保稅工廠有下列各款情事之一者，由海關依關稅法第八十九條規定，予以警告或處新臺幣六千元以上三萬元以下罰鍰，並得命其限期改正；屆期未改正者，按次處罰；處罰三次仍未完成改正者，得停止六個月以下原料保稅進口： 一、物品出廠時未依第十七條第二項規定填具出廠放行單。 二、出口保稅物品，於出廠後未依第三十四條規定運抵出口地海關或數量短少。 三、進口保稅物品於進口地提領出倉後未依第二十八條第一項規定運抵保稅工廠。 四、保稅物品無故短少，其短少數量逾帳載結存數量百分之三。 五、依第四十一條規定辦理按月彙報補稅或記帳之案件，其累計應納稅費或應辦記帳稅費超過所提供之擔保。 六、經海關核准且訂有運回期限之保稅物品，逾期未運回。
海關管理保稅工廠辦法第 54 條規定了保稅工廠的違規行為及相應的警告和罰則。根據該條，保稅工廠違反以下情況之一者，海關將給予警告或處以新臺幣六千元以上三萬元以下的罰鍰，並可以要求其在限期內改正；如果在期限內未能改正，將再次給予處罰；如果經過三次處罰仍未完成改正，海關得停止該保稅工廠六個月以下的原料保稅進口。以下是各款違規情況的解釋： 一、物品出廠時未依第十七條第二項規定填具出廠放行單：保稅工廠在物品出廠時未按照相應規定填寫出廠放行單。 二、出口保稅物品，於出廠後未依第三十四條規定運抵出口地海關或數量短少：保稅工廠在物品出廠後未按照相應規定運抵出口地海關，或者運抵後數量短少。 三、進口保稅物品於進口地提領出倉後未依第二十八條第一項規定運抵保稅工廠：保稅工廠在進口地提領出倉後未按照相應規定運抵保稅工廠。 四、保稅物品無故短少，其短少數量逾帳載結存數量百分之三：保稅工廠的保稅物品無故短少，而短少的數量超過帳載結存數量的百分之三。 五、依第四十一條規定辦理按月彙報補稅或記帳之案件，其累計應納稅費或應辦記帳稅費超過所提供之擔保：保稅工廠根據第四十一條的規定進行按月彙報補稅或記帳，但其累計應納稅費或應辦記帳稅費超過所提供的擔保金額。 六、經海關核准且訂有運回期限之保稅物品，逾期未運回：保稅工廠根據海關核准並設定了運回期限的保稅物品，但未在期限內運回。 參考資料：《中華民國海關管理保稅工廠辦法》
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