本條例所稱工業區主管機關，在中央為經濟部工業局，在省 (市) 為省 (市) 政府建設廳 (局) ，在縣 (市) 為縣 (市) 政府。
依獎勵投資條例施行細則第67條，工業區主管機關的規定如下：在中央為經濟部工業局，在省 (市) 為省 (市) 政府建設廳 (局)，在縣 (市) 為縣 (市) 政府。這表示在中央政府層級，工業區的主管機關是經濟部工業局；在省 (市) 政府層級，工業區的主管機關是省 (市) 政府建設廳 (局)；在縣 (市) 政府層級，工業區的主管機關是縣 (市) 政府。例如，如果工業區位於台北市，則台北市政府建設局就是該工業區的主管機關。
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