根據大眾捷運法第 4 條，大眾捷運系統的主管機關在中央為交通部，在直轄市為直轄市政府，在縣（市）為縣（市）政府。而如果路網跨越不相隸屬之行政區域，則由各有關直轄市、縣（市）政府協議決定地方主管機關，協議不成者，由交通部指定之。這是根據大眾捷運法第 4 條所規定的内容。
大眾捷運系統主管機關：在中央為交通部；在地方為路網所在地之省（市）或縣（市）政府。 路網跨越不相隸屬之行政區域者，由各有關省（市）或縣（市）政府協議決定地方主管機關。協議不成者，依左列規定： 一、路網跨越二以上省（市）行政區域者，由交通部指定地方主管機關。 二、路網跨越二以上縣（市）行政區域者，由省政府指定地方主管機關。
立法理由一、第一項規定大眾捷運系統之各級主管機關，以明權責。 二、第二項規定大眾捷運系統路網跨越不相隸屬之行政區域時，其主管機關之決定方式。
大眾捷運系統主管機關：在中央為交通部；在省（市）為省（市）政府；在縣（市）為縣（市）政府。 路網跨越不相隸屬之行政區域者，由各有關省（市）或縣（市）政府協議決定地方主管機關；協議不成者，依左列規定： 一、路網跨越二以上省（市）行政區域者，由交通部指定地方主管機關。 二、路網跨越二以上縣（市）行政區域者，由省政府指定地方主管機關。
立法理由一、第一項文字修正，以使各級主管機關更為明確。 二、第二項未修正。
大眾捷運系統主管機關：在中央為交通部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。 路網跨越不相隸屬之行政區域者，由各有關直轄市、縣（市）政府協議決定地方主管機關，協議不成者，由交通部指定之。
立法理由配合臺灣省政府功能業務與組織調整，刪除第一項由省政府為主管機關之部分，並刪除第二項中有關路網跨越不相隸屬之行政區域者，省政府參與協議決定地方主管機關及協議不成時指定地方主管機關之權限。
一、第一項規定大眾捷運系統之各級主管機關，以明權責。 二、第二項規定大眾捷運系統路網跨越不相隸屬之行政區域時，其主管機關之決定方式。
一、第一項文字修正，以使各級主管機關更為明確。 二、第二項未修正。
配合臺灣省政府功能業務與組織調整，刪除第一項由省政府為主管機關之部分，並刪除第二項中有關路網跨越不相隸屬之行政區域者，省政府參與協議決定地方主管機關及協議不成時指定地方主管機關之權限。
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