財政部依第十七條第二項或第二十四條規定通知經營通關網路業者限期改善或限期提出之事項，屆期未完成改善、未依限提出或未依其提出之改善計畫據以改善者，由財政部依關稅法第八十二條規定，處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下傳輸通關資料業務或廢止其許可。
根據通關網路經營許可及管理辦法第26-1條，如果財政部根據關稅法第82條規定通知經營通關網路業者限期改善或限期提出改善計畫，但業者屆期未完成改善、未提出計畫或未按計畫改善的，財政部可以處以新臺幣十萬元以上五十萬元以下的罰鍰，并可以要求業者在指定期限內改正。如果在指定期限內仍未改正，可再次處罰。如果被罰三次仍未完成改正，財政部可停止該業者六個月以下的傳輸通關資料業務，或廢止其許可。关税法第82條规定了对商业者的罚款措施，如未依法申报、隐瞒、拒绝检查、违反限定范围经营等行为，可处以新台币十万元以上五百万元以下的罚款，并减损其扣押的财物。
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