主管機關受理本辦法各項申請，其審核時間規定如下：
一、應檢具文件有欠缺或不合規定者，應於收件之日起七日內通知限期補正，屆期未補正者，駁回其申請。
二、應檢具之文件齊備者，應於十四日內完成審查。
三、各項補正日數不算入審查期限內，且總補正日數不得超過四十二日。因水污染防治措施內容或技術複雜，主管機關於通知事業後，得延長審查期間；延長期間以十四日為限。
事業水污染防治措施管理辦法 第十一章 附則
§ 46–53共 8 條
本辦法所定申請書表格式，由中央主管機關定之。
既設事業依第十二條、第二十條、第二十九條、第三十條之規定，應於本辦法施行後三個月內，完成改善、報備或審核。因情況特殊經地方主管機關核准者，得予延長，但以三個月為限。
既設事業於技術上難以達成，且於本辦法施行後三個月內，報經主管機關核准者，免依前項規定辦理。
為遵行本辦法規定，需進行工程者，應於本辦法施行或相關規定公告後三個月內，向主管機關提出工程計畫書，由主管機關核給相當工程執行期限。其於工程執行期間，經主管機關核准與工程執行有關之事項，暫不適用本辦法之規定。
應實施環境影響評估之事業，得依第二十條、第二十九條規定，檢具申請文件，合併於環境影響評估審查，於環境影響評估審查通過後，逕向直轄市、縣 (市) 主管機關申請核發貯留或稀釋廢 (污) 水許可文件。
前項許可，依審查通過之環境影響說明書或環境影響評估報告書所載內容及審查結論核准。
事業依第二十條、第二十九條規定，向直轄市、縣 (市) 主管機關申請審查或變更核准內容者，得與依本法第十三條、第十四條、第二十條、第三十二條規定之申請併同提出，審查費以單項最高金額收取。
第二條至第十四條、第十六條、第十九條至第五十一條之規定於污水下水道系統準用之。
本辦法自發布日施行。
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