特別法院是相對於通常法院的概念，非依憲法第77條及第82條規定，但仍屬國會以立法設置的法院，例如海上捕獲法庭審判條例設置初級與高級海上捕獲法庭，法庭成員得以法官以外之人如軍官或外交官擔任，與普通法院的組織設置有所不同。

憲法第80條規定︰「法官須超出黨派以外，依據法律獨立審判，不受任何干涉。」為了維護審判獨立及提升裁判品質，就此所進行的規劃、管理及監督事務，即為司法行政。對於未涉及法官身分及其應有權益的人事行政行為，於不違反審判獨立原則範圍內，得以司法行政監督權而為合理的措置。法院組織法第15條、第16條等規定庭長監督各該庭 (處) 事務，即指庭長為審判順利進行得為必要的輔助性司法行政事務（司法院釋字第539號解釋文參照）。

人民就其依法定程序用盡審級救濟的案件，對於受不利確定終局裁判所適用的法規範或該裁判，認有牴觸憲法者，得聲請憲法法庭為宣告違憲的判決。上開依法定程序用盡審級救濟的案件，即屬聲請憲法法庭為宣告違憲判決的「原因案件」。如憲法法庭為違憲宣告，原則上聲請人得據此就其原因案件確定終局裁判請求再審或其他救濟（司法院釋字第686號、第725號、第741號解釋、憲法訴訟法第59條、第88條及第91條參照）。

轉型正義條例雖未明確定義「轉型正義」，惟該條例第1條第2項前段規定：「威權統治時期違反自由民主憲政秩序之不法行為與結果，其轉型正義相關處理事宜，依本條例規劃、推動之。」在該條例使用的「轉型正義」概念，是指一個社會經歷威權統治並已民主化後，針對該期間違反自由民主憲政秩序之相關不法行為、結果所從事的善後工作，藉以落實正義、達成和解。相關工作，包括：（一）開放政治檔案；（二）清除威權象徵、保存不義遺址；（三）平復司法不法、還原歷史真相，並促進社會和解；（四）不當黨產之處理及運用等（促進轉型正義條例第4條第2項參照）。藉由這些善後工作，完整回復威權統治時期相關歷史事實並促進社會和解，還原人權受迫害之歷程，並釐清壓迫體制加害者及參與者責任，並針對違法取得之財產予以調查、返還、追徵，並為必要之權利回復。這些措施的目的在於使因威權統治期間不法行為而受害的人民及其親族所承受的苦難為社會所知，為其等平反，並揭露原被隱藏的不公義，以積極的作為與態度轉變威權統治期間不義行為的負面影響，重新使分裂社會得以團結與和解。 轉型正義並非是轉型正義條例創造之法律概念，而是許多經歷分裂的國家、社會為重新團結與和解的一種基本哲學。雖然，本於同一基本哲學下，可能仍存有不同的落實的具體作法或分歧見解，但歷經種族分裂後而新創的南非憲法結語，正體現了重新使國家團結與和解的轉型正義基本哲學中，具代表性的一個成功例證：「本憲法旨在提供一座具歷史意義的橋樑，以連結這個國家的過去與未來，前者是一個充滿了摩擦、衝突、被掩蓋的痛苦與不公不義的分裂社會，而後者將以對人權、民主，以及所有南非人，不分膚色、種族、階級、信仰、性別的共有共榮的承諾為前提。欲達國家團結，所有南非人的富裕以及和平，需要所有南非人民的和解和社會的重建。本憲法的公布施行，提供南非人民安全的保障，以免於過去的分裂與摩擦，以及其造成的嚴重人權侵害案件、對人道原則的暴力破壞，以及充滿仇恨、恐懼、罪惡與復仇的惡習。這些問題現在都可以根據以下共識來解決：我們需要瞭解而非復仇，需要修復而非報復，需要和解共生，而非尋找代罪羔羊。為促進和解與重建，我們需要提供赦免給過去因為政治目的或在矛盾與撕裂當中犯下的行為、疏忽或侵害。為達此目的，依本憲法成立之國會應制定法律，限定明確日期，亦即一九九０年十月八日和一九九三年十二月六日之間，並建立相關的機制、標準、程序，以及若是需要的話，法庭的建置，以利該法通過後赦免案的處理。藉由這部憲法和這些承諾，我們南非人民為這個國家的歷史開啟了新的一頁。」