根據高等行政法院處務規程第47條，科長的職責包括：分配本科職員的事務（除非有別的院令規定），擬議長官交辦的事項，調查與執行主管事項，審核本科的文稿，撰擬主管重要的文稿，擬議本科職員的監督、考核和獎懲，簽發本科的例行文件，處理其他法定事項。同樣的規定也適用於股長。 例如，科長可以負責分配本科職員處理特定的案件，擬議長官交辦的法律文件草案，調查並執行與他們主管事項相關的事宜，審核並確保本科的文件符合法規要求，撰寫關於重大政策問題的文件，擬議評估、考核和獎懲標準，簽發本科的例行文件，以及處理其他根據法律有所規定的事項。
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