申請本部科技專案者，以經本部評鑑符合下列各款條件之研究機構為限：一、具有研究發展及技術擴散能力。 二、具有固定之研究場所與執行計畫之基本人力及設備。 三、具有完備之計畫作業、財產管理、人事、會計及內部稽核等專案計畫管理制度。 四、具有經濟部及所屬各機關科學技術委託或補助研究發展計畫研發成果歸屬及運用辦法第三十條之制度。 科技專案之研發成果歸屬國家所有者，其申請者不適用前項第四款規定；其研發成果相關制度規範，由本部另訂之。
根據經濟部推動研究機構開發產業技術辦法第13條，申請本部科技專案的研究機構需要符合以下條件： 1. 具有研究發展及技術擴散能力。 2. 具有固定的研究場所和執行計畫所需的基本人力和設備。 3. 具備完整的計畫作業、財產管理、人事、會計和內部稽核等專案計畫管理制度。 4. 具有經濟部及所屬各機關科學技術委託或補助研究發展計畫研發成果歸屬及運用辦法第三十條之制度。 其中，科技專案的研發成果归属国家所有者的申请者不适用第四款规定；其研发成果的相关制度规范将由本部另行制定。 這條法條的參考資料可以是經濟部推動研究機構開發產業技術辦法。根據這項法規，研究機構在申請本部科技專案之前，必須滿足這些條件。其中，有一些條件是具體的，例如具有固定的研究場所和執行計畫所需的基本人力和設備。另外一些條件則是涉及到研發成果的歸屬和運用的制度規範。
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