本法所稱主管機關，除有特別規定者外，在市為市政府，在縣為縣政府。
根據工廠法第2條的規定，主管機關在市為市政府，在縣為縣政府。這表示在工廠相關事務上，市政府擁有管轄權限。這樣的規定符合地方自治權的原則，讓地方政府能夠自主決定和執行相關事務。例如，根據地方制度法第2條第2款及第3款的規定，「上級政府」亦在指涉「中央」或「上級地方自治團體」，從而可以確認「地方主管機關條款」僅在表明相關地方自治團體有其管轄權限，而不應認其在設定直轄市政府為主管機關。這些參考資料顯示，法律中對於主管機關的規定應以地方自治的角度去理解，並且地方政府有權力自主組織和執行相關事務。
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