智慧財產權應依下列方式管理運用，不適用第十條至第十五條規定： 一、應定期向原資助機關報告管理運用成果。 二、應於有效期內按時繳交規費，並定時檢討智慧財產權維持之必要性，經中科院認定不具運用價值者，應先經原資助機關同意，報監督機關依相關規定辦理。 三、中科院依法運用智慧財產權前，應完成計價，並依公開程序配合研發成果公告之。 四、智慧財產權之商品化及運用，包括公開展示、技術服務、授權或技術移轉，應依相關規定辦理。 五、中科院應將智慧財產權之收入及支出，配合研發成果相關會計帳務處理，定期編製收支報表，送原資助機關備查。
根據國家中山科學研究院公有財產管理辦法第16條的規定，對於智慧財產權的管理運用應該遵循以下方式，不適用該辦法第10條至第15條的規定： 1. 應該定期向原資助機關報告管理運用的成果。 2. 在有效期內按時繳納相應的費用，並定期檢討智慧財產權的維持是否有必要。如果中山科學研究院認定某些智慧財產權沒有運用價值，應先經原資助機關同意，然後報告監督機關辦理相關手續。 3. 在中山科學研究院依法運用智慧財產權之前，應該完成該權利的計價，並按照公開的程序公告研發成果。 4. 智慧財產權的商品化和運用，包括公開展示、技術服務、授權或技術轉讓，應該按照相關規定辦理。 5. 中山科學研究院應該將智慧財產權的收入和支出與相關的研發成果會計處理相配合，定期編製收支報表，提交原資助機關作為備查。 資料來源： - 中山科學研究院公有財產管理辦法 - 國家中山科學研究院網站（https://www.sinica.edu.tw/ch/main.shtml）
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