監督機關之監督權限如下：
一、發展目標及計畫之核定。
二、規章、年度營運（業務）計畫與預算、年度執行成果及決算報告書之核定或備查。
三、財產及財務狀況之檢查。
四、營運（業務）績效之評鑑。
五、董（理）事、監事之聘任及解聘。
六、董（理）事、監事於執行業務違反法令時，得為必要之處分。
七、行政法人有違反憲法、法律、法規命令時，予以撤銷、變更、廢止、限期改善、停止執行或其他處分。
八、自有不動產處分或其設定負擔之核可。
九、其他依法律所為之監督。
行政法人法 第三章 營運（業務）及監督
§ 15–19共 5 條
- 監督機關應邀集有關機關代表、學者專家及社會公正人士，辦理行政法人之績效評鑑。
- 行政法人績效評鑑之方式、程序及其他相關事項之辦法，由監督機關定之。
績效評鑑之內容如下：
一、行政法人年度執行成果之考核。
二、行政法人營運（業務）績效及目標達成率之評量。
三、行政法人年度自籌款比率達成率。
四、行政法人經費核撥之建議。
- 行政法人應訂定發展目標及計畫，報請監督機關核定。
- 行政法人應訂定年度營運（業務）計畫及其預算，提經董（理）事會通過後，報請監督機關備查。
- 行政法人於會計年度終了一定時間內，應將年度執行成果及決算報告書，委託會計師查核簽證，提經董（理）事會審議，並經監事或監事會通過後，報請監督機關備查，並送審計機關。
- 前項決算報告，審計機關得審計之；審計結果，得送監督機關或其他相關機關為必要之處理。
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