臺北高等行政法院判決

100年1月27日辯論終結

原告

臺灣東方海外股份有限公司

代表人

吳伯琦

訴訟代理人

高烊輝 律師

被告

財政部臺北市國稅局

代表人

陳金鑑（局長）住同上

訴訟代理人

楊靜怡

稅事件，原告不服財政部中華民國98年12月21日臺財訴字第

09800559010 號訴願決定，提起行政訴訟，本院判決如下：

主文

事實及理由

壹、程序事項：本件原告起訴後，被告代表人已由凌忠嫄變更為陳金鑑，茲由被告新任代表人具狀聲明承受訴訟，核無不合，應予准許，合先陳明。

貳、事實概要：緣香港商東方海外貨櫃航運有限公司（下稱香港商航運公司）於我國境內經營國際運輸業務，委任原告為其臺灣地區之營業代理人，原告於民國（下同）96年1 月5 日逾期代理申報香港商航運公司91年度營利事業所得稅結算申報，列報營業淨利虧損新臺幣（下同）61,332,077元及全年所得額虧損46,380,169元，經被告核定香港商航運公司營業淨利393,571,472 元及全年所得額408,523,380 元。原告不服，申請復查，經被告改依更正程序，重行核定香港商航運公司營業淨利393,571,472 元及全年所得額393,571,472 元。原告就營業淨利部分仍表不服，再次申請復查，未獲變更，提起訴願，亦遭駁回，遂向本院提起行政訴訟。

參、本件原告主張：

一、所得稅法第25條係以「客觀上有成本費用分攤計算困難之事實」為適用要件，惟香港商航運公司91年度並無該法定要件情事，不符所得稅法第25條要件，是被告應依所得稅法第24條核實計算香港商航運公司91年度之營利事業所得稅額

（一）按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。所得額之計算，涉有應稅所得及免稅所得者，其相關之成本、費用或損失，除可直接合理明確歸屬者，得個別歸屬認列外，應作合理之分攤；其分攤辦法，由財政部定之。」、「總機構在中華民國境外之營利事業，在中華民國境內經營國際運輸、承包營建工程、提供技術服務或出租機器設備等業務，其成本費用分攤計算困難者，不論其在中華民國境內是否設有分支機構或代理人，得向財政部申請核准，或由財政部核定，國際運輸事務按其在中華民國境內之營業收入之百分之10，……為中華民國境內之營利事業所得額」為所得稅法第24條第1 項與第25條第1 項規定所明揭。

（二）按「稽徵機關於進行調查或復查時，納稅義務人未能提示證明所得額之帳簿文據者，依所得稅法第83條規定，固得依查得之資料或同業利潤標準，核定其所得額，惟納稅義務人如已提供有關資料，稽徵機關自即應就其提供之資料調查認定，不得仍援前開規定，而核定其所得額。」有行政法院（現改制為最高行政法院）56年判字第18號判例要旨可資參照。

（三）我國所得稅法以「核實課稅」與「收入與成本配合」為原則，除有納稅義務人違反提供帳簿文據義務（所得稅法第83條第1 項規定參照），或客觀上成本分攤計算困難（所得稅法第25條及第26條規定參照）等情形，方例外採取推計課稅或推估所得等假設性計算標準，認定納稅義務人之所得額。故納稅義務人如不符推估課稅之例外情形，則應回歸核實課稅之原則，正確反映納稅義務人之所得額，以求符合量能課稅原則，並使國家得合法正確地徵收稅賦為是。縱令納稅義務人原本符合推計課稅例外情形，但因納稅義務人無協力義務之違反，則只有在法律有明文規定時，稽徵機關始得例外地為推計課稅，而且在這種情形應讓納稅義務人得在核實課徵或推計課稅間選擇之（附件4 ，黃茂榮《稅法總論》，94年10月，頁204~207 參照）。是以，惟若納稅義務人得於調查或救濟程序中提供有關資料，稽徵機關仍應就納稅義務人提供之資料調查認定，不得再藉他辭採取推估計稅，以規避自身核實課稅之法定義務。

（四）查本件香港商航運公司於89年雖有成本費用分攤計算困難之情形，因而申請財政部核准適用所得稅法第25條規定推估計算營利事業所得額，故財政部89年2 月19日核准函核准香港商航運公司89年適用所得稅法第25條計算營利事業所得額，於斯時法律與事實狀態雖無違誤；惟香港商航運公司91年度已可合理分攤計算成本費用，此觀諸香港商航運公司92年5 月19日（92）綜字第2600號函（原證2），以及資誠會計師事務所92年12月22日（92）稅字第2364號函（原證4）可 明，該事實亦為被告所不爭執。

（五）依據所得稅法第24條與第25條規定間具有原則與例外之體系關係，以及揆諸前開行政法院56年判字第18號判例意旨，香港商航運公司91年度確已無所得稅法第25條「成本費用分攤計算困難」之情事，且香港商航運公司已提供被告有關91年度成本費用得合理分攤之資料，被告自應就香港商航運公司提供之資料調查認定，不得再主張以推計方式計算香港商航運公司之營利事業所得額。故本案被告無視上開事實，以所得稅法第25條推估計算香港商航運公司91年度之營事業所得額乃於法有違。

二、財政部89年2 月19日核准函（原證1）係 以香港商航運公司於成本費用分攤計算困難為條件，核准香港商航運公司得採用所得稅法第25條計算營利事業所得額，核其本質為附附款（解除條件）之行政處分。甚以香港商航運公司是否符合成本費用分攤計算困難之要件乃事實問題，應許原告提出反證證明

（一）按「前項所稱之附款如下: ……二條件。」、「附解除條件之法律行為，於條件成就時，失其效力。」分別為行政程序法第93條第2 項第2 款與民法第99條第2 項所明定。次按，「民法所謂條件，係當事人以將來客觀上不確定事實之成就或不成就，決定法律行為效力之發生或消滅之一種附款，故使法律行為效力發生或消滅，為附條件法律行為之本質。」有最高法院88年臺上字第1451號判決可稽。是以，行政機關作成行政處分有裁量權或法律有明文規定，或為確保行政處分法定要件之履行時，得為附款。條件為附款之一種，規定於行政程序法第93條第2 項第2 款，係源自於民法上之概念，指行政處分效力之發生或消滅，繫於未來不確定發生的事實狀態而言，因此亦分為解除條件或停止條件。於解除條件之場合，係指行政處分之效力因條件成就而消滅。

（二）查財政部89年2 月19日核准函（原證1 ）說明二、載明：「貴公司在我國境內經營國際運輸業務之收入，其成本費用之分攤計算既有困難，可依所得稅法第25條第1 項規定，以該項收入之10% 核計營利事業所得額」核其內容，係因香港商航運公司89年度成本費用之分攤計算有困難，故賦予香港商航運公司得依所得稅法第25條第1 項規定以收入10% 推估營利事業所得額之權利，惟行政機關賦予人民權利，人民是否因此賦有行使權利之義務，即非無疑，仍應視人民未行使該權利是否為法所不許以斷，是以被告首應說明者為，香港商航運公司有依財政部89年2 月19日核准函適用所得稅法第25條推計課稅之義務之法源依據，期與法律保留原則相符。

（三）因所得稅法第25條係免除原告提出帳簿，證明成本費用合理分攤情形之協力義務，故應以「成本費用之分攤計算有困難」為其適用要件。為確保該法定要件之履行，財政部依法得以該要件為附款內容，應無疑問。依財政部89 年2月19日核准函，係以香港商航運公司成本費用分攤之計算有困難為條件，故核准香港商航運公司得以所得稅法第25條規定推估計稅，則香港商航運公司若未符合該要件，財政部當無核准之意，是以得認財政部係以成本費用分攤之計算有無困難作為89年2 月19日核准函之條件。換言之，財政部雖核准香港商航運公司89年以所得稅法第25條推估方式計算營利事業所得額，惟一旦香港東方海外公司不符法定要件，亦即香港商航運公司不再有成本費用分攤計算困難之情形時，則解除條件成就，財政部89年2 月19日函之行政處分效力當隨之解消。

（四）甚且本件香港商航運公司91年度究係適用所得稅法第24條或第25條規定計算營利事業所得額，亦即香港東方海外公司是否有成本費用分攤計算困難之情，乃屬事實認定之問題。財政部89年2 月19日核准函係以香港商航運公司成本費用分攤之計算有困難而准許以所得稅法第25條計算，係基於事實對於香港商航運公司就課稅方法所為之指示，核其文義並無不許原告日後提出反證之意，法院於審理本案時，仍得斟酌全辯論意旨及調查證據之結果判斷之，並不受該函之拘束。今原告既得證明香港商航運公司91年度已無成本費用分攤計算困難之情，被告本應實質調查、認定香港商航運公司已不再適用所得稅法第25條規定推估計稅，並得提請鈞院參酌。

三、被告稱香港商航運公司91年度所得已依所得稅法第25條規定計算所得額及辦理扣繳，且香港商航運公司申請廢止財政部89年2 月19日准許函之日期為92年12月22日，已逾91年之會計決算及財務報表最遲於92年5 月31日編製完成之期限云云，乃不當連結，並與稅捐稽徵法第28條與行政程序法第17條第1 項意旨有違。

（一）被告將香港商航運公司申請廢止財政部89年2 月19日准許函之日期逾越91年財務報表編制期限以及91年度營利事業所得額已扣繳為由否准原告請求，乃違反行政法不當連結禁止原則與稅捐稽徵法第28條規定。

１、按「行政行為，應依下列原則為之: 一採取之方法應有助於目的之達成。」為行政程序法第7 條第1 款所明揭。是以行政機關行使公權力，從事行政活動，不得將不具事理上關聯之事項與其所欲採取之措施或決定互相結合，尤其行政機關對人民課以一定之負擔或義務，或造成人民其他的不利益時，其採取的手段與所欲追求之目的間，必須存有實質之內在關聯或合理正當之連結關係。

２、「納稅義務人自行適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起5 年內提出具體證明，申請退還；屆期未申請者，不得再行申請。」有稅捐稽徵法第28條第1 項所明文可稽。依本法條意旨足徵，納稅義務人於繳納完畢後發現有溢繳情事時，仍得自繳納之日起5 年內舉證證明之並申請退還，可見稅捐稽徵機關不得以以繳納為由拒絕退還。

３、查本件原告主張香港商航運公司91年度之營利事業所得稅已不符所得稅法第25條推估計稅之要件，因而應回復所得稅法第24條規定核實計稅，被告卻以香港東方海外公司已繳納完畢為由否准原告之申請，實無理由。蓋已完納稅捐與申請廢止財政部89年2 月19日准許函究有何實質關聯，未見被告說明，概略僅有被告稽徵行政作業上之便利，惟被告追求便利卻犧牲依法行政之義務與香港商航運公司適用所得稅法第24條計算91年度營利事業所得稅之權利，其間已難謂有正當聯結。

４、依稅捐稽徵法第28條規定，納稅義務人於錯誤溢繳後尚得請求退稅，則舉重以明輕，遑論原告僅是要求作成退稅前之程序，被告依法仍應准許，否則將架空稅捐稽徵法第28條量能課稅、公平課徵之立法目的。

５、就邏輯上來說，如香港商航運公司未溢繳91年營利事業所得稅，當亦不生原告提起本件訴訟爭執之權利保護必要。是行政救濟必然出現在溢繳情事發生後，如依被告所言，不啻所有溢繳、權利遭受損失之納稅義務人皆無救濟之權利，實嚴重違反憲法第16條保障人民訴訟權，有權利茲有救濟之法理（司法院釋字第546 號、第574號、第587 號等解釋參照）。被告所持理由尚有未具法律授權不當限制人民訴訟救濟權之違法事由，實不足採。

（二）抑有進者，縱令被告所言有理，惟香港商航運公司早於92年5 月19日向被告提出申請，被告依行政程序法第17條規定應職權移送，並以當日視為香港商航運公司申請初日。

１、按「行政機關對事件管轄權之有無，應依職權調查；其認無管轄權者，應即移送有管轄權之機關，並通知當事人。」、「人民於法定期間內提出申請，依前項規定移送有管轄權之機關者，視同已在法定期間內向有管轄權之機關提出申請。」為行政程序法第17條第1 項、第2項所明文規定。

２、因行政機關是否能有效適法遂行其職務，與其是否有管轄權有重要關係，因此行政機關自應依職權調查管轄權之有無。又因行政機關有知法與依法行政之義務，對無管轄權之事件，應即移送有管轄權之機關，以資便民，並爭取時效。是人民誤向無管轄權之機關申請時，該機關依法應為其移送，並視為人民已於法定期間內提出申請。

３、查香港商航運公司早於92年5 月19日以（92）綜字第2600號函（原證2）已 申請變更營利事業所得稅結算申報方式，縱係誤認被告為管轄機關，惟依行政程序法第17條第1 項與第2 項規定，被告應即代為移送財政部，並視為香港商航運公司已於92年5 月19日向財政部合法提出申請。詎被告僅以92年6 月20日財北國稅審一字第0920056435號函（原證3）回 覆香港商航運公司稱應向財政部申請，並未代為移送，明顯違反行政機關依法行政之義務，並侵害香港商航運公司之期限利益。依行政程序法第17條第2 項規定，香港商航運公司既已於92年5月19日提出變更申請，即應視當日為申請日。是被告稱香港商航運公司遲至92年12月22日方向財政部提出申請，已逾92年5 月31日云云，實與行政程序法第17條第2項規定意旨有違，亦係歸責於被告所致，殊難以此責難香港商航運公司。

４、甚以反面解讀被告所言可知，香港商航運公司若於92年5 月31日前提出申請，91年度之營利事業所得額即得依所得稅法第24條規定核實計算；今香港商航運公司依法視為已於92年5 月19日提出申請，則依被告邏輯，香港商航運公司91年之營利事業所得稅仍應依所得稅法第24條核實課稅為是。

四、被告又稱本案相同系爭事項─香港商航運公司90年度營利事業所得稅行政救濟案，業經最高行政法院98年判字第1021號判決駁回云云，惟本案與香港商航運公司90年營利事業所得稅事實與法律爭點不同，被告比附援引實違反平等原則

（一）按「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇。」、「行政行為，非有正當理由，不得為差別待遇，行政程序法第6條 定有明文，此為行政法上之平等原則，亦係憲法第7 條規定保障人民平等權之具體要求。平等原則之基本要件，在要求行政行為對本質相同之事物，應為相同之處理，對於本質不同之事物，亦須為不同處理；惟為防平等原則之濫用，對事物本質是否相同，應依客觀標準認定之。」分別有行政程序法第6 條規定與最高行政法院93年判字1392號判決可資參照。

（二）是以，平等原則之真諦在於規範國家機關必須回應事務本質之要求，禁止對於本質相同之事件，在不具實質理由下作不同之處理，或者是對於本質不相同之事件，恣意作相同之處理。

（三）查本案之被告為財政部臺北市國稅局，且原告爭執者為香港商航運公司91年度已不符所得稅法第25條之適用要件，被告應以所得稅法第24條規定計算其91年度營利事業所得額。

（四）次查，被告所引之香港商航運公司90年度營利事業所得稅行政救濟案，該案被告為財政部，爭點為香港東方海外公司是否符合行政程序法第128 條程序再開之規定，以及香港商航運公司爭執財政部否准其溯及自90年度起改採結算申報方式之申請是否有理由。核兩案之原告、被告、事實背景與法律爭點迥然不同，依「等者等之、不等者不等之」之法理，當然兩案不必然同一結果，仍有待行政機關與法院職權調查、實質審理後得出合理之結論，被告不得援引該案例而不做本案之實質審查或裁量，一律認為原告爭執香港商航運公司91年度營利事業所得稅之案子應與90年度之案件相同處理，難謂與平等原則相符。況以該案香港商航運公司尚提出再審（原證6）， 現經最高行政法院受理中，最終結果為何仍在未定之天，被告以一不相同又結果未知之案件主張應予相同處理，不僅流於恣意，亦與論理法則相悖，實不足採等情。並聲明求為判決撤銷訴願決定及原處分。

肆、被告則以：

一、按「納稅義務人對於因適用法令錯誤或計算錯誤溢繳之稅款，得自繳納之日起5 年內提出具體證明，申請退還；逾期未申請者，不得再行申請。」為行為時稅捐稽徵法第28條所明定。次按「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。營利事業有第14條第1 項第4類 利息所得中之短期票券利息所得，除依第88條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。」、「總機構在中華民國境外之營利事業，在中華民國境內經營國際運輸、承包營建工程、提供技術服務或出租機器設備等業務，其成本費用分攤計算困難者，不論其在中華民國境內是否有分支機構或代理人，得向財政部申請核准，或由財政部核定，國際運輸業務按其在中華民國境內之營業收入之10%，其餘業務按其在中華民國境內之營業收入之15% 為中華民國境內之營利事業所得額。」為行為時所得稅法第24條及第25條第1 項所規定。

二、原告於96年1 月5 日逾期代理申報香港商航運公司91年度營利事業所得稅結算申報，依行為時所得稅法第24條規定申報收支金額，列報營業淨利虧損61,332,077元、其他收入14,951,908元及全年所得額虧損46,380,169元，被告原查以香港商航運公司於89年間經財政部核准依所得稅第25條規定核計營利事業所得額，爰就原告代扣繳之稅額98,392,868元除以扣繳率25% ，核定營業淨利393,571,472 元，加計非營業收入總額14,951,908元，核定香港商航運公司全年所得額408,523,380 元。原告不服，申經復查改更正核定其他收入0 元及全年所得額393,571,472 元（詳卷第288 頁、第291 頁）。原告就復查改更正核定數仍表不服，申經被告復查決定未獲變更，提起訴願亦遭駁回。

三、原告起訴理由略以：（一）所得稅法第25條係以「客觀上有成本費用分攤計算困難之事實」為適用要件，惟香港商航運公司91年度並無該法定要件情事，不符所得稅法第25條要件，被告應依所得稅法第24條核實計算香港商航運公司91年度之營利事業所得稅額。（二）財政部89年2 月19日核准函係以香港商航運公司於成本費用分攤計算困難為條件，核准香港商航運公司得採用所得稅法第25條計算營利事業所得額，核其本質為附加附款（解除條件）之行政處分。甚以香港商航運公司是否符合成本費用分攤計算困難之要件乃事實問題，應許原告提出反證證明。（三）被告稱香港商航運公司91年度所得已依所得稅法第25條規定計算所得額及辦理扣繳，且香港商航運公司申請廢止財政部89年2 月19日准許函之日期為92年12月22日，已逾91年之會計決算及財務報表最遲於92年5 月31日編製完成之期限云云，乃不當連結，並與稅捐稽徵法第28條與行政程序法第17條第1 項意旨有違。（四）被告稱本案相同系爭事項─香港商航運公司90年度營利事業所得稅行政救濟案，業經最高行政法院98年判字第1021號判決駁回云云，惟本案與香港商航運公司90年營利事業所得稅事實與法律爭點不同，被告比附援引實違反平等原則等情，資為爭議。

四、答辯理由：

（一）香港商航運公司於我國境內經營國際運輸業務，委任原告為其臺灣地區之營業代理人。原告於89年1 月19日以該公司成本費用分攤困難，申經財政部以89年2 月19日臺財稅字第0890451299號函（下稱89年核准函）核准依所得稅法第25條第1 項規定，核計該公司在中華民國境內之營利事業所得額（詳卷第142 及第141 頁）。原告嗣於92年5 月19 日 向被告申請改按結算申報之方式，計算該公司90年度之營利事業所得稅額，經被告函請原告向財政部申請。原告於92年12月22日以香港商航運公司於國內取得之國際運輸收入自90年度起已可合理分攤計算成本費用等情，向財政部申請改依行為時所得稅法第24條規定核計營利事業所得額。案經財政部於93年6 月1 日函復（詳卷第300 及299 頁），同意自92年度起廢止89年核准函，改依行為時所得稅法第24條規定方式計算營利事業所得額。

（二）原告對前揭財政部93年6 月1 日函復不服，另案提起行政訴訟，請求判決撤銷財政部93年6 月1 日函及行政院訴願決定否准原告申請90年度及91年度依所得稅法第24條第1項計算營利事業所得部分，並請求財政部應作成核准原告90年度及91年度依所得稅法第24條第1 項計算營利事業所得之行政處分（詳卷第136 頁），業經鈞院95年度訴字第04353 號判決略以「... 本件原核准函既非違法行政處分，而係合法行政處分，則原處分同意廢止該合法行政處分，惟否准溯及既往自90年度失其效力，核係依上開（行政程序法第125 條）規定而為，於法有據。」為由駁回 （詳卷第137頁以下至第117頁），復經最高行政法院98年判字第1021號判決駁回在案（詳卷第345 頁以下至第340 頁） 。

（三）所謂適用法令錯誤，參照鈞院91年度訴字第2579號判決，係指所適用之法令與該案適用之現行法令相違背，或與解釋判例有所牴觸者。又參照司法院釋字第287 號解釋意旨，除原處分確有違法之情形，否則為維持法律秩序之安定，應不受影響。本件原核定係依原告於89年間報經財政部核准適用所得法第25條規定核定香港商航運公司營利事業所得額，並無首揭稅捐稽徵法第28條規定適用法令錯誤情事，前揭89年核准函既經財政部93年6 月1 日函復自92年度起廢止，原告對該財政部93年函之處分不服，業經最高行政法院判決駁回已如前述，該公司89至91年度之營利事業所得稅仍應依89年度核准函辦理，則89年核准函於本件自有其效力並無不合等語，資為抗辯。並聲明求為判決駁回原告之訴。

伍、兩造不爭之事實及兩造爭點：如事實概要欄所述之事實，業據提出香港商航運公司91年度營利事業所得稅結算申報書、財政部89年函（核准香港商航運公司依境內之營業收入之10% 為營利事業所得）、財政部93年6 月1 日函（同意自92年度起廢止89年核准函）、原處分為證，其形式真正為兩造所不爭執，兩造爭點厥為：

一、財政部89年函釋核准香港商航運公司得採用所得稅法第25條予以推計課稅，嗣後財政部自92年度起廢止該函釋，其效力是否溯及既往？

二、若該函釋之廢止並未溯及既往，是否與實質課稅原則有違？

陸、本院之判斷

一、本件應適用之法條與法理：

（一）行為時所得稅法第71條第1 項項規定：「納稅義務人應於每年5 月1 日起至5 月31日止，填具結算申報書，向該管稽徵機關，申報其上一年度內構成綜合所得總額或營利事業收入總額之項目及數額，以及有關減免、扣除之事實，並應依其全年應納稅額減除暫繳稅額、尚未抵繳之扣繳稅額及可扣抵稅額，計算其應納之結算稅額，於申報前自行繳納。但依法不併計課稅之所得之扣繳稅款，及營利事業獲配股利總額或盈餘總額所含之可扣抵稅額，不得減除。」

（二）行為時所得稅法第73條第2 項規定：「在中華民國境內無固定營業場所，而有營業代理人之營利事業，除依第25條及第26條規定計算所得額，並依規定扣繳所得稅款者外，其營利事業所得稅應由其營業代理人負責，依本法規定向該管稽徵機關申報納稅。」

（三）行為時所得稅法第24條規定：「營利事業所得之計算，以其本年度收入總額減除各項成本費用、損失及稅捐後之純益額為所得額。營利事業有第14條第1 項第4 類利息所得中之短期票券利息所得，除依第88條規定扣繳稅款外，不計入營利事業所得額。」

（四）行為時所得稅法第25條第1 項規定：「總機構在中華民國境外之營利事業，在中華民國境內經營國際運輸、承包營建工程、提供技術服務或出租機器設備等業務，其成本費用分攤計算困難者，不論其在中華民國境內是否有分支機構或代理人，得向財政部申請核准，或由財政部核定，國際運輸業務按其在中華民國境內之營業收入之10% ，其餘業務按其在中華民國境內之營業收入之15﹪為中華民國境內之營利事業所得額。」

二、財政部89年函釋核准香港商航運公司得採用所得稅法第25條予以推計課稅，嗣後財政部自92年度起廢止該函釋，其效力並不溯及既往：

（一）按行為時所得稅法第25條第1 項規定，總機構在中華民國境外之營利事業，在中華民國境內經營國際運輸業務，其成本費用分攤計算困難者，係由財政部核定按其在中華民國境內之營業收入之10% 為中華民國境內之營利事業所得額，該財政部核定函自為此項法律效果之前提要件，於該核准未廢止前，納稅義務人不得再主張「客觀上並無成本費用分攤計算困難」，再請求依所得稅法第25條計算營利事業所得額。

（二）按行政程序法第125 條規定：「合法行政處分經廢止後，自廢止時或自廢止機關所指定較後之日時起，失其效力」，前揭財政部93年核准函並非違法行政處分，而係合法行政處分，其同意自92年度起廢止89年核准函，係依行政程序法第125 條規定而為，自無違誤（最高行政法院98 年判字第1021號判決參照），原告主張廢止效果應溯及至90年度云云，尚不足採。

三、財政部89年函釋之廢止雖未溯及既往，亦未違反實質課稅原則：按所得稅法之推計課稅，例所得稅法第13條「執行業務者未依法辦理結算申報，或未依法設帳記載及保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據者，稽徵機關得照同業一般收費及費用標準核定其所得額」，乃是於納稅義務人未依法辦理結算申報，或未依法設帳記載及保存憑證，或未能提供證明所得額之帳簿文據時，所不得不採用之課稅方式，納稅義務人固可舉反證推翻之。但原告並無所得稅法第13條之情形，其係主張成本費用分攤困難，依所得稅法第25條第1 項規定，申請財政部核准按其境內營業收入之10% 作為境內之營利事業所得額，經財政部核准後，乃係依法律規定「擬制」其所得額，尚無推計課稅可言，亦不得再舉反證推翻，原告主張財政部89年函釋之廢止未溯及既往，違反實質課稅原則云云，尚無足採。

四、從而，原處分（含復查決定）核定香港商航運公司營業淨利393,571,472 元及全年所得額393,571,472 元並無違法，訴願決定予以維持，亦屬正確。原告訴請撤銷，為無理由，應予駁回。

五、兩造其餘攻擊防禦方法均與本件判決結果不生影響，故不逐一論述，併此敘明。

據上論結，本件原告之訴為無理由，依行政訴訟法第98條第1 項前段，判決如主文。

臺北高等行政法院第七庭