依照行政法院組織法第2條規定，行政法院分為高等行政法院、最高行政法院二級。此外，依照行政訴訟法第3條之1規定，辦理行政訴訟之地方法院行政訴訟庭，亦為行政訴訟法所稱之行政法院。因而，我國就行政訴訟事件，係採取三級二審制。審級制度為訴訟程序之一環，有糾正下級審裁判之功能。依行政法院組織法第12條規定，最高行政法院管轄之事件有不服高等行政法院裁判而上訴或抗告之事件、其他依法律規定由最高行政法院管轄之事件。故對於高等行政法院而言，最高行政法院為高等行政法院之上級法院。

各個訴訟事件的情節有輕有重，對於情節較單純、或本質上適宜迅速終結的訴訟事件，行政訴訟法規定有該類事件要踐行的訴訟程序，就是簡易訴訟程序（行政訴訟法第229條第1項）。 例如：不服的核課稅額在新臺幣40萬元以下的，要向地方法院行政訴訟庭提起行政訴訟，就是適用簡易訴訟程序。

行政訴訟法有規定「假扣押」制度，是附屬於債權人對於債務人所提起之本案訴訟，係為了確保公法上金錢給付請求權日後可以被實現或強制執行，債權人向行政法院聲請暫時地查封債務人的財產，禁止債務人處分財產的1種保全程序（行政訴訟法第293條）。至如海關緝私條例第49條之1第1項、所得稅法第 110 條之 1、稅捐稽徵法第24條第2項、關稅法第48條第2項、廢棄物清理法第71條第1項、全民健康保險法第 93 條等規定，是行政實體法有關假扣押的特別規定，則與行政訴訟法所規定的假扣押制度不同（最高行政法院 103 年9月份第2次庭長法官聯席會議）。

以某一時間作為判斷的基準。如行政訴訟的裁判基準時，是指行政訴訟中，法院的裁判要以哪個時間點作為基準來認定事實及適用法律，進而根據它來判斷行政行為是否合法。因為事實及法律都有可能會隨著時間經過發生變動，特定的行政行為可能依照舊法規定是合法，但依照新法規定則是違法。所以於行政訴訟，個案究應採取何種時間基準就具有重要的意義。 例如：甲因紅線停車遭裁罰，甲不服提起行政訴訟，雖然在法院審理中，該紅線路段已被主管機關塗銷、變為白線，但因法院審理是要判斷該裁罰處分是否合法，其時間基準是甲為停車行為時該處是否存在畫紅線的事實，及從甲停車到被處罰時，在畫紅線處停車要處以罰鍰的規定有無變更（行政罰法第4條、第5條）。

於提起行政訴訟時，有所謂客觀的「預備訴之合併」，係指原告同時對相同被告提起理論上不能併存的2個訴之聲明，以預防「先位之訴」無理由時，可就「備位之訴」獲得有理由判決之訴之合併而言。故「先位之訴」有理由，法院即無須就「備位之訴」為斟酌、裁判；惟「先位之訴」無理由，法院駁回先位之訴，即應就「備位之訴」為進一步審酌及裁判。先位之訴、備位之訴均無理由時，則併予駁回。

法院審理各種訴訟案件，是以認定事實、適用法律為審判活動重點的訴訟審級。如法院只審查法律適用的正確性，而不再調查、認定與本案有關的事實，稱為法律審。如法院負有調查、認定事實的義務，稱為事實審。簡易、通常訴訟程序的行政訴訟事件第一審，分別歸由地方法院行政訴訟庭、高等行政法院管轄，這種情形，地方法院行政訴訟庭及高等行政法院就都是事實審。

提供正在進行權利救濟的當事人可以向法院請求給予暫時性的權利保護制度（行政訴訟法第298條）。分為二類： 1、保全處分：對於在非金錢債權給付的行政訴訟中，權利因現狀變更，有不能實現或甚難實現之虞，為確保將來獲得勝訴判決後可以強制執行，可以在判決前先向行政法院聲請裁定酌定必要方法的處分。 例如：聲請行政法院暫時禁止環保機關在未施工完成之垃圾掩埋場堆放垃圾。 2、定暫時狀態處分：對有爭執的公法上法律關係，為了防止發生重大危害或避免急迫危險而有必要時，得於判決前先向行政法院聲請裁定定暫時狀態的處分。 例如：聲請行政法院暫時許可對應考資格有所爭議的考生先參加國家考試。

在行政訴訟，行政機關如果「未改變行政處分之本質與結果（同一性）」，且符合其他要件時，可以追加、變更或補充行政處分理由及其法律依據。

行政程序上所謂職權調查原則，乃指行政機關有義務依職權調查事實真相，而不受當事人陳述之拘束。職權調查原則認為法院對於涉及裁判之重要事實關係，得自行確定不受當事人聲明或主張之拘束，縱使當事人未提供之訴訟資料，法院也可依職權取得。比如行政訴訟法第125條第1項規定行政法院應依職權調查事實關係，不受當事人主張之拘束。

憲法第77條及第82條分別規定，司法院為國家最高司法機關，掌理民事、刑事、行政訴訟之審判及公務員之懲戒。司法院及各級法院之組織，以法律定之。依前述規定所設立的法院，如地方法院、最高法院、最高行政法院、公務員懲戒委員會等，都是通常法院的一種。