保稅工廠有下列各款情事之一者，由海關依關稅法第八十九條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下之按月彙報，並得停止其一個月以下原料保稅進口： 一、保稅工廠之保稅物品售與或輸往科學園區園區事業、科技產業園區區內事業、農業科技園區園區事業及自由港區事業或其他保稅工廠按月彙報案件，未依第三十三條第三項準用第三十一條第一項第二款規定期限繕具報單並檢附相關文件辦理通關手續者。 二、保稅工廠之保稅物品進儲物流中心、自用保稅倉庫按月彙報案件，未依第三十三條之一第二項規定期限繕具報單並檢附相關文件辦理通關手續者。
海關管理保稅工廠辦法第 51-1 條是規定了保稅工廠違反特定情事時，海關可以採取的處罰和限制措施。根據該條的內容，保稅工廠如果有以下情事之一，海關可以警告或處以新臺幣六千元以上三萬元以下的罰鍰，並可以要求其限期改正： 1. 保稅工廠的保稅物品出售或運往科學園區、科技產業園區、農業科技園區或自由港區，或者出售給其他保稅工廠，但未按照規定的期限提交報單並附上相關文件辦理通關手續； 2. 保稅工廠的保稅物品進入儲存物流中心或自用保稅倉庫，但未按照規定的期限提交報單並附上相關文件辦理通關手續。 此外，如果在限期內未改正，海關可以按次處罰，即每次違反情事都可以再次處罰。如果被處罰三次後仍未改正，海關可以停止該保稅工廠按月彙報六個月以下，並且可以停止其一個月以下的原料保稅進口。 參考資料：《海關管理保稅工廠辦法》第 51-1 條
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