適用所得稅協定查核準則第 34 條規定了居住在他方締約國的個人或營利事業，對於已經依所得稅法第八十八條規定扣繳稅款的所得，可以在自繳納之日起五年內，檢附相關的證明文件和扣繳憑單，向原先受理扣繳申報的稅捐稽徵機關申請退還溢繳稅款。對於非屬所得稅法第八十八條規定扣繳範圍的所得，已經依所得稅法規定申報納稅的居住者，也可以在自繳納之日起五年內，檢附相關的證明文件、申報書和繳款書正本，向受理申報的稅捐稽徵機關申請退還溢繳稅款。此外，溢繳稅款也可以由所得人或扣繳義務人委由居住在中華民國境內的個人或有固定營業場所的營利事業辦理退還申請。
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