條之1 及第8 條之2 第6 款規定，改採直接扣抵法。則本件原告是否為帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，有依本部首揭99年3 月29日台財稅字第09904501540 號令釋意旨，屬尚未核課確定之案件，准依前揭辦法修正條文規定改採直接扣抵法計算調整稅額，非無重行斟酌之餘地，爰將本件原處分撤銷，由被告酌明後另為適法之處分。」。

⒉觀諸本案，本件原告係於99年3 月29日令釋發布日前，依兼營辦法第8 條之1 及第8 條之2 第6 款規定，申請更正96年最後一期及97年最後一期營業稅申報改採直接扣抵法，與上述財政部訴願決定中之案情相同，亦符合99年3 月29日函中所規定「尚未核課確定之案件」，是被告之原處分否准原告該等更正申報並非適法，謹將本案與他案相同及相異之處臚列比較如下：

⑴相同之處：①他案與本案均為96年最後一期及97年最後一期兼營營業人營業稅申報案件。②他案與本案原告均係於原申報時採用比例扣抵法計算稅額，而於嗣後申請更正改為採用直接扣抵法。③他案與本案原告申請更正改為採用直接扣抵法之時點，均係在原申報日後已逾30日後始辦理之。④他案與本案原告申請更正均遭被告以「無財政部99年3 月29日函釋之適用」予以否准。

⑵他案與本案唯一相異之處，僅他案訴願人在96年最後一期營業稅原申報時有同時自動補報原申報時漏報之股利收入，至於97年的部分係遭稅務機關查獲漏報，而非其自動更正申報補報97年之股利收入。是以，就他案訴願人97年度最後一期的部分，其更正申報的範圍亦僅有從比例扣抵法改採直接扣抵法而已。

⒊由上述比較可知，本件被告之答辯書中稱本案與他案之案情不同，並非事實，且由他案之財政部訴願決定（財政部台財訴字第09900098970 號訴願決定）已明確揭示之見解，亦顯然可見本件原處分及訴願決定書中所持見解之違誤，謹分別析述如下：

⑴本件訴願決定書稱：「被告以原告係自動報繳之營業人，又本件原告報繳後並未於30天內申請更正、退稅或表示不服者，即屬已核課稅確定案件，而無財政部99年3月29日台財稅字第09904501540 號令釋之適用」，如本件被告及訴願決定之見解為正確，則上述他案訴願決定中之訴願人，亦係就96年最後一期及97年最後一期營業稅報繳後並未於30內申請更正、退稅或表示不服者，何以他案之訴願決定仍認其有財政部99年3 月29日台財稅字第09904501540 號令釋之適用？本件被告及本件訴願決定書所持之報繳後30天視同已確定之理由，不僅毫無法令依據，亦顯已為財政部台財訴字第09900098970 號訴願決定所推翻而不採納。

⑵本件訴願決定書稱「本案原告因並無短報或漏報其他影響不得扣抵比例之銷售額，與財政部99年4 月26日台財訴字第09900098970 號訴願決定之案情實不相同」，惟按，上述財政部該訴願決定案件中之訴願人，僅有96年最後一期營業稅申報有因短報而更正申報補報股利收入，97年最後一期營業稅更正申報的部分並不含補報股利收入，如本件被告及訴願決定之見解（認改採比例扣抵法並非屬稅捐稽徵法第28條適用法令錯誤或計算錯誤）為正確，則上述他案訴願決定應僅認定該訴願人96年度得更正申報，何以前述該財政部之訴願決定卻認定該二年度（96及97年度）均屬未確定案件而得適用財政部99年3 月29日函釋改採直接扣抵法？

⑶尤有甚者，本件原處分明白表示原告情形非屬適用法令錯誤或計算錯誤而不得更正，「至其申報內容如有其他適用法令錯誤或計算錯誤之情事，應僅就錯誤部分更正，重新按『比例扣抵法』計算及更正申報。」，倘此見解為正確，則前述他案之財政部訴願決定中，應僅就該案訴願人96年原短報而嗣後更正申報之股利所得准許其補報，但其96年最後一期及97年最後一期仍應採比例扣抵法計算，而不得依財政部99年3 月29日令釋改採直接扣抵法，既該他案之訴願決定認定該案訴願人96年及97年最後一期均得適用財政部99年3 月29日函釋辦理更正改採直接扣抵法，顯見本件被告之見解顯有錯誤。

⑷此外，以本件訴願決定之見解而言，兼營營業人原申報營業稅時錯誤選擇較不利之比例扣抵法者，若其原先未誠實申報而有短報收入，反而可准許其在更正申報補報該收入、甚至其被查獲漏報收入之同時，將原採用之比例扣抵法改為採用直接扣抵法；然對於原申報時即已誠實申報而未有短報收入之營業人，反而不得於嗣後更正改採直接扣抵法，不啻對誠實申報納稅營業人之一種懲罰，實任何無合理性可言，嚴重違反租稅公平之原則。

⒋本件訴願決定對於上述財政部台財訴字第09900098970 號訴願決定與本案幾乎完全相同之處、以及上述該案訴願決定見解與本案相左之處，完全忽略未查，且全然未置一詞，僅稱本案與該案情形不同，對於兩者案情幾乎相同而行政機關之處分及見解竟有天壤之別者，本件訴願決定機關竟可謬於事實而略以「案情不同」四字帶過，完全不針對該二案諸多顯然相互矛盾之見解予以說明交待。

㈦被告以不符合稅捐稽徵法第28條規定作為否准理由，顯違租稅公平原則：

⒈又遍查加值型及非加值型營業稅法（下稱營業稅法）、稅捐稽徵法等法律本身，或財政部根據法律所公開發布之函釋行政命令，抑或是於100 年1 月26日增訂公布營業稅法第42條之1 ，均未見有任何營業人申報繳納營業稅後未於30日內申請更正、退稅或表示不服即屬「已核課確定案件」之規定，申言之，被告係以法令所無之規定自行限制納稅義務人權益，違反租稅法定主義之外，亦明顯限縮稅捐稽徵法第28條之文義。

⒉再者，縱如被告所言此等自動報繳之營業人自報繳後並未於30日內申請更正、退稅或表示不服即屬「已核課確定之案件」，然參照最高行政法院90年度判字第231 號判決「查稅捐稽徵法第28條規定：『納稅義務人對於因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起五年內提出具體證明，申請退還；逾期未申請者，不得再行申請。』係法律明定納稅義務人對依法已不得提起行政救濟之行政處分，得請求稽徵機關重新審查行政處分之適法性及正確性，進而予以申請人補救之程序。」，納稅義務人對於已確定之案件，如有稅捐稽徵法第28條所定自行適用法令錯誤或計算錯誤溢繳稅款之情形時，仍得申請退還該稅款，殆無疑義。豈料，被告答辯理由卻謂：「本件原告於申報96年11-12 月及97年11-12 月營業稅時已自行選擇採比例扣抵法計算銷售額與稅額，未採用直接扣抵法計算，原採比例扣抵法計算調整稅額並無適用法令錯誤之情事，依前揭行政法院判決，應無稅捐稽徵法第28條所謂因適用法令錯誤或計算錯誤而溢繳之稅款，要不能執此主張適用法令錯誤或計算錯誤而請求更正留抵所謂溢繳稅款。」，然針對經納稅義務人申報後，嗣發現原選擇之申報計算方式雖係適法卻並非最有利者，抑或是業經稽徵機關核定後之所謂「已確定案件」，仍得依稅捐稽徵法第28條之規定申請稽徵機關重行核算或按更正程序處理，以符合納稅義務人之權益，於法並無不可，此有財政部92年1 月28日函釋及97年10月16日函釋之明文規定，顯見被告之法律見解錯誤致與財政部其他函釋規定矛盾相左：

⑴按「綜合所得稅之納稅義務人原依所得稅法第15條第1 項規定將配偶之各類所得合併報繳，或依同條第2 項規定就其配偶之薪資所得分開計稅合併報繳者，嗣經發現原申報計算繳納之結算稅額，並非最有利，得依稅捐稽徵法第28條規定，申請更換納稅義務人及配偶之身分，由稽徵機關重行核算其應納稅額。前項更換納稅義務人及配偶身分之申請，因涉及課稅主題（稅捐核退、補徵或欠稅執行之對象）之變更，應由原申報之納稅義務人與配偶同時具名簽章提出申請。」（財政部92年1月28日台財稅字第0910456528號函）。依所得稅法第15條之規定，夫妻合併申報，可選擇以夫或妻其中一人作為納稅義務人，兩者均屬適法，是以，若納稅義務人於申報時誤選擇了較為不利之申報方式，依被告對本案之見解，亦應不屬稅捐稽徵法第28條適用法令錯誤或計算錯誤而得辦理更正申報之情形，惟上揭財政部92年1 月28日函釋卻明文規定納稅義務人若發現原申報計算繳納之結算稅額，並非最有利者，「得依稅捐稽徵法第28條規定」，自繳納之日起5 年內申請更換納稅義務人及配偶之身分，由稽徵機關重行核算其應納稅額。是以，本件原告96年及97年11月至12月份營業稅原採用比例扣抵法計算申報，嗣後發現比例扣抵法並非有利之申報及計算方式，而申請更正改採直接扣抵法申報計算並申請該溢繳稅額轉列為留抵稅額，按前揭函釋之法理自應得依法申請更正；惟被告僅泛指原告「應無稅捐稽徵法第28條所謂因適用法令錯誤或計算錯誤而溢繳之稅款」云云，而給予納稅義務人不得更正退稅之差別待遇，且給予較其他自動報繳稅捐案件更不利之法律地位，實違反租稅公平原則。

⑵次按「..綜上，綜合所得稅案件業經稽徵機關調查核定，嗣納稅義務人於法定核課期間內申請與受扶養親屬分開申報，且無本部77年3 月23日台財稅字第770032121 號函及82年8 月10日台財稅字第821493854 號函規定稽徵機關應不予受理之情形者，其所涉納稅義務人及該受扶養親屬之案件，均應按更正程序處理，更正核定後之退補稅款無須加計利息。」（財政部97年10月16日台財稅字第09704544480 號函）。綜合所得稅案件，有關納稅義務人原申報受扶養親屬後，於核課期間內又辦理更正申報而與受扶養親屬分開申報之處理，若原申報業經稽徵機關調查「核定」之後，並無受扶養親屬死亡與處分確定或已逾核課期間始申請分開申報之不予受理之情事者，此納稅義務人及該受扶養親屬之案件，均「應」按更正程序處理。換言之，綜合所得稅案件中縱非屬稅捐稽徵法第28條所稱適用法令錯誤或計算錯誤致核有溢繳應退稅款之情形，且業經稽徵機關調查並核定在案，納稅義務人仍得於稽徵機關「核定後」未逾核課期間內循更正程序申請退稅。是以，依舉重以明輕之法理，本件原告系爭更正申報改採直接扣抵法，亦無予以否准之理。由上述二財政部函釋更顯證被告並答辯理由中所述之「已核課確定之案件，行政機關不得再為變更，以維持行政處分已確定之法律程序，否則原按比例扣抵法核課確定之兼營營業人均得以適用法令錯誤或計算錯誤申請更正或退還5 年內已報繳之營業稅，稽徵秩序如何維繫。」，顯係其刻意忽視納稅義務人權益而不受理更正申報之推拖之詞，倘其有該疑慮，則上開二函釋所規範之個人納稅義務人申報案件及數量？不亞於申報營業稅之營業人，何以財政部仍明文令釋其可於核課期間內循更正程序辦理更正申報？

⒌從而，被告於答辯理由以「..應無稅捐稽徵法第28條所謂因適用法令錯誤或計算錯誤而溢繳之稅款，要不能執此主張適用法令錯誤或計算錯誤而請求更正留抵所謂溢繳稅款。」，而認原告無法依此條規定申請更正云云，顯不足以作為合理之否准理由，顯違租稅公平原則。

㈧按100 年1 月26日增訂公布之營業稅法第42條之1 之規定，業已明文規定稽徵機關之「核定稅額之行為」及「何時屬核課確定問題」，以利認定此種申報案件之核課狀態，而被告顯非基於法律而自行限制納稅義務人權益，顯違反租稅法律主義：

⒈按現行法令中並未針對「自動補報補繳之營業稅案件」明文規定稽徵機關「核定稅額之行為」及「何時屬核課確定問題」，已如前段所述。有鑑於此，100 年1 月26日增訂公布之加值型及非加值型營業稅法第42條之1 ：「主管稽徵機關收到營業稅申報書後，應於第35條規定申報期限屆滿之次日起6 個月內，核定其銷售額、應納或溢付營業稅額。依稅捐稽徵法第48條之1 規定自動向主管稽徵機關補報並補繳所漏稅款者，主管稽徵機關應於受理之次日起6個月內核定。第1 項應由主管稽徵機關核定之案件，其無應補繳稅額或無應退稅額者，主管稽徵機關得以公告方式，載明按營業人申報資料核定，代替核定稅額通知文書之送達。」明確表達修法前稽徵機關未有「核定稅額之行為」及「何時屬核課確定問題」之爭議自明。

⒉此條文在立法院提案時，即載明修正前之加值型及非加值型營業稅法條文中並未規定應繳營業稅稅額之核定日期，因核定稅額期間長短將會實質影響納稅義務人之權益，使納稅義務人有可能因此而蒙受利息損失，且「未確定狀態」持續愈久，對於納稅人與政府均不利，故參照關稅法第18條規定，明定稽徵機關對營業稅申報之核課期限，並規定稽徵機關對於營業稅之申報並無調整之處理者，得以公告方式為之，以利認定申報案件之核課狀態，減少徵納雙方爭議。此外，觀諸新法亦未明定此等「自動補報補繳營業稅案件」，必須「於稽徵機關收件之次日30日內申請更正、退稅或表示不服，且無稅捐稽徵法第34條第3 項規定之情形者」之規定，申言之，新法意旨不過係重申行政程序法第117 及第128 條行政處分何時「確定」之意旨，稽徵機關在營業稅申報核定之具體行政行為，可達成以「核課處分」確認租稅法律關係之公益維護，益證此一符合稅法精神之論據已獲得立法確認。

⒊詎料，被告於答辯仍謂：「『未核課確定案件』，仍應參照財政部97年1 月（按：97年1 月30日台財稅字第09704507990 號函釋）及97年4 月（按：97年4 月3 日台財稅字第09600533320 號函釋）限縮解釋，亦即，僅限『自動補報補繳營業稅案件』，於稽徵機關收件之次日30日內申請更正、退稅或表示不服，且無稅捐稽徵法第34條第3 項規定之情形者、『未依規定辦理年度調整，或未將股利收入彙總加入當年度最後期之免稅銷售額計算調整稅額』、『短報或漏報其他影響不得扣抵比例之銷售額』等情形，始認屬未核課確定案件。」，故被告顯未檢討修正前之法律適用，反而非基於法律而僅以財政部未對社會大眾所公開發布之內部行政函令，自行限縮納稅義務人權益，除令納稅義務人實難甘服外，亦顯違反租稅法律主義等語。

四、被告則以：

㈠最高行政法院89年度判字第2678號判決、91年判字第85號判決：「..引用之財政部函釋所稱『核課確定』乙詞，就營業稅而言，因營業稅之繳納一般採報繳制，並無核定通知書，故營業人於申報繳稅後如未獲退、補稅通知書，即屬已核課確定之事件，此與所得稅須經稽徵機關審查後核定其應納稅額及製發核定通知書之稽徵程序不同。」、依臺北高等行政法院97年度訴字第1509號判決：「..又營業稅之繳納一般採報繳制，並無核定通知書，故營業人於申報繳稅後如未於30日內申請更正、退稅或表示不服者，即屬已核課確定之案件。」、財政部97年1 月30日台財稅字第09704507990 號函釋：「於兼營稅額計算辦法修正前取得股利申請更正未確定者可適用修正辦法..如自稽徵機關收件之次日起未逾30日，申請更正、退稅或表示不服，且無稅捐稽徵法第34條第3 項規定之情形者，可適用該修正辦法第8 條之1 、第8 條之2 及第8 條之3 規定。」等意旨，本件原告係自動報繳之營業人，又其報繳後並未於30日內申請更正、退稅或表示不服者，即屬已核課確定案件，應無財政部99年3 月29日函釋適用。

㈡原告主張：「依財政部99年3 月26日新聞稿及99年3 月29日函釋申請96年及97年度最後一期營業稅選擇最有利之直接扣抵法，符合稅捐稽徵法第28條之適用法令錯誤或計算錯誤。」乙節，參據臺中高等行政法院96訴字第480 號判決：「…稅捐稽徵法第28條規定所稱之適用法令錯誤，係指就課稅事實有無錯誤適用當時之法令而言，並非謂依行為時之法令予以課稅雖無錯誤，惟其後祇要人民一有退稅之申請，即得於該申請程序終結前主張變更適用最新修正之法令，進而主張課稅處分適用法令錯誤。」、最高行政法院91年度判字第85號判決：「…原告自行選用『比例扣抵法』後，於申請改採『直接扣抵法』之前，任意行為所生稅額計算之溢差，並非因適用法令錯誤或計算錯誤而溢繳稅款，原告請求依稅捐稽徵法第28條規定退還系爭營業稅及利息，於法尤有未合，亦難謂有違租稅公平及信賴保護原則之可言。」等意旨，且兼營計算辦法第8 條之1 於95年12月21日修正公佈後，符合一定條件之兼營營業人得自行選用「直接扣抵法」，毋須經稽徵機關核准，因此原告不論依「比例扣抵法」或「直接扣抵法」計算申報營業稅均為適法，本件原告於申報96年11-12月及97年11-12 月營業稅時已自行選擇採比例扣抵法計算銷售額與稅額，未採用直接扣抵法計算，原採比例扣抵法計算調整稅額並無適用法令錯誤之情事，依前揭行政法院判決，應無稅捐稽徵法第28條所謂因適用法令錯誤或計算錯誤而溢繳之稅款，要不能執此主張適用法令錯誤或計算錯誤而請求更正留抵所謂溢繳稅款。

㈢本件係屬已核課確定之案件，行政機關不得再為變更，以維持行政處分已確定之法律秩序，否則原按比例扣抵法核課確定之兼營營業人均得以適用法令錯誤或計算錯誤申請更正或退還5 年內已報繳之營業稅，稽徵秩序如何維繫。且對未提出更正或退稅之兼營營業人更是有違公平正義原則。另原告引述財政部99年4 月26日台財訴字第09900098970 號訴願決定略以：「..訴願人採比例扣抵法計算調整稅額；98年10月12日具文申請更正96年11-12 月申報書，補報國外股利收入64,467,559元並補繳營業稅2,276,227 元，嗣於98年11月4日申請96及97年度依兼營辦法第8 條之1 及第8 條之2 第6款規定，改採直接扣抵法。..有依鈞部首揭99年3 月29日台財稅字第09904501540 號函釋意旨，屬尚未核課確定之案件，准依前揭辦法修正條文規定改採直接扣抵法計算調整稅額。」，主張其與上揭訴願決定之案情相同，應將本件原處分撤銷乙節，所謂「未核課確定案件」，仍應參照財政部97年1 月及97年4 月限縮解釋，亦即，僅限「自動補報補繳營業稅案件，於稽徵機關收件之次日30日內申請更正、退稅或表示不服，且無稅捐稽徵法第34條第3 項規定之情形者」、「未依規定辦理年度調整，或未將股利收入彙總加入當年度最後一期之免稅銷售額計算調整稅額」、「短報或漏報其他影響不得扣抵比例之銷售額」等情形，始認屬未核課確定案件。本件原告並無短報或漏報其他影響不得扣抵比例之銷售額，與財政部99年4 月26日台財訴字第09900098970 號訴願決定之案情實不相同，顯係誤解，所訴核無足採。被告所屬新竹市分局否准原告之申請應無違誤，請予維持。

㈣原告所援引財政部92年1 月28日及97年10月16日函釋，均核屬稅捐稽徵法第17條查對更正適用範疇，非屬稅捐稽徵法第28條所稱適用法令錯誤或計算錯誤之情形，亦係針對符合所得稅法第15條及17條規定之納稅義務人及其受扶養親屬得分開申報之稽徵程序處理原則規定，與本件營業稅法之兼營營業人營業稅額計算辦法之稽徵程序有別，應係其誤解法令。本件若援引所得稅法施行細則第25條及財政部81年2 月11日號函釋，應以營業人於申報營業稅時點為基準，若未以直接扣抵法計算者，視為以比例扣抵法計算。營業人以比例扣抵法計算者，於其申報案件經稽徵機關核定後，不得要求變更適用直接扣抵法。

㈤營業稅法增訂第42條之1 條文，有關營業稅申報案件之核定期限及核定方式，係於100 年1 月26日經總統公布。本件原告於99年3 月25日申請更正退稅，按法律不溯既往原則係為維持行政處分之安定性，因此於法規增訂前，參照前揭最高行政法院判決，所稱「未核課確定之各年度案件」自係指營業人尚未申報繳稅，或於申報繳稅後已獲退、補稅款通知書（即經稽徵機關另為營業稅之核定處分），且該核定處分尚在行政救濟期間或已提起行政救濟者而言，並非泛指稅捐稽徵法第21條所規定之核課期間尚未屆滿之各年度營業稅案件。

㈥末按前揭所述財政部相關函釋皆得於財政部稅制委員會網站「各稅法令檢索系統」內查詢。另原告99年2 月12申請書，更正98年11-12 月申報書內說明二，引述財政部賦稅署97年2 月4 日台稅六發字第0970450723號函釋「自動補報補繳營業稅案件，營業人如自稽徵機關收件之次日起未逾30日，申請更正、退稅或表示不服，且無稅捐稽徵法第34條第3 項規定之情形者，應可認屬未核課確定案件。」並以其申請更正案係依該函釋規定自稽徵機關收件之次日起30日內，申請更正改採直接扣抵法，並經被告所屬新竹市分局以該函釋規定核准原告申請更正案在案。是以原告係委託專業會計人員，應明知相關法規，並於98年最後一期營業稅已申請適用，原告主張相關法規未對社會大眾公開乙節，顯有前後自相矛盾等語。

五、本件事實概要欄所載事實，為兩造所不爭執。兩造之爭點為：原告96年11-12 月及97年11-12 月營業稅，原依兼營計算辦法規定，採比例扣抵法計算調整應納稅額，原告得否依財政部95年12月21日函釋主張改採直接扣抵法計算調整上開年度營業稅應納稅額，並依稅捐稽徵法第28條第1 項規定，請求轉列為留抵稅額？

㈠按「營業人因兼營第8 條第1 項免稅貨物或勞務，或因本法其他規定而有部分不得扣抵情形者，其進項稅額不得扣抵銷項稅額之比例與計算辦法，由財政部定之。」為營業稅法第19條第3 項所明定。又「兼營營業人無積欠已確定之營業稅及罰鍰，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。」，為95年12月21日修正公布之兼營計算辦法第8 條之1 第1 項所規定。上開辦法係營業稅法第19條第3 項授權訂定，並未逾越法律授權之目的及範圍，與租稅法定主義並無牴觸，自得適用。

㈡又上開辦法第8 條之1 第1 項於90年9 月20日修正時原規定：「兼營營業人最近3 年內無重大逃漏稅，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。」，嗣於94年11月8 日修正為「兼營營業人無積欠已確定之營業稅及罰鍰，且帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，得向稽徵機關申請核准採用直接扣抵法，按貨物或勞務之實際用途計算進項稅額可扣抵銷項稅額之金額及購買本法第36條第1 項勞務之應納稅額。但核准後3 年內不得申請變更。」，復於95年12月21日再修正如上述規定內容；因之，由上述第8 條之1 第1 項規定之歷次修正內容觀之，該條項僅係放寬得採用直接扣抵法計算調整營業稅應納稅額之條件，將原定「無欠稅」及「須申請稽徵機關核准」之限制予以刪除，然就兼營營業人計算調整營業稅應納稅額，採取比例扣抵法及直接扣抵法併行制度，則未改變。

㈢次按「納稅義務人自行適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起5 年內提出具體證明，申請退還；屆期未申請者，不得再行申請。」，稅捐稽徵法第28條第1 項定有明文。上開95年12月21日修正施行之兼營計算辦法第8 條之1 第1 項規定，係在放寬兼營營業人得適用直接扣抵法之限制，賦予兼營營業人得採用直接扣抵法之權利，而非刪除比例扣抵法，兩者併行，目的在使簿帳記載完備、能明確區分購買貨物或勞務實際用途之兼營營業人，可應用直接扣抵法真實反應不得扣抵之比例，以使稅制更趨公平合理。上開辦法關於計算調整營業稅應納稅額，既有比例扣抵法及直接扣抵法可供選擇，而稅法上選擇權之行使本身即為確定納稅義務之方法，選擇權一經行使，除稅法本身另有規定外，即不容其恣意變更。準此，前開辦法第8 條之1 第1 項規定兼營營業人帳簿記載完備，能明確區分所購買貨物、勞務或進口貨物之實際用途者，「得」採用直接扣抵法，固係賦予納稅義務人選擇之權，然非謂其一經選擇後，仍可隨時申請變更，此與納稅義務人因其申報內容與事實不符，嗣後得向稅捐機關請求更正之情形不同。經查，原告96年11-12 月及97年11-12 月營業稅申報，分別於97年1 月11日及98年1 月12日申報，均依「兼營計算辦法」規定，選擇採「比例扣抵法」計算調整報繳當年度最後一期之營業稅額，其原申報96年及97年度最後一期營業稅，應退稅額分別為232,190,301 元及143,639,366 元，原處分機關於97年2 月13日及98年2 月12日如數核定退稅，原告業於97年2 月15日及98年2 月16日兌領，有被告提出之營業人銷售額與稅額申報書及退稅電腦紀錄可按（本院卷第213-216 頁），原告就此亦未爭執，僅稱未收到核定通知書等語（本院卷第211 頁）；而原告未曾依稅捐稽徵法第17條文書記載錯誤請稅捐機關更正，或依同法第35條對核定稅捐處分申請復查規定，向被告申請更正、退稅或表示不服，自屬已確定案件。揆諸前揭法律規定及說明，上開「兼營計算辦法」關於計算調整營業稅應納稅額，既有比例扣抵法及直接扣抵法可供選擇，且營業稅法及其相關法規，並無規定兼營營業人於選定計算方法後，嗣後仍可請求變更，則本件原告於前揭年度既已選擇比例扣抵法，嗣後即不得再請求改以直接扣抵法計算調整前揭已確定之營業稅額；且原告依前揭法令選擇以比例扣抵法計算調整稅額，並無適用法令錯誤或計算錯誤之情形，與稅捐稽徵法第28條所謂因適用法令錯誤而溢繳稅款有別，要不能主張適用法令錯請求返還所謂溢繳稅款（最高行政法院89年度判字第2678號判決意旨參照）。原告主張其依比例扣抵法申報繳納營業稅後，嗣再提出較有利之直接扣抵法申請退稅，被告消極未適用應適用之法令，乃屬適用法令錯誤之一種型態，其於核課期間5 年內申請退稅，自符合稅捐稽徵法第28條第1 項規定云云，尚非可採。

㈣又按「申報納稅制，乃基於民主參與之精神與理念，由納稅義務人自行確定納稅基準與應納稅額，向管轄之稅捐稽徵機關申報，並繳納稅款完畢，除非逾期未申報或申報不適當者，須由稅捐稽徵機關核定處分或補稅處分外，應認於其申報繳納應納稅款完畢時，關於申報納稅部分即屬確定。依營業稅法第35條第1 項、所得稅法第80條第1 項規定：『營業人除本法另有規定外，不論有無銷售額，應以每2 月為1 期，於次期開始15日內，填具規定格式之申報書，檢附退抵稅款及其他有關文件，向主管稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額。其有應納營業稅額者，應先向公庫繳納後，檢同繳納收據一併申報。』、『稽徵機關接到結算申報書後，應派員調查，核定其所得額及應納稅額。』可知，我國之營業稅，除營業稅法規定免申報銷售額之營業人等情形外，係採申報納稅制，即由營業人按期向稽徵機關申報銷售額、應納或溢付營業稅額，其有應納營業稅額者，並應自行繳納。且亦無如營利事業所得稅，稽徵機關依所得稅法第80條第1 項規定，應於接到結算申報書後，為所得額及應納稅額之核定。故應申報繳納營業稅之營業人，就其自行報繳部分，應認於其申報繳納稅款完畢時，關於申報納稅部分即屬確定。至稽徵機關因查得營業人有營業稅法第43條規定等情事，而為銷售額之核定及營業稅之補徵，則屬依稅捐稽徵法第21條第2 項規定所另為之核課處分。因此，兼營營業人於95年12月21日修正兼營計算辦法第8 條之1 規定生效前，如未申請核准採直接扣抵法，且已採比例扣抵法自行報繳營業稅者；或於95年12月21日修正兼營計算辦法第8 條之1 規定生效後，已自行採比例扣抵法報繳營業稅者；就其採比例扣抵法自行報繳營業稅部分，於其報繳後即屬確定。故財政部95年12月21日函釋：『本部95年12月21日令修正「兼營營業人營業稅額計算辦法」第8 條之1 、第8 條之2 及第8 條之3 ，凡屬於未核課確定之各年度案件均可適用。』所稱『未核課確定之各年度案件』，自係指經稽徵機關為營業稅之核課處分，且該核課處分尚未確定者，而非泛指稅捐稽徵法第21條所規定之核課期間尚未屆滿之各年度營業稅案件。否則，不僅將嚴重影響法秩序之安定，且違反95年12月21日發布修正之兼營計算辦法第8 條之1 自發布日施行之意旨（該辦法若有就修正規定全面溯及適用之意旨，即應於條文中為溯及適用之規定）。」（最高行政法院100 年度判字第400 號判決意旨參照）。因此，最新之實務見解，仍認營業稅之繳納採報繳制，並無核定通知書，故營業人於申報繳稅後如未獲退、補稅通知書，即屬已核課確定事件，此與所得稅須經稽徵機關審查後核定其應納稅額及製發核定通知書之稽徵程序不同。原告主張其系爭年度之營業稅案件均未逾5 年核課期間，屬未確定之案件，依照財政部95年12月21日函釋規定，可直接適用直接扣抵法云云，係將核課確定與核課期間混為一談，依上開判決說明，自不可採。

㈤又財政部95年12月21日函釋規定：「本部95年12月21日令公布修正之『兼營營業人營業稅額計算辦法』第8 條之1 、第8 條之2 及第8 條之3 ，凡屬於未核課確定之各年度案件均可適用。」，並經財政部99年3 月29日函釋續予援用，並放寬為本令發布日前尚未核定確定案件亦有其適用；然由兼營營業人營業稅額計算辦法第8 條之1 第1 項歷次修正內容觀之，該條項僅係將「無欠稅」及「須申請稽徵機關核准」始得採用直接扣抵法之條件刪除，就兼營營業人計算調整營業稅應納稅額，係採取比例扣抵法及直接扣抵法併行之制度，則未改變，已如前述。故依上開財政部函釋規定，尚未核課確定之案件，若已符合該新修正之第8 條之1 第1 項規定，且原選用比例扣抵法報繳營業稅，縱因有欠稅，或未經申請稽徵機關核准者，仍得適用新修正之規定，採用直接扣抵法計算調整營業稅應納稅額，而非謂原已採用比例扣抵法報繳營業稅者不問確定與否，因上開財政部函釋規定，即當然或得申請變更以直接扣抵法計算調整其已確定之營業稅應納稅額。原告認其系爭年度營業稅未確定，得改採直接扣抵法，尚不可採。

㈥原告另主張依100 年1 月26日增訂公布之營業稅法第42條之1 ，已明文規定稅捐機關於申報期屆滿次日起6 個月內核定稅額，原告96年11-12 月、97年11-12 月營業稅未經被告核定，尚未核課確定，而符合財政部95年12月21日函釋而可改採直接扣抵法計算調整稅額云云。惟上開增訂規定，並無溯及適用規定，自不能以此新增訂規定適用於之前已核課確定之稅務案件。原告96年11-12 月及97年11-12 月營業稅，分別於97年1 月11日及98年1 月12日申報，經被告於97年2 月13日及98年2 月12日核定退稅，且經原告兌領，已如前述，就上開期間營業稅已核課確定，顯然不得再適用新增訂規定。原告此部分主張，並不可採。

六、綜上所述，原告之主張，並不足取，被告否准原告改按直接扣抵法計算調整系爭年度營業稅應納稅額及退稅之申請，並無違法，訴願決定予以維持，亦無不合。原告訴請撤銷，並請求被告應作成准予將稅款14,714,633元、28,162,978元轉列為留抵稅額之處分為無理由，應予駁回。

七、兩造其餘攻擊防禦方法，均核與本件判決結果不生影響，爰不逐一論述，附此敘明。

八、據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1 項前段，判決如主文。

臺北高等行政法院第五庭