環境保護事業機構經營廢棄物清除、處理業務時，應遵行左列規定：
一、設置移動式廢棄物處理設施者，應於處理設施移動前，檢具經審查通過之申請文件及污染防治計畫書函請移動前、後處理設施所在地直轄市或縣 (市) 主管機關核備後，始得移動。
二、經營廢棄物之清除、處理業務，除依廢棄物清理法有關規定外，並應依審查通過之申請文件內容辦理，不得為未予許可或核備之事項，且應自行清除、處理。但需其他清除、處理專業技術部分，於開始清除、處理一個月前，向直轄市或縣 (市) 主管機關申請，並經核發許可證或核備文件之主管機關核准委託其他環境保護事業機構代為清除、處理者，不在此限。委託其他環境保護事業機構代為清除、處理部分，不得逾該項廢棄物清除、處理之營業額百分之三十。
三、經營廢棄物之清除、處理業務，應與委託人訂定契約書，並於訂定契約書之次日起十五日內，檢具該契約書，送直轄市或縣 (市) 主管機關備查。變更契約書內容或終止契約時，亦同。但依據廢棄物清理法第十條之一之規定回收清除一般廢棄物，或受託清除因天然災害或緊急事故產生之廢棄物者，不在此限。契約書應記載左列事項：
(一) 廢棄物之種類、性質及數量。
(二) 清除、處理之工具、方法、設備、場所、廢棄物中間處理及最終處置之地點及數量。
(三) 清除、處理之最低標準 (包括收集頻率、收集點及分類標準) 。
(四) 計價方計、有效期限及調整之方式。
(五) 依前款但書規定，無法自行清除，處理廢棄物之處置。
(六) 環境保護事業機構因自行停業或宣告破產時，對其尚未清除、處理完竣之廢棄物處置。
(七) 對突發事件之應變措施。
(八) 其他經主管機關指定者。
四、清除、處理有害事業廢棄物者，其遞送聯單除依事業廢棄物貯存清除處理方法及設施標準第十九條之規定辦理外，清除有害事業廢棄物者，應於清除廢棄物之三日內將第二聯影本另送清除機構所在地主管機關備查，並於送交處理場 (廠) 簽收處理之三日內，將經處理機構簽收之第五聯影本分送清除機構及處理場 (廠) 所在地主管機關備查；處理有害事業廢棄物者，應於收到廢棄物之次日起三十日內處理完畢，並將第二聯影本另送處理場 (廠) 所在地主管機關備查。清除機構如於接受廢棄物之同日即送交處理場 (廠) 處理者，得免送第二聯影本。
五、將每日清除、處理情形逐項作成營運紀錄，隨其清除、處理設施存放，以供查核。第二項清除機構從事依據廢棄物清理法第十條之一公告項目之一般廢棄物資源回收清除業務者，其營運紀錄內容由中央主管機關公告之。除主管機關另有規定外，應於每年一月、四月、七月及十月十五日前，向直轄市或縣 (市) 主管機關申報前季營運情形，跨區營運者應同時向跨區之直轄市或縣 (市) 主管機關申報；其為有害事業廢棄物之清除、處理者，並應層轉中央主管機關備查。
六、清除業務依前款申報前季營運情形之內容應包括左列事項：
(一) 環境保護事業機構名稱、地址、營業地點、設施所在地點、負責人及環境保護技術員。
(二) 清除許可證或核備文件字號。
(三) 委託事業機構或清除機構之名稱及其委託處理廢棄物之種類、形態、數 (重) 量、清除、貯存之方法、流程及日期；其採分類回收者，應檢附分類回收之廢棄物數量及其證明；其需輸出國外或大陸地區者，應檢附輸出證明。
(四) 其他經主管機關指定者。
七、處理業務依第五款申報前季營運情形之內容應包括左列事項：
(一) 環境保護事業機構名稱、地址、營業地點、設施所在地點、負責人及環境保護技術員。
(二) 操作許可證或核備文件字號。
(三) 委託事業機構或清除機構之名稱及其委託處理廢棄物之種類、形態、數 (重) 量、貯存處理之方法、流程及日期；其採分類回收者，應檢附分類回收之廢棄物數量及其證明文件。
(四) 廢棄物之最終處置日期、方法及地點。
(五) 環境監測結果。
(六) 最終處置之進場證明文件影本。
(七) 其他經主管機關指定者。
八、一般廢棄物及一般事業廢棄物之營運紀錄應自行保存五年以上；有害事業廢棄物部分應自行保存十年以上。
九、於設備、機具、設施或處理場 (廠) 明顯處標示機構名稱、聯絡電話及許可證或核備文件字號。
十、其他經主管機關規定者。
環境保護事業機構管理辦法 第三章 管理
§ 24–36共 13 條
環境保護事業機構經營環境檢驗測定業務時，應遵行左列規定：
一、使用許可之檢驗室及儀器設備。
二、使用中央主管機關公告之標準檢測方法。未公告標準檢測方法之檢測項目，得使用經中央主管機關核可之檢測方法，並應將使用之檢測方法詳細步驟製成標準作業程序手冊，置於檢驗室備查。
三、編製檢驗室管理手冊，並依管理手冊經營其業務。管理手冊應記載左列事項：
(一) 手冊使用及修正。
(二) 組織與人員分工及訓練。
(三) 樣品採集、輸送及保存作業。
(四) 使用檢測方法。
(五) 樣品檢驗及數據紀錄追蹤管理作業。
(六) 主要設備儀器校正、使用、維護及其紀錄。
(七) 品質保證及品質管制作業。
(八) 檢測報告製作、審核及保存作業。
(九) 安全衛生及污染防治 (制) 。
(十一) 其他經中央主管機關指定者。
四、依左列規定向中央主管機關提報檢驗室有關報表備查：
(一) 每月十日前提報月檢測業績統計表及個別檢測業務報表。
(二) 每年一月三十一日前提報上年之檢測業績統計表。
(三) 其他經中央主管機關指定者。
五、其他經中央主管機關規定者。
環境保護事業機構之變更，應依左列規定辦理：
一、經營廢棄物清除、處理業務者：
(一) 許可證及核備文件記載事項中，機構名稱、地址、組織、負責人姓名、住址及身分證明文件字號變更時，應於變更後十五日內，填具變更申請書，連同有關證明文件，辦理變更。
(二) 除前目規定外，其他經審查通過之申請文件內容及經許可或核備事項之增加或變更，應於增加或變更前依本辦法申請各相關許可之規定辦理。
(三) 因第一目或第二目之辦理變更，致主管機關發生更動時，仍應向原主管機關申請，由原主管機關函請變更後主管機關依規定程序辦理。
二、經營環境檢驗測定業務者：
機構或檢驗室名稱、地址、機構負責人、檢驗室主管、品保品管人員或環境檢驗測定技術員變更時，應於變更後十五日內辦理變更登記，其他經中央主管機關指定之變更事項，依其指定之期限內辦理變更。環境保護事業機構聘僱之廢棄物清除、處理技術員未能從事業務或離職時，其負責人應於九十日內另聘符合資格規定者繼任。但負責有害事業廢棄物清除、處理業務之甲級清除、處理技術員，應於三十日內另聘之。技術員之離職及另聘，其負責人均應於十五日內報請核發許可證或核備文件之主管機關備查；其為有害事業廢棄物清除、處理者，應層轉中央主管機關備查。檢驗室主管、品保品管人員及環境檢驗測定技術員變更後，不符合第六條規定員額時，該機構應於變更後三十日內補足之。
環境保護事業機構經營環境檢驗測定業務，如為公司或財團法人組織型態，其公司執照、財團法人登記證書或經營環境檢驗測定部門之營業登記證未登記環境檢驗測定業務者，應於許可後九十日內，向有關主管機關完成登記，並報請中央主管機關備查。
主管機關得派員攜帶證明文件，進入環境保護事業機構進行查證工作，並命其提供有關資料，環境保護事業機構不得規避、妨礙或拒絕。
主管機關依前項規定所為查證或命其提供資料時，涉及受檢者之工商、軍事秘密應予保密。
進行第一項查證工作，如發現不符合規定時，除以書面警告外，主管機關得通知限期改正，受查證之環境保護事業機構應於期限內提出改正報告。
中央主管機關為監關環境保護事業機構經營環境檢驗測定業務之情形，得進行採樣技術評鑑、備樣品令其檢測、令其自行採樣檢測，並得命其於規定期限內函送檢測結果。
檢測誤差不得連續二次超過中央主管機關規定之容許誤差範圍。
環境保護事業機構有左列情形之一者，應向核發許可證或核備文件之主管機關繳銷 (還) 許可證或核備文件：
一、終止廢棄物清除、處理業務者，應向核發許可證或核備文件之主管機關繳銷許可證或核備文件；其暫停營業在一個月以上者，應於滿一個月後十五日內，向核發許可證或核備文件之主管機關申報，並繳還許可證或核備文件。如於一年內申報復業者，得申請發還之。未依規定繳銷、繳還或申報者，核發許可證或核備文件之主管機關、得公告註銷之。
二、環境保護事業機構經撤銷環境檢驗測定許可證者，中央主管機關應公告之。停業時，應將許可證繳還中央主管機關，於許可證有效期限內復業，得申請發還之。
環境保護事業機構經營廢棄物清除、處理業務，違反本辦法規定者依廢棄物清理法第二十八條規定處罰之。
環境保護事業機構經營環境檢驗測定業務，檢測空氣固定污染源違反本辦法規定者，依空氣污染防制法第三十七條規定處罰之；檢測放流水水質水量違反本辦法規定者，依水污染防治法第四十六條規定處罰之。
環境保護事業機構經營環境檢驗測定業務，違反第三條第三項、第六條、第十一條第一項、第二十五條、第二十六條第一項第二款、第二十七條第三項或第二十九條第二款規定者，中央主管機關除書面警告外，並得限期改正。環境保護事業機構應於限期內提出改正報告。
環境保護事業機構經營環境檢驗測定業務，違反第二十六條第二項、第二十七條第一項、第二十八條第一項規定或未依前條規定提出改正報告者，中央主管機關除書面警告外，並得命其停止相關檢測類別或項目之業務，至其申報改正完成並經查證屬實為止；違反第二十八條第二項規定者，中央主管機關得命其停止相關檢測類別或項目之業務，至其申報改正完成並經查證屬實為止。
環境保護事業機構經營廢棄物清除、處理業務，有左列情事之一者主管機關得撤銷其許可證或核備文件：
一、清除、處理技術員離職時，其負責人未依第二十六條第二項規定辦理者。
二、喪失經營業務能力或於核發許可證或核備文件後一年內無經營廢棄物清除、處理業務之業績者。
三、申請許可文件或申報文件有虛偽不實者。
四、違反本辦法規定或未依審查通過之申請文件內容及許可或核備事項辦理者。
五、聘僱之廢棄物清除處理技術員非在該機構全職專任其職務者。
六、其他違反本辦法規定，經主管機關認定情節重大者。
環境保護事業機構經營環境檢驗測定業務，有左列情事之一者，中央主管機關得公告撤銷其許可證或檢驗室許可：
一、申請許可文件、檢驗室人員之設置、檢測或數據處理過程、檢測報告或其他申報文件有虛偽不實者。
二、許可證有效期限內檢驗室受書面警告達五次者。
三、喪失經營業務能力或於核發許可證後一年內無經營環境檢驗測定業務之業績者。
四、違反第二十六條第二項，第三項規定者。
五、違反第二十九條第二款規定者。
六、不遵守中央主管機關依第三十二條規定停止相關檢測類別或項目業務之命令者。
七、聘僱之環境檢驗測定技術員非在其處所全職專任職務者。
八、其他違反本辦法規定者，經中央主管機關認定情節重大者。
環境保護事業機構經撤銷許可證或撤銷核備文件者，於三年內不得以相同或類似機構名稱申請該業務許可；其負責人及檢驗室主管於三年內不得重行申請為許可環境保護事業機構之負責人或檢驗室主管。
環境保護事業機構經撤銷許可證、核備文件或予以停業處分者，自處分書送達之日起，不得再經營環境保護業務。但已從事廢棄物清除，處理而未完竣者，應依主管機關之指示辦理，所需費用由環境保護事業機構自行負擔。
環境保護技術員從事環境保護業務，違反本辦法規定者，主管機關除書面警告外，並得限期改正。逾期未改正或再犯者，主管機關除再書面警告外，並得停止其執行業務，至其申報改正完成並經查證屬實為止。
環境保護技術員有左列情形之一者，主管機關應撤銷其合格證書：
一、有效期限內書面警告達五次者。
二、因從事業務違法或不當，致污染環境或危害人體健康，情節重大者。三、違反空氣污染防制法、水污染防治法、廢棄物清理法等相關法規，情節重大者。
四、環境保護技術員使環境保護事業機構借用其名義登記為技術員而並未實際從事者。
五、同一時間受聘僱於不同場所為環境保護技術員者。
六、其他違反本辦法規定，經主管機關認定情節重大者。
環境保護技術員經撤銷合格證書，五年內不得再請領合格證書；依規定再請領合格證書時，須經再訓練及格後辦理。
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