依本條例第三十八條第一項第一款規定免徵契稅者，合併後之生產事業得憑經濟部專案核准合併通知影本、公司登記執照影本及其他有關證明，向該管稽徵機關申請核發免徵契稅證明文件後，再向該管地政機關辦理所有權移轉登記。 依本條例第三十八條第一項第四款規定免徵契稅者，應檢附合併計畫、土地廠房買賣契約書等有關文件影本，向該管稽徵機關辦理。
根據獎勵投資條例施行細則第62條，當生產事業合併後享有契稅免徵的情形時，必須提供經濟部專案核准合併通知影本、公司登記執照影本及其他相關證明文件，向稽徵機關申請核發免徵契稅的證明文件，然後再向地政機關辦理所有權移轉的登記。同樣地，如果合併後生產事業符合契稅免徵的規定，則應該提供合併計畫、土地廠房買賣契約書等相關文件的影本，向稽徵機關辦理相關手續。 例子: 如果公司A和公司B進行合併，合併經濟部核准後，如果有土地所有權移轉和契稅免徵的情形存在，公司A可以向稽徵機關提出申請，提供經濟部核准合併通知書的影本、公司登記執照的影本，以及其他相關證明文件，向稽徵機關申請核發免徵契稅的證明文件。同樣地，如果合併後的生產事業符合契稅免徵的規定，則應提供合併計畫、土地廠房買賣契約書等相關文件的影本，向稽徵機關辦理相關手續。
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