保稅倉庫設立及管理辦法第41條規定了保稅貨物在出口前或修護完工後的稅務處理方式以及專供存儲免稅商店的自用保稅倉庫的稅務處理方式。 根據第1項，保稅貨物在重整後出口或修護貨櫃、貨盤完工後，若是課稅區國產貨物（除已公告取消退稅之項目外），可以依照關稅法第63條的規定辦理沖退稅款。這表示出口後可以將已繳納的稅款退還。 根據第2項，專供存儲免稅商店銷售貨物的自用保稅倉庫進儲課稅區國產貨物，當貨物通關放行後，可以由出口人向海關申請核發出口報單副本，然後憑藉該副本辦理沖退稅款。這表示出口人可以提出相關文件來申請退稅。 根據第3項，自用保稅倉庫進儲課稅區國產貨物的退貨申請應該在進儲的翌日起三個月內提出。如果出口人已經領取了出口報單副本，應該將副本收回並註銷或更正。如果已經辦理了沖退稅款，則需要補徵已沖退的稅款，並通知相關的稅捐稽徵機關。如果退貨超過三個月，則退貨手續將按照一般貨物進口的通關程序辦理，並按照該貨物進儲時的形態徵稅。 參考資料： 保稅倉庫設立及管理辦法第41條。
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