依本條例第七十四條所定之工業區管理機構，由經濟部訂定組織規程組設之。工業區未設置管理機構前，由經濟部會商省 (市) 政府指定機關管理之。
根據獎勵投資條例施行細則第71條，工業區的管理機構由經濟部根據組織規程設立。在工業區尚未設置管理機構之前，由經濟部與省(市)政府共同商討後，指定相關機關加以管理。
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