本條例之主管機關為交通部。
根據自由貿易港區設置管理條例第 4 條，本條例之主管機關為交通部。這表示交通部負責管理和監督自由貿易港區的相關事務。例如，交通部負責核准自由港區的設置、管理自由港區內的進出口活動，以及監督自由港區事業的遵守法規等。以下為具體的法例和案例來支持這個結論： 參考資料： - 自由貿易港區設置管理條例：根據該法中的相關條款和內容，交通部有權制定自由貿易港區的相關法規、指導自由貿易港區的運作，並負責處理與自由港區有關的事務。 - 最高行政法院98年度判字第420號判決：在該案中，法院提到交通部作為自由貿易港區的主管機關，負責處理違反自由貿易港區相關法規的案件。 基於以上的參考資料，可以確定自由貿易港區設置管理條例第 4 條的主管機關為交通部。
行政院應設自由港區協調委員會，審議自由港區發展政策、自由港區劃設案件、跨自由港區業務協調，及其他經行政院指定之重要事項。 前項委員會由相關部會首長及相關業者代表組成。
立法理由一、本條明定自由港區發展政策、自由港區劃設申請案件、跨自由港區業務協調及其他重要事項，由行政院設置之自由港區協調委員會審議。 二、配合政府組織再造及機動組織功能，自由港區協調委員會應由交通部、經濟部、財政部、內政部、外交部及陸委會等有關部會首長組成，並由行政院副院長擔任召集人，屬任務編組之性質，而非常設之正式機關組織。 三、自由港區協調委員會為幕僚性質之任務編組單位，其依本條例及行政院指定審議事項，應於審議後將審議結果報請行政院核定，以完成行政行為之程序。
本條例之主管機關為交通部。
立法理由為自由港區長期發展，宜將政策推動、業務協調與實際管理之機關合一，爰明定交通部為本條例之主管機關；另為提升行政效能，爭取自由港區發展商機，並刪除自由港區協調委員會之設置及其運作規範。
一、本條明定自由港區發展政策、自由港區劃設申請案件、跨自由港區業務協調及其他重要事項，由行政院設置之自由港區協調委員會審議。 二、配合政府組織再造及機動組織功能，自由港區協調委員會應由交通部、經濟部、財政部、內政部、外交部及陸委會等有關部會首長組成，並由行政院副院長擔任召集人，屬任務編組之性質，而非常設之正式機關組織。 三、自由港區協調委員會為幕僚性質之任務編組單位，其依本條例及行政院指定審議事項，應於審議後將審議結果報請行政院核定，以完成行政行為之程序。
為自由港區長期發展，宜將政策推動、業務協調與實際管理之機關合一，爰明定交通部為本條例之主管機關；另為提升行政效能，爭取自由港區發展商機，並刪除自由港區協調委員會之設置及其運作規範。
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