依前條規定與本部簽約執行科技專案者 (以下簡稱執行單位) ，應依約定期提交下列工作報告送本部審查：
一、執行關鍵類及環境建構類科技專案者，應提交工作季報、年度執行報告及全程執行總報告。
二、執行創新前瞻類科技專案者，應提交半年工作報告及年度執行報告。科技專案執行期間，本部於必要時得依約進行查證，派員實地查訪或查核帳目，執行單位應予配合。
本部依前項查證結果或科技專案執行進度，得進行審議，依約調整各該科技專案之工作項目或經費、終止或解除契約。
經濟部推動研究機構開發產業技術辦法 第四章 科技專案執行及收支管理
§ 17–28共 12 條
本部應依約分期撥付補助經費予執行單位。
第一期經費經執行單位提出申請者，本部得於簽約當日或之後先行撥付之。自第二期起之經費，應由執行單位檢具前期工作報告向本部申請撥款，本部應於申請函件送達後審核撥付。
科技專案變更應符合下列各款規定：一、本部因情事變更而認定有變更執行內容或調整期間之必要者，得於通知執行單位後，依約逕行辦理變更。二、於符合原定科技專案目標之原則下，執行單位認定有變更執行內容或調整期間之必要者，除應報本部同意事項外，由執行單位依約逕行辦理變更。前項科技專案變更應報本部同意事項，由本部另訂之。
執行單位執行科技專案，其經費收支應依約設專戶儲存並單獨設帳管理，定期編製經費支用 報表送本部審核。
科技專案經費包括人事費、業務費、旅運費、維護費、材料費、設備使用費、設備費、管理費及其他等項目。
前項規定各項目之費用，執行單位應以實際發生數檢據核銷；如有節餘經費，應繳交國庫。但其他之項目中得包含績效獎勵，以領據方式核銷。
執行單位執行科技專案依約所產生收支互抵後屬本部之淨收益，應全數交由本部繳交國庫。
執行單位執行科技專案辦理實驗生產者，本部得要求執行單位分別建立附屬作業會計制度，單獨計算損益。
執行單位執行科技專案，以政府經費所採購之研究設施及設備，本部得依約要求登記或交付 為國有。
前項研究設施及設備歸屬國有者，本部得與執行單位簽訂契約，委託其代為管理。
執行單位將代管之研究設施及設備用於科技專案以外之用途者，應繳交使用費。但經執行單位報本部核定者，不在此限。
前條第一項之研究設施及設備屬動產者，受託代管之執行單位得報經本部同意，依國有動產 贈與辦法之規定辦理捐贈，供教學或研究之用。
本部得專案核定將前條第一項之研究設施及設備作價取得股權，並編入歲入預算辦理。
科技專案財產之報廢或變賣，應依政府相關規定辦理，如有變賣所得，應繳交國庫。
執行單位應訂定相關辦法，從事與其他產業界、學術或研究機構之合作，以有效整合研究資源，共同推動產業技術研究發展。
執行單位應將前項辦法提報本部備查。
執行單位得以國際合作方式引進或共同開發技術。
執行單位進行前項國際合作者，得與合作之外國機關 (構) 或事業以契約具體約定下列各款事項：
一、合作標的。
二、合作方式。
三、計價方式。
四、轉授權權利。
五、使用地域。
六、合作所衍生研發成果之權益歸屬。
執行單位簽訂國際合作契約所約定之違約損害賠償責任，不得損及本部權益。
國際合作契約金額達一定金額以上，且該契約所約定事項有下列各款情形之一者，執行單位 應敘明理由報本部核定：
一、就合作標的未享有轉授權權利者。
二、就合作標的之使用限制特定地域者。
三、就合作所衍生研發成果未享有任何權益者。
前項一定金額，由本部定之。
執行單位執行科技專案有下列各款情形之一者，本部得依約核減該科技專案當年度或以後年度之管理費及績效獎勵，並得要求更換計畫主持人：
一、執行進度或經費動支落後，且未能改善者。
二、執行項目與契約內容不符者。
三、第十七條第二項之查證經評定為未達成預期成果者。
四、未依科技專案管理制度執行者。
五、違反契約相關規定者。
執行單位違反前項規定且情節重大者，本部得依約終止或解除契約。
執行單位於政府審監單位查核後，經本部要求改善而不予改善者，本部得依約減少或停止撥付經費、終止或解除契約。
科技專案執行期間屆滿後一定期間內，本部應依約進行查證。
本部依前項查證結果，得作下列決定：
一、准予結案。
二、限期改善。
三、減價結案。
四、不予結案。
經決定為前項第二款、第三款或第四款者，本部得依約核減該科技專案當年度或以後年度之管理費及績效獎勵。
查證結果屬第一項第四款者，該執行單位於一定期間內，不得申請科技專案。
前項一定期間，由本部另定之。
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