根據軍事審判法第139條，案件在以下情形下應為不起訴處分： 1. 曾經判決確定者：指案件已經有定讞的判決，例如刑期已經執行完畢，或者被告已經完全履行判決所需的處罰。 2. 時效已完成者：指犯罪行為距今已經超過法定的時效期限，無法再對犯罪行為追訴。 3. 曾經大赦者：指被法律、政府採取大赦措施，對於特定犯罪行為給予免除刑罰的特赦。 4. 犯罪後之法律已廢止其刑罰者：指當初犯罪行為所適用的法律已經被廢止，不再對該犯罪行為處以刑罰。 5. 告訴或請求乃論之罪，其告訴或請求已經撤回或已逾告訴期間者：指原本被害人向檢察官或法院提出告訴或請求對於犯罪行為進行審判，但後來撤回告訴或已經超過告訴期間。（範例：被害人對於搶劫案提出告訴，但後來改變主意撤回告訴，或者超過檢察期間） 6. 被告已死亡者：指被告在審判程序中已經死亡，無法對其進行審判。 7. 軍事法院對於被告無審判權者：指被告不符合受到軍事法院審判的資格，例如非現役軍人犯罪或非陸海空軍刑法及其特別法中列舉之罪嫌。（範例：平民對於陸軍官兵進行的犯罪行為提出告訴，但因為被告不是現役軍人所以軍事法院無審判權） 8. 行為不罰者：指被告的行為不屬於犯罪，不符合法律定義的違法行為。（範例：某人被控告侵入他人住宅，但事實上他是該住宅的合法居住者，因此其行為不構成非法入侵） 9. 法律應免除其刑者：指根據法律的特殊規定，某些特定情況下被告可以免除處罰。（範例：某些特定的自衛情況下，因為法律規定允許自衛行為，所以被告可以免除處罰） 10. 犯罪嫌疑不足者：指綜合考慮所有相關證據和資料後，無法確定被告是否實際犯罪，犯罪嫌疑不足以對其進行起訴。（範例：檢察官認為被告涉嫌犯罪，但依據目前的證據和資料不足以確定其犯罪事實）
軍事檢察官因告發、告訴、自首或其他情事知有犯罪嫌疑者，應即偵查犯人及證據。 軍法警察官遇有前項情形時，應即通知軍事檢察官並協助偵查。 軍事機關及部隊長官遇有第一項情形時，應即通知軍事檢察官。 軍法警察遇有第一項情形時，應報由主管之軍法警察官辦理之。
案件有下列情形之一者，應為不起訴之處分： 一、曾經判決確定者。 二、時效已完成者。 三、曾經大赦者。 四、犯罪後之法律已廢止其刑罰者。 五、告訴或請求乃論之罪，告訴或請求已經撤回或已逾告訴期間者。 六、被告已死亡者。 七、軍事法院對於被告無審判權者。 八、行為不罰者。 九、法律應免除其刑者。 十、犯罪嫌疑不足者。 依前項第七款之規定，為不起訴之處分者，應將案件移送於該管法院檢察署。
立法理由一、條次變更，本條為原條文第一百四十六條移列。 二、將「軍事審判機關」修正為「軍事法院」、「移送於有審判權之機關」修正為「移送於該管法院檢察署」。
軍事檢察官因告發、告訴、自首或其他情事知有犯罪嫌疑者，應即偵查犯人及證據。 軍法警察官遇有前項情形時，應即通知軍事檢察官並協助偵查。 軍事機關及部隊長官遇有第一項情形時，應即通知軍事檢察官。 軍法警察遇有第一項情形時，應報由主管之軍法警察官辦理之。
一、條次變更，本條為原條文第一百四十六條移列。 二、將「軍事審判機關」修正為「軍事法院」、「移送於有審判權之機關」修正為「移送於該管法院檢察署」。
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