根據替代役實施條例第60-1條，用人單位在研發役或產業訓儲役的第二階段服役期間，需要按月向主管機關繳納研究發展費或產業訓儲費，用於以下目的： 1. 支出役男第一階段和第二階段服役期間的薪俸、主副食費、住宿和交通津貼、保險、撫卹以及相關權益。 2. 支出進行研發役或產業訓儲役所需的基礎訓練和專業訓練費用。 3. 支出與用人單位或役男有關的行政與管理費用，包括申請、資格審核、督考、人員訪談、制度執行和運作等。 4. 支出延攬和獎勵研發役或產業訓儲役役男的費用。 5. 管理基金和一般行政支出。 6. 其他與研發役或產業訓儲役相關的支出。 根據該條例，主管機關應設置基金，編製附屬單位預算，以處理上述業務。 關於研究發展費和產業訓儲費的繳納基準，則由主管機關來定。
用人單位應於研發替代役之第二階段服役期間，按月向主管機關繳納研究發展費，為下列各款之運用： 一、研發替代役役男第一階段及第二階段服役期間之薪俸、主副食費、住宿及交通津貼、保險、撫卹及相關權益等支出。 二、辦理研發替代役役男軍事基礎訓練及專業訓練所需費用支出。 三、對用人單位或役男之申請、資格甄審、服勤督考、人員訪談、檢視制度執行及運作等行政與管理費用。 四、延攬及獎助研發替代役役男支出。 五、基金之管理及總務支出。 六、其他有關研發替代役事項之支出。 主管機關為辦理前項業務，應設置基金，編製附屬單位預算。 第一項研究發展費之繳納基準，由主管機關定之。
立法理由一、本條新增。 二、照黨團協商條文通過。
用人單位應於研發替代役或產業訓儲替代役之第二階段服役期間，按月向主管機關繳納研究發展費或產業訓儲費，為下列各款之運用： 一、研發替代役或產業訓儲替代役役男第一階段及第二階段服役期間之薪俸、主副食費、住宿及交通津貼、保險、撫卹及相關權益等支出。 二、辦理研發替代役或產業訓儲替代役役男基礎訓練及專業訓練所需費用支出。 三、對用人單位或役男之申請、資格甄審、服勤督考、人員訪談、檢視制度執行及運作等行政與管理費用。 四、延攬及獎助研發替代役或產業訓儲替代役役男支出。 五、基金之管理及總務支出。 六、其他有關研發替代役或產業訓儲替代役事項之支出。 主管機關為辦理前項業務，應設置基金，編製附屬單位預算。 第一項研究發展費及產業訓儲費之繳納基準，由主管機關定之。
立法理由一、配合第四條第一項增訂第三款產業訓儲替代役，爰原條文第一項及第三項酌作修正。 二、配合兵役法第二十五條第一項及第二項之文字，將原條文第一項第二款之「軍事」二字予以刪除。 三、原條文第二項未修正。
一、本條新增。 二、照黨團協商條文通過。
一、配合第四條第一項增訂第三款產業訓儲替代役，爰原條文第一項及第三項酌作修正。 二、配合兵役法第二十五條第一項及第二項之文字，將原條文第一項第二款之「軍事」二字予以刪除。 三、原條文第二項未修正。
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