臺灣鐵路管理局於月終依據乙種車 (運) 照，填造運費清單及帳單各三份，並檢同原車 (運) 照及國軍鐵運費付款憑單，於次月十五日前函送運輸署，結付運費，並經審核運費相符後即簽證預算，將支付憑單交臺灣鐵路管理局持向聯勤地區收支機構領款。
根據鐵路軍事運輸作業規則第47條，臺灣鐵路管理局需在每月結束時，根據乙種車(運)照填製運費清單和帳單各三份。隨後，必須在次月15日之前將這些文件函送運輸署，結算運費。憑藉核對運費是否相符的審核後，即可簽證預算。支付憑單則需交由臺灣鐵路管理局持向聯勤地區收支機構領取款項。 範例：根據《國軍運輸預算成立、執行與修改要點》（國防部104年12月29日國訓字第0130800096號令），國軍運輸預算的編立、執行和修改規則需依據國防部相關法規以及《國軍運輸作業規則》進行。在執行資金支付時，需要遵循運輸作業規則的相關程式和程序，其中包括了鐵路軍事運輸作業規則第47條的內容。
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