輸入本條例第三十四條之一第一項所定應受隔離檢疫之動物，應由輸入人或其代理人填具動物檢疫申請書，向輸出入動物檢疫機關申領動物檢疫物品通關臨時憑證，洽海關通行，憑證將動物運往動物隔離場所或其他指定場所。俟隔離期滿，再憑換領動物檢疫證明書，持向海關申辦結案手續。
前項動物之運送，應依輸出入動物檢疫機關指示之方法辦理。
輸入動物以外應施檢疫物，經動物檢疫人員指示應運至指定檢疫場所消毒或處理者，準用第一項之規定。

申請動物輸出檢疫者，應填具申請書，向當地輸出入動物檢疫機關申報檢疫，必要時並將動物運送至指定動物隔離場所留檢，俟隔離期滿，再憑輸出入動物檢疫機關所簽發之輸出動物檢疫證明書，向海關辦理通關手續。

運送至動物隔離場所留檢之動物，應即個別編號，進行下列二項檢查：一、健康檢查：受檢動物進入隔離場所後，應即查核名稱、用途、來源、預防注射、旅運情形，並實施健康檢查一次，除核對品種、年齡、性別、毛色、特徵外，測定體重、脈搏、呼吸、體溫、診查營養、結膜、口腔、外貌、糞尿、寄生蟲等項，登載健康檢查紀錄表。二、例行檢查：留檢期間，應於每日固定時間檢查體溫、脈搏、呼吸，並注意食慾、精神、皮膚、口腔、結膜、糞尿等有無變化，填載於動物檢疫留檢期間紀錄表。
不適於個別編號進行檢查之雛禽、蜜蜂等檢疫物，檢疫人員得就前項各款所列項目，依實際情形填載之。

依本條例第三十四條之一第二項規定隔離檢疫之動物，隔離期滿輸入人不提領者，自期滿之翌日起，每日增收作業費二分之一；期滿後十四日仍未提領者，輸出入動物檢疫機關得於代理人繳清作業費及墊款，並通知其持憑動物檢疫證明書向海關申辦結案手續後，將留檢動物交付代理人代領出場。

本條例第三十四條之一第四項所稱必要處置，係指下列處置方式：一、有傳播病原體之可能者，立即撲殺燒燬。二、動物屍體經剖檢診斷無利用價值者，立即燒燬。三、應指定屠宰場屠宰者，其屠宰後之局部肢體或器官，未符合衛生檢查相關法令者，應予廢棄，並監督燒燬或加工化製。四、有待確診或供研究者，得延期處理或剖檢後燒燬。
前項處置方式，應於確定後立即通知輸入人或代理人。

動物檢疫人員依本條例第三十五條規定，登臨輸入檢疫物之車、船或航空器執行檢疫時，應將動物檢疫臨檢申請書交由車長、船長、機長、管理人或其職務代理人填具，並詢問有關檢疫事項，必要時得查閱其航行日誌或其他有關文件，製作臨檢紀錄表。

動物檢疫人員依前條規定臨檢發現輸入之動物罹患動物傳染病時，得責令並監督該車長、船長、機長、管理人或其職務代理人將該批罹患動物拋棄於距海岸十二浬以外之海域或監督撲殺燒燬之，並將該車、船或航空器予以消毒。

本條例第三十六條第一項第二款所定輸入國主管機關要求檢附我國之動物檢疫證明書者，指動物及動物產品輸出人或其代理人申請輸出檢疫時，提出記載輸入國政府有需要動物檢疫證明書之文件。

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