保稅工廠以保稅原料或自用機器、設備名義報運非保稅物品進口，逾第二十九條規定之期限而自行申報補稅者，除補繳稅捐外，並自原料或自用機器、設備進口放行之翌日起至稅捐繳清之日止，就應補稅捐金額按日加徵萬分之五之滯納金。但經海關查獲者，除補稅及加徵滯納金外，應另依海關緝私條例第三十七條第一項第四款規定處分。
根據海關管理保稅工廠辦法第58條的規定，如果保稅工廠以保稅原料或自用機器、設備的名義報運非保稅物品進口，且超過第29條規定的期限而自行申報補稅，除了要補繳稅款外，從原料或自用機器、設備進口放行的翌日起至稅款繳清的日子為止，必須按每日萬分之五的滯納金加徵。然而，如果被海關發現的話，除了要補稅和加徵滯納金外，還必須依照海關緝私條例第37條第一項第四款的規定進行處分。 參考資料：海關管理保稅工廠辦法（https://law.moj.gov.tw/LawClass/LawAll.aspx?pcode=O0030036） 範例：如果一家保稅工廠以保稅原料的名義報運了非保稅物品進口，但超過規定的期限後才自行申報補稅，那麼該工廠需要補繳稅款並支付滯納金。假設這家工廠的物品於1月1日放行，並且稅款直到1月31日才被繳清。在這段期間，該工廠必須按照每日萬分之五的滯納金率支付滯納金，直到整個稅款繳清。如果海關在這期間發現了這個違規行為，則除了要補稅和支付滯納金外，還將按照海關緝私條例進行處罰。
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