本規則所稱主管機關，在中央為經濟部，在縣 (市) 為縣市政府。縣市政府得授權建設局 (科) 辦理。
根據灌溉事業管理規則第3條，主管機關在中央為經濟部，在縣(市)為縣市政府，並且縣市政府可以授權建設局(科)辦理。根據法規，縣市政府具有指定並授權特定單位來處理灌溉事業管理的權力。最新的參考資料顯示灌溉事業管理規則於88年6月30日修定訂定，因此政府應根據該法規規定的程序和權限來進行相應的管理和執行。
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