重點摘要傳染病防治法第 16 條規定地方主管機關於轄區發生疫情時，應立即動員、回報中央，並得成立地方流行疫情指揮中心。
Q · 疫情爆發時，地方政府能做什麼？
立即動員、成立地方指揮中心、不必等中央
依傳染病防治法第 16 條，地方主管機關（直轄市政府、縣市政府）於轄區發生流行疫情或有發生之虞時，應立即動員所屬機關採行必要措施，並迅速回報中央。地方除依中央指示辦理外，可基於自身權責採行適當防治措施；認有統籌指揮必要時，得成立地方流行疫情指揮中心。中央主管機關則扮演協調、監督、協助角色。
疫情真的爆發的那一刻，誰先動手？很多人以為是中央。錯了，是地方政府。本條把第一線責任放在縣市政府手上：你的轄區一旦出現流行疫情或有發生的徵兆，市長就必須立刻動員所屬機關，先處理再回報。這個「先處理」的設計藏著一個關鍵邏輯：疫情不等公文。SARS、H1N1、COVID-19，每一次都是地方先動，中央再跟。第三項甚至允許縣市政府成立自己的「流行疫情指揮中心」，這代表你看到的雙北、台中、高雄在 COVID-19 期間各自的防疫記者會，不是政治秀，是法律明確賦予的指揮權。第四項則是中央的協調角色，注意是「協調」不是「指揮」，這在中央指揮中心成立前的階段特別重要。
傳染病防治法第 16 條為地方防疫權核心條文，建立四個層次機制：地方主管機關第一線動員義務（第一項）、地方自主權責與中央指示並存原則（第二項）、地方流行疫情指揮中心成立依據（第三項）、中央協調及監督協助地位（第四項），構成台灣中央地方雙軌防疫體系的法源基礎。
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原則上聽地方的，特別是「在地執行」的指令。本條第二項規定地方應依中央指示辦理，但同時保留地方權責動作。實務上中央會透過協調會報統合，不會出現直接衝突。如果真的衝突，看內容性質：跨縣市流動標準聽中央（疫苗政策、邊境管制），單一縣市內的執行細節聽地方（內用規定、營業時間）。內行人提示：當你不確定該聽誰時，打 1922 直接問，疾管署的答覆具有實務指引效力。
是地方政府依本條第三項成立的任務編組，把衛生、警政、消防、社政、教育、經發局等局處統合起來。實務上效果參差，看市長重視程度和平時演練。台北市、高雄市的指揮中心相對成熟，有些縣市則接近紙上組織。內行人提示：判斷你所在縣市的指揮中心是否真正運作，看記者會頻率、跨局處決策速度、是否有獨立的疫調團隊。沒有這三項，名義上的指揮中心多半只是個會議室。
建立地方第一線防疫權的核心條文，規定縣市政府於轄區疫情發生時應立即動員，並可成立地方流行疫情指揮中心。
依本條第三項由地方主管機關成立的任務編組，整合衛政、警政、消防、社政、教育等局處，由縣市長擔任指揮官。
本條第一項要求地方在疫情徵兆出現時無寬限期啟動，實務上以小時計，不是看完公文流程才動作。
中央指揮中心統籌全國跨部會跨縣市資源（第 17 條），地方指揮中心統籌轄區內機關（本條第三項），兩者可並存。
撥打 1922 或所在地衛生局專線通報，提供時間、地點、人數、症狀，保存通報受理編號便於追蹤。
由縣市長依本條第三項判斷有統籌指揮必要時自行啟動，無須報請中央同意，發布指揮中心成立令並指定指揮官即可運作。
本條本身無罰則，依違反內容裁罰：拒絕配合 3,000-15,000 元、違反強制隔離 60,000-300,000 元（依各專條）。
可向地方議會質詢、向衛福部疾管署檢舉要求中央依本條第四項監督介入，或就具體損害提國家賠償。
本條專責疫情、災防法涵蓋所有災害。疫情通常先適用本條，升級為重大災害時兩條同時適用。
特別條例優先適用（特別法優於普通法），但其未規定者回歸本條。COVID-19 期間特別條例多用於補助與罰則加重。
| 比較面向 | 中央流行疫情指揮中心（第 17 條） | 地方流行疫情指揮中心（第 16 條第三項） |
|---|---|---|
| 啟動門檻 | 考量國內外疫情嚴重程度，認有統籌資源必要 | 轄區有統籌指揮、調集所屬機關必要時即可 |
| 指揮範圍 | 跨部會、跨縣市、全國性協調 | 限轄區內機關及資源 |
| 決策位階 | 可動用國軍、發布全國性管制措施 | 限地方權責範圍內，受中央指示拘束 |
| 成立模式 | 「得」成立，由衛福部長為指揮官（或上呈行政院） | 「得」成立，由縣市長為指揮官 |
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保甲長及警察如發現傳染病人或因傳染病致死之屍體時，應於二十四小時內報告當地衛生主管機關。
地方衛生主管機關，應切實督導撲滅蚊、蠅、蚤、虱、鼠及蟑螂等傳染病之媒介。
傳染病發生或有發生之虞時，各級主管機關得設機動防疫隊，巡迴辦理防治事宜。
立法理由一、條次變更，本條為原條文第十一條移列。 二、因應傳染病防治需要，將「省（市）衛生主管機關」修正為「各級主管機關」。
地方主管機關於轄區發生流行疫情或有發生之虞時，應立即動員所屬各相關機關（構）及人員進行必要之處理，並迅速將結果彙報中央主管機關。 前項情形，地方主管機關除應本諸權責採行適當之防治措施外，並應依中央主管機關之指示辦理，以發揮整體防治效果。 前二項流行疫情之處理，地方主管機關認有統籌指揮、調集所屬相關機關（構）人員及設備，進行防治措施之必要時，得成立流行疫情指揮中心。 中央主管機關於必要時，得邀集相關機關召開流行疫情處理協調會報，協調各級政府相關人員及資源，並監督地方主管機關，協助進行防治措施。
立法理由一、本條為原條文第十一條移列。 二、修正條文第一項規定轄區發生疫情或有發生之虞時，地方主管機關於第一時間應立即動員處理。 三、原條文第二項未修正。 四、地方主管機關得適時成立疫情指揮中心，指揮統籌調度人力、設備與資源進行防治措施，爰予增訂第三項規定。 五、原條文第三項規定，移列為第四項，並修正文字；至於中央疫情指揮中心部分，另移列為修正條文第十七條。
地方主管機關於轄區發生流行疫情或有發生之虞時，應立即動員所屬各相關機關（構）及人員採行必要之措施，並迅速將結果彙報中央主管機關。 前項情形，地方主管機關除應本諸權責採行適當之防治措施外，並應依中央主管機關之指示辦理。 前二項流行疫情之處理，地方主管機關認有統籌指揮、調集所屬相關機關（構）人員及設備，採行防治措施之必要時，得成立流行疫情指揮中心。 中央主管機關於必要時，得邀集相關機關召開流行疫情處理協調會報，協調各級政府相關機關（構）人員及資源、設備，並監督及協助地方主管機關採行防治措施。
立法理由一、第一項、第二項及第四項酌作文字修正。 二、第三項未修正。
保甲長及警察如發現傳染病人或因傳染病致死之屍體時，應於二十四小時內報告當地衛生主管機關。
地方衛生主管機關，應切實督導撲滅蚊、蠅、蚤、虱、鼠及蟑螂等傳染病之媒介。
一、條次變更，本條為原條文第十一條移列。 二、因應傳染病防治需要，將「省（市）衛生主管機關」修正為「各級主管機關」。
一、本條為原條文第十一條移列。 二、修正條文第一項規定轄區發生疫情或有發生之虞時，地方主管機關於第一時間應立即動員處理。 三、原條文第二項未修正。 四、地方主管機關得適時成立疫情指揮中心，指揮統籌調度人力、設備與資源進行防治措施，爰予增訂第三項規定。 五、原條文第三項規定，移列為第四項，並修正文字；至於中央疫情指揮中心部分，另移列為修正條文第十七條。
一、第一項、第二項及第四項酌作文字修正。 二、第三項未修正。
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