執行單位執行科技專案，其經費收支應依約設專戶儲存並單獨設帳管理，定期編製經費支用 報表送本部審核。 科技專案經費包括人事費、業務費、旅運費、維護費、材料費、設備使用費、設備費、管理費及其他等項目。 前項規定各項目之費用，執行單位應以實際發生數檢據核銷；如有節餘經費，應繳交國庫。但其他之項目中得包含績效獎勵，以領據方式核銷。
根據經濟部推動研究機構開發產業技術辦法第20條，執行科技專案的單位在經費收支方面應該根據約定設立專戶進行存儲和單獨設立帳戶進行管理。他們需要定期準備經費支出報表並提交給本部審核。 科技專案的經費包括人事費、業務費、旅運費、維護費、材料費、設備使用費、設備費、管理費和其他等項目。根據前述規定，執行單位應該根據實際發生的數字來驗證並核銷各項目的費用。如果有剩餘經費，則應該繳交給國庫。然而，在其他項目中，可以包含績效獎勵，並且使用領據方式來核銷。
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