根據國家重點領域產學合作及人才培育創新條例第46條的規定，針對研究學院經營規劃及績效不佳的情況，有以下幾項規定： 1. 如果管理會認定研究學院的經營規劃及績效不佳，可以採取以下兩種方式進行處理： - 第一種方式是管理會要求研究學院限期提出改善計畫，該計畫必須經過管理會審議通過後執行，並報監督會備查。 - 第二種方式是如果研究學院未按照前述規定提出改善計畫或改善計畫未獲得管理會的審議通過，管理會可以直接提出改善計畫要求研究學院執行，同樣需要報監督會備查。 2. 研究學院的績效報告書經監督會審議後，如果被認定經營績效不佳，研究學院應該在六個月內擬訂各項經營改善計畫，提交管理會審議，並經監督會通過後，送校務會議備查。 3. 對於前述經營改善計畫的執行情況，研究學院應定期向監督會報告。如果監督會認定改善無效且需要停辦，研究學院應在三個月內提出停辦計畫，該計畫需要經由管理會和監督會審議通過，並提交校務會議審議，待國立大學報主管機關核定後執行。如果管理會未能處理，監督會則應提出停辦計畫，提交校務會議審議，待國立大學報主管機關核定後執行。 這些規定可以幫助管理機關及各級機構對研究學院的經營績效進行監督，並提供了措施以推動改善。參考資料中未具體舉例與第46條有關的情況。
研究學院經管理會認定經營規劃及績效不佳者，依下列規定之一辦理： 一、管理會令研究學院限期提出改善計畫，經管理會審議通過後執行，並報監督會備查。 二、研究學院未依前款規定提出改善計畫或改善計畫未獲管理會審議通過，管理會得逕提出改善計畫，令研究學院執行，並報監督會備查。 研究學院之績效報告書經監督會審議後，認定其經營績效不佳者，研究學院應於六個月內擬訂各項經營改善計畫，報管理會審議，經監督會通過後，送校務會議備查。 前項經營改善計畫之辦理情形，研究學院應定期向監督會報告；經監督會認定改善無效且須停辦者，研究學院應於三個月內提出停辦計畫，經管理會及監督會審議，送校務會議通過，由國立大學報主管機關核定後執行；管理會怠於處理時，應由監督會提出停辦計畫，送校務會議通過，由國立大學報主管機關核定後執行。
立法理由一、考量管理會負責決定研究學院經營方針，並審議其相關組織、人事及財務制度，倘經審議研究學院經營規劃報告書及績效報告書而認定有績效不佳之情形時，研究學院應對管理會負責，提出改善計畫；又倘研究學院未能於期限內提出改善計畫時，管理會得視情節輕重及需求，決定是否提出改善計畫或依第二十條規定解除院長職務。爰於第一項明定研究學院經管理會要求提出改善計畫之要件及相關程序。 二、考量監督會負責監督研究學院運作，並審議其績效報告書，爰於第二項明定監督會認定研究學院績效不佳時之處理程序。 三、由於研究學院之績效情形係經由監督會認定，爰於第三項前段明定改善情形應向監督會報告及監督會認定改善無效且須停辦之處理。另考量研究學院停辦係屬重大事項，爰明定停辦計畫須經校務會議審議通過後送主管機關核定。
一、考量管理會負責決定研究學院經營方針，並審議其相關組織、人事及財務制度，倘經審議研究學院經營規劃報告書及績效報告書而認定有績效不佳之情形時，研究學院應對管理會負責，提出改善計畫；又倘研究學院未能於期限內提出改善計畫時，管理會得視情節輕重及需求，決定是否提出改善計畫或依第二十條規定解除院長職務。爰於第一項明定研究學院經管理會要求提出改善計畫之要件及相關程序。 二、考量監督會負責監督研究學院運作，並審議其績效報告書，爰於第二項明定監督會認定研究學院績效不佳時之處理程序。 三、由於研究學院之績效情形係經由監督會認定，爰於第三項前段明定改善情形應向監督會報告及監督會認定改善無效且須停辦之處理。另考量研究學院停辦係屬重大事項，爰明定停辦計畫須經校務會議審議通過後送主管機關核定。
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