本部應依約分期撥付補助經費予執行單位。 第一期經費經執行單位提出申請者，本部得於簽約當日或之後先行撥付之。自第二期起之經費，應由執行單位檢具前期工作報告向本部申請撥款，本部應於申請函件送達後審核撥付。
根據經濟部推動研究機構開發產業技術辦法第18條，該條規定了補助經費的分期撥付方式。第一期經費可以在簽約當日或之後先行撥付，而從第二期起的經費則需執行單位提出前期工作報告後向本部申請撥款，本部會進行審核並進行撥付。這項法規旨在確保補助款項按時分期撥付給執行單位。
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