本法主管機關：在中央為衛生福利部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
重點摘要傳染病防治法第 2 條規定主管機關三層架構：中央衛生福利部、直轄市政府、縣（市）政府，決定每張防疫處分的訴願管道。
Q · 防疫處分要找哪個機關訴願？
看公文左上發文機關，中央找衛福部、地方找縣市府
依傳染病防治法第 2 條，主管機關分中央衛生福利部、直轄市政府、縣（市）政府三層。處分由哪一級發出，就向該級機關提訴願。中央發的去衛福部訴願審議委員會，直轄市發的去該直轄市政府訴願會，縣市發的去縣市府訴願會。訴願期間 30 天，寫錯被告機關會被駁回，30 天過了就再也救不回來。
COVID-19 那三年，指揮官陳時中、王必勝每天上電視，下令停業、隔離、口罩令。你有沒有想過，他們的權力從哪裡來？不是憑空冒出來的，是一條法律鏈條：起點就在這條，定義「中央主管機關是衛生福利部」，再到本法後面的條文授權成立指揮中心。所以每張防疫罰單、每個停業令、每個入境管制，最後都會追溯到這條看起來最無聊的組織規定上。實務意義很具體：當你想抗議某個防疫措施，你必須先搞清楚「誰下的命令」。中央訂的去中央訴願，地方訂的去地方訴願。搞錯對象，你的救濟程序從第一步就走錯了。三層架構，三個獨立的行政主體，三條完全不同的救濟管道。
傳染病防治法第 2 條為組織授權條款，建立三層主管機關架構：中央主管機關為衛生福利部，直轄市主管機關為直轄市政府，縣（市）主管機關為縣（市）政府。本條決定全國所有防疫命令、處分、罰單的發文層級與救濟管道，是判斷防疫權限歸屬的起點。
AI 輔助整理，以條文原文為準
嚴格說，中央流行疫情指揮中心是衛福部疾管署依本法授權成立的「臨時性任務編組」，不是常設行政機關。它對外發布的命令，法律上的處分機關是衛福部。所以你要訴願或行政訴訟，被告對象是衛福部，不是「指揮中心」這個名字。內行人提示：訴願書如果寫錯被告，會被裁定駁回，等你發現時 30 天訴願期間通常已經過了。
本條建立兩層架構：中央衛福部負責政策、傳染病分類等核心事項；地方政府負責執行、現場處分。實務上，地方衛生局可以依中央授權做更嚴格的措施（例如 COVID 期間台北市曾比中央嚴），但不能低於中央標準，也不能訂出明顯超越本法授權的措施。內行人提示：當中央和地方規定衝突時，原則上以較嚴格者為準，但你要救濟時還是要對發處分的那個機關。
本條規定三層主管機關：中央為衛生福利部、直轄市為直轄市政府、縣（市）為縣（市）政府，三者為獨立行政主體。
中央衛福部負責政策、傳染病分類、跨縣市協調等核心事項；地方政府負責轄區執行、現場處分、罰則裁處。
依本法第 17 條由衛福部疾管署成立之任務編組，非常設行政機關，對外處分法律主體為衛福部。
衛福部是部級中央主管機關（本條），疾管署是衛福部下轄三級機關，衛生局是縣市政府所屬機關。
看公文左上角「發文機關」欄位，對照本條三層架構：衛福部 → 中央訴願；直轄市政府/衛生局 → 直轄市訴願；縣市政府/衛生局 → 縣市訴願。
30 天內向對應機關訴願會遞訴願書（免裁判費）。律師費可選請可不請，書狀格式參考各機關訴願會官網範本。
對承辦人員說「依本法第 2 條，主管機關是貴局還是衛福部」+「處分依據哪一條」，對方一聽就知道你懂行政組織法。
訴願決定送達次日起 2 個月內，向該地高等行政法院提行政訴訟。再不利可上訴最高行政法院。
本條中央主管機關只衛福部一個；本法第 6 條另定中央目的事業主管機關（內政、財政、教育等部會），是「協助」非「主管」。
本法主管機關是衛福部（管人類傳染病）；動物傳染病防治條例主管機關是農業部（管動物傳染病），完全不同法律與機關。
| name | entity | scope | appeal_target | litigation_court |
|---|---|---|---|---|
| 中央主管機關 | 衛生福利部 | 全國政策、傳染病分類、跨縣市協調、指揮中心成立 | 衛福部訴願審議委員會 | 臺北高等行政法院 |
| 直轄市主管機關 | 直轄市政府（如臺北市、新北市、桃園市、臺中市、臺南市、高雄市） | 轄區內防疫執行、罰則裁處、隔離命令、停業命令 | 該直轄市政府訴願會 | 該轄區高等行政法院 |
| 縣（市）主管機關 | 縣（市）政府（如新竹縣、宜蘭縣等） | 轄區內防疫執行、現場處分、衛生稽查 | 該縣（市）政府訴願會 | 該轄區高等行政法院 |
AI 輔助整理之對應參考，非官方對照，以各國原文為準
衛生主管機關應將傳染病之防治，列入中心工作，傳染病未發現時，應實施各項調查及有效預防措施。當發現或流行時，除診治傳染病人外，應竭力撲滅，並防止其蔓延。
本條例所稱傳染病如左： 一、霍亂。 二、桿菌性及阿米巴性痢疾。 三、傷寒、副傷寒。 四、流行性腦脊髓膜炎。 五、白喉。 六、猩紅熱。 七、鼠疫。 八、斑疹傷寒。 九、回歸熱。 十、狂犬病。 十一、黃熱病。 前項各款以外之傳染病，中央衛生主管機關認為有依本條例施行防治之必要時，得臨時指定之。
本法所稱主管機關：在中央為行政院衛生署；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
立法理由一、條次變更，本條為原條文第三條移列。 二、「本條例」修正為「本法」，並參考新近法規如動物傳染病防治條例等之體例，將「衛生主管機關」修正為「主管機關」。 三、配合臺灣省政府業務功能調整，巳無定省為主管機關之必要，爰將「在省（市）為省（市）政府衛生處（局）」修正為「在直轄市為直轄市政府」，以提升協調機制。直轄市、縣（市）政府為本法相關條文所稱之「地方主管機關」。
本法主管機關：在中央為行政院衛生署；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
立法理由文字酌作修正。
本法主管機關：在中央為行政院衛生署；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
立法理由本條未修正。
本法主管機關：在中央為衛生福利部；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
立法理由因應行政院組織改制，修正中央主管機關「行政院衛生署」為「衛生福利部」。
衛生主管機關應將傳染病之防治，列入中心工作，傳染病未發現時，應實施各項調查及有效預防措施。當發現或流行時，除診治傳染病人外，應竭力撲滅，並防止其蔓延。
本條例所稱傳染病如左： 一、霍亂。 二、桿菌性及阿米巴性痢疾。 三、傷寒、副傷寒。 四、流行性腦脊髓膜炎。 五、白喉。 六、猩紅熱。 七、鼠疫。 八、斑疹傷寒。 九、回歸熱。 十、狂犬病。 十一、黃熱病。 前項各款以外之傳染病，中央衛生主管機關認為有依本條例施行防治之必要時，得臨時指定之。
一、條次變更，本條為原條文第三條移列。 二、「本條例」修正為「本法」，並參考新近法規如動物傳染病防治條例等之體例，將「衛生主管機關」修正為「主管機關」。 三、配合臺灣省政府業務功能調整，巳無定省為主管機關之必要，爰將「在省（市）為省（市）政府衛生處（局）」修正為「在直轄市為直轄市政府」，以提升協調機制。直轄市、縣（市）政府為本法相關條文所稱之「地方主管機關」。
文字酌作修正。
本條未修正。
因應行政院組織改制，修正中央主管機關「行政院衛生署」為「衛生福利部」。
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