根據水下文化資產保存法第39條，該法規定了多項違法行為及相對應的罰則。第一項列舉了四種情形，其中第一種是違反第20條第1項的規定，即運輸、持有、陳列或販賣水下文化資產的行為；第二種是未依第22條第1項的規定申請核准、逾越核准內容，或未依主管機關核准的計畫進行水下文化資產活動；第三種是違反第13條第1項的規定，即在發現水下文化資產或疑似水下文化資產時，仍持續從事可能破壞現場完整性的活動；第四種是違反第31條第2項或第13條第4項準用第31條第2項的規定。根據第2項，若有第二款至第四款情形之一，經主管機關命其限期改正，屆期不改正或未依改正事項改正者，得按次分別處罰至改正為止。 例如，如果有人違反了第一項第一款的規定，即運輸水下文化資產，且被主管機關要求限期改正，但未在期限內改正或未依照要求改正，那麼該人可以處以新臺幣十萬元以上五十萬元以下的罰鍰，並在改正前不斷處以罰鍰，直到改正為止。 需要注意的是，以上僅是針對該法條的一個可能解釋，實際適用該法條時應詳細考量案情和相關法律規定，並由相關法律機關進行解釋和處理。
有下列情形之一者，處新臺幣十萬元以上五十萬元以下罰鍰： 一、違反第二十條第一項規定，運輸、持有、陳列或販賣水下文化資產。 二、未依第二十二條第一項規定申請核准、逾越核准內容，或未依主管機關核准之計畫，進行水下文化資產活動。 三、違反第十三條第一項規定，於發現水下文化資產或疑似水下文化資產時，仍持續從事影響水下文化資產或疑似水下文化資產之活動，致破壞現場完整性。 四、違反第三十一條第二項，或違反第十三條第四項準用第三十一條第二項規定。 有前項第二款至第四款情形之一，經主管機關命其限期改正，屆期不改正，或未依改正事項改正者，得按次分別處罰至改正為止。
立法理由除前條所定應予刑事處罰之行為外，其他違法程度較輕微之行為，仍可能威脅水下文化資產之保存、保護或管理，爰定明本條以行政罰方式處罰，以中斷威脅水下文化資產行為之持續性。
除前條所定應予刑事處罰之行為外，其他違法程度較輕微之行為，仍可能威脅水下文化資產之保存、保護或管理，爰定明本條以行政罰方式處罰，以中斷威脅水下文化資產行為之持續性。
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