自由港區事業違反第二十條第一項規定，未定期盤點或送海關備查，或違反第二項規定，未補登帳冊或補繳稅費者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得由海關停止其六個月以內之進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
根據自由貿易港區設置管理條例第41條，如果自由港區事業違反第20條第1項規定，未定期盤點或送海關備查，或違反第2項規定，未補登帳冊或補繳稅費，海關可以處以新台幣三萬元以上三十萬元以下的罰鍰，並要求其在限期內改正。如果在限期內仍未改正，海關可以停止其六個月以內的進儲貨物，或由自由港區管理機關廢止其營運許可。 根據財政部關稅總局94年3月15日台總緝字第0941004758號函，自由貿易港區設置管理條例第16條和第34條第1項規定，國外貨物進儲自由港區，如果屬於轉口貨物（具有轉口貨物性質），並且經檢舉或海關主動查核並鑑定確定為仿冒貨物，則可以適用自由貿易港區設置管理條例第16條第1款和第34條第1項的處罰規定。然而，對於轉口貨物（而非自由港區）的轉口貨物（非自由貿易港區），如果海關發現其涉嫌侵害智慧財產權案件，根據經濟部智慧財產局的結論，海關應該通知下一個轉口港或目的港的海關，並無權對轉口貨物進行處罰。換言之，如果轉口貨物已經據實詳細申報，海關無權對其進行處罰。 此外，根據自由貿易港區設置管理條例，核准的自由港區事業可以向海關通報並經電腦回應紀錄，然後才能進出自由港區從事轉口、轉運、承攬運送、報關服務等事業。對於通報中有虛報或不實情事的情況，不適用海關緝私條例，而適用自由貿易港區設置管理條例第35條第1項的特別規定，根據該規定，可以處以新台幣三萬元以上三十萬元以下的罰鍰，並有可能停止進儲貨物六個月以內或廢止營運許可。 根據最高行政法院的判決，如果未經目的事業主管機關核准，輸入違禁品（包括非屬真品平行輸入之侵害專利權、商標權或著作權的物品），則適用自由貿易港區設置管理條例第34條第1項的特別規定，可以處以新台幣三萬元以上三十萬元以下的罰鍰，並有可能在30日內退運出區或沒收。 根據原文中的資料，存在一個案例，涉及自由港區事業報運進出口的香菸，該案例涉及轉口貨物並可能侵害智慧財產權的情況，但根據參考資料中的相關法條和會議結論，此案例可能不适用海关緝私條例的規定。
自由港區事業違反第十七條第一項或第二項規定，擅將貨物運往其他自由港區、課稅區或保稅區而有私運行為者，海關應依海關緝私條例規定處罰。 自由港區事業存儲之貨物，未依第二十七條規定辦理或經查核無故短少者，除應負責補繳短少貨物之有關稅捐外，得予以警告或處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並限期改正；屆期未改正者，並得按次連續處罰；連續處罰三次仍未完成改正者，得停止其六個月以下之進儲貨物或廢止其營運許可。 自由港區事業如有其他違法漏稅情事者，依有關法律之規定處理。
立法理由一、自由港區事業未依規定程序通報或申請核准擅將貨物運出自由港區，為私運貨物之行為，應依海關緝私條例辦理，本條例不另定處罰規定，爰於第一項予以渡定，俾資明確。 二、自由港區事業如未依第二十七條規定主動申報補繳稅費，或經查核有貨物無故短少者，除應補徵有關之稅捐外，須再予處罰，以提高自由港區事業之注意，爰於第二預予以明定。 三、依相關法令如尚涉及違章漏稅行為者，自仍應依有關法律漏稅罰之規定處罰，爰於第三項予以明定。
自由港區事業違反第二十條第一項規定，未定期盤點或送海關備查，或違反第二項規定，未補登帳冊或補繳稅費者，由海關處新臺幣三萬元以上三十萬元以下罰鍰，並命其限期改正；屆期未改正者，得由海關停止其六個月以內之進儲貨物或由自由港區管理機關廢止其營運許可。
立法理由一、條次變更，本條為原條文第三十八條移列。 二、明定處分機關，並酌作文字修正，另配合修正條文第二十條規定修正相關內容。
一、自由港區事業未依規定程序通報或申請核准擅將貨物運出自由港區，為私運貨物之行為，應依海關緝私條例辦理，本條例不另定處罰規定，爰於第一項予以渡定，俾資明確。 二、自由港區事業如未依第二十七條規定主動申報補繳稅費，或經查核有貨物無故短少者，除應補徵有關之稅捐外，須再予處罰，以提高自由港區事業之注意，爰於第二預予以明定。 三、依相關法令如尚涉及違章漏稅行為者，自仍應依有關法律漏稅罰之規定處罰，爰於第三項予以明定。
一、條次變更，本條為原條文第三十八條移列。 二、明定處分機關，並酌作文字修正，另配合修正條文第二十條規定修正相關內容。
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