根據高等行政法院處務規程第48條，書記官的職責包括辦理分配事務、執行科長或股長指定的事項、執行長官交辦的事項以及其他有關事項。書記官應該服從其配屬庭長、法官的指揮命令執行職務。同時，根據行政法院組織法第10條第3項的規定，書記官也應該服從依法調動至高等行政法院協助法官辦事的地方法院、分院、試署或候補法官的指揮命令執行職務。然而，如果該辦事法官、試署法官或候補法官的指揮命令與受其協助的庭長、法官的指揮命令有衝突，書記官應該服從其配屬庭長、法官的指揮命令。 範例： 根據行政法院組織法的規定，書記官可以被調動至地方法院協助法官辦事。例如，如果高等行政法院需要協助地方法院處理某一案件，書記官可以被調派過去協助地方法院的法官辦理該案件的相關事務。在這種情況下，書記官需要服從地方法院的法官的指揮命令來執行工作。
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