法醫師承檢察長、主任檢察官及檢察官之命，辦理有關相驗、解剖、檢驗、鑑定等事項。其員額在二人以上未設主任法醫師者，得由檢察長指定一人主管行政事務。並報請法務部核備。
根據地方檢察署及其檢察分署處務規程第 57 條，法醫師是由檢察長、主任檢察官或檢察官指派，負責執行相驗、解剖、檢驗、鑑定等相關工作。若法醫師人數超過兩人且沒有指定主任法醫師的情況下，檢察長可以指定一人負責行政事務，並向法務部核備。 舉例來說，如果一個地方檢察署擁有三名法醫師，檢察長可以指派其中一人擔任主任法醫師，負責管理該單位的行政事務。另外兩位法醫師則負責執行相驗、解剖、檢驗、鑑定等工作。這樣的指派安排需要向法務部進行核備。
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