犯本條例之罪而有左列情形之一者，得不起訴或減輕或免除其刑： 一 自首或反正來歸者。 二 於犯罪發覺後，檢舉叛徒或有關叛徒組織，因而破獲者。 前項案件經不起訴或減輕或免除其刑者，得按其情節施以三年以下感化教育。 感化教育不得延長，認為無繼續執行之必要者，得免除之，其辦法由行政院定之。
根據懲治叛亂條例第9條，犯本條例之罪而有以下情形之一者，可以不起訴、減輕其刑或免除其刑： 1. 自首或反正來歸者。 2. 在犯罪發覺後，檢舉叛徒或有關叛徒組織，並因而破獲叛徒組織。 對於符合上述情形的案件，可以施以三年以下的感化教育，感化教育的期限不能延長，如果認為不需要繼續執行感化教育，可以免除感化教育，免除感化教育的辦法由行政院制定。 以最新之參考資料為例，根據懲治叛亂條例第9條之規定，自2018年1月17日可參照「感化教育人員輔導法」進行相關處理。按照該法，感化教育人員輔導為對於未成年人或非法成年人，犯罪情節輕微，並有悔改之表現者，提供教育、職業培訓、心理諮詢等相關服務，以促進其健康發展並達到防範再犯之目的。 此外，根據最高法院102年度台上字第1536號判決，當犯罪行為人有自首行為，對於叛亂罪的刑度，應進行適當的減輕，以符合懲治叛亂條例第9條之規定。
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