高雄高等行政法院判決

原告

聚和國際股份有限公司

代表人

甲○○

訴訟代理人

蘇二郎 律師

訴訟代理人

張惟桔 會計師

被告

財政部台灣省南區國稅局

代表人

乙○○ 局長

訴訟代理人

丙○○

　　　　　　丁○○

上列當事人間因營利事業所得稅事件，原告不服財政部中華民國95年6月30日台財訴字第09500202280號訴願決定，提起行政訴訟。本院判決如下：

主文

事實

甲、事實概要：緣原告90年度營利事業所得稅結算申報，原列報依「促進產業升級條例」等相關規定抵減稅額新台幣（下同）15,297,975元，被告初查以其89年度核定尚未抵減留抵稅額15,352,722元，90年度新增抵減稅額4,379,324元，抵減90年度營利事業所得稅9,079,867元及89年度未分配盈餘加徵10％營利事業所得稅1,740,026元，乃核定尚未抵減留抵稅額1,740,026元。原告不服，申經復查結果，未獲變更；提起訴願亦遭決定駁回；遂提起本件行政訴訟。

乙、兩造聲明：

一、原告聲明：訴願決定及原處分（含復查決定）均撤銷。

二、被告聲明：原告之訴駁回。

丙、兩造之爭點：

一、原告主張：

（一）緣原告86年度營利事業所得稅結算申報時，原依促進產業升級條例第6條規定列報5年內適用投資抵減稅額，並選擇優先扣抵即將超過留抵年限之82年度投資抵減稅額，如此，原告86年度新增之可抵減稅額10,431,269元，即可留待87至90年度之以後4年度內抵減。而該86年度之投資抵減餘額，除於88年度營利事業所得稅申報時先行抵用1,146,448元，其餘9,284,821元即全數得於90年度營利事業所得稅申報時抵減之。惟被告核定原告86年度營利事業所得稅時，強制將86年度核定新增之投資抵減金額，先行抵減該年度核定之應納營利事業所得稅額半數，造成原告82年度留抵之投資抵減稅額抵稅權喪失，且因而對以後年度之租稅抵減數額產生影響，致原告90年度營利事業所得稅投資抵減稅額核定調減6,218,108元，且原告因被告核定調整適用投資抵減年序而喪失之抵稅權合計3,448,045元。

（二）財政部民國（下同）88年9月23日台財稅字第881945800號函釋，違反促進產業升級條例之立法目的，應不予適用：

（１）按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之：．．．。」「前二項之投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。但最後年度抵減金額，不在此限。」為行為時促進產業升級條例第6條第1項前段及第3項所明定。又「所稱抵減當年度應納營利事業所得稅額或綜合所得稅額，指扣抵依管轄稽徵機關核定當年度營利事業課稅所得額或綜合所得淨額依規定稅率計得之應納稅額。」復為同條例施行細則第6條第2項所明定。依首揭法條文義，在可能解釋範圍內，並無財政部上開函釋中「應先就該年度內發生之投資抵減稅額」抵減當年度應納稅額之意義，是以，該函釋顯已牴觸上位規範。蓋「核定當年度營利事業課稅所得額依規定稅率計得之應納稅額」若解為「應先就該年度內發生之投資抵減稅額」抵減當年度應納稅額，不啻以迂迴之方法就「但最後年度抵減金額，不在此限。」對人民依法律享有之權利增加限制要件，已然破壞國家經由長達15年行政實務所建立之法律秩序信賴基礎，違反行政行為應遵守之「誠信原則」。再者，稅捐稽徵機關在稅捐之核課期間屆滿以前，發現有連續5年度因相同原因事實應予補徵稅款，為避免逾核課期間而喪失課稅權，自應以年度在前之案件先行調查審理核定，無庸法律規定或發布行政規則加以補充解釋。同理，納稅義務人經依法律規定取得投資抵減之權利者，在權利有效期間內因不行使權利而罹於消滅時效之情形下，基於平等原則之基礎，核准在前之投資抵減權利，自亦應許納稅義務人優先抵減，此係論理上之當然，無庸法律規定或發布行政規則加以補充。

（２）92年2月6日促進產業升級條例第6條第2項修正，將原規定之「抵減當年度應納營利事業所得稅額．．．當年度不足抵減時，得在以後4年度內抵減之」修正為「自當年度5年內抵減各年度應納營利事業所得稅額」，已然排除投資抵減抵用年度順序之爭議，其修正理由明白揭示：「．．．上述解釋函令造成已屆最後抵減年度之投資抵減餘額有可能無法使用而失權，致使促進產業升級條例鼓勵企業投資之美意大打折扣。爰修正促進產業升級條例第6條相關規定之文字，明訂公司適用投資抵減優惠時，得自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得額，俾使公司投資抵減不受抵減年序之限制。」自該條文之修正理由觀之，足證財政部上開函釋以母法所無抵減年序之限制，剝奪公司依法抵稅之權利，顯與促進產業升級條例獎勵企業投資之立法目的相牴觸。

（３）又「為基於政策需要，行政院得准生產事業在不超過當年度投資生產設備金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額。當年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後五年度應納營利事業所得稅額中抵減之。」「前項每一年度抵減金額以不超過該事業當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。但最後年度抵減金額不在此限。」「第一項投資抵減之適用範圍、施行期限及抵減率，由行政院定之。」為73年12月30日修正獎勵投資條例第10條條文，至其修正理由為：「一、為擴大因應今後經濟景氣之變動，並使運用時更具彈性起見，將投資抵減率上下限擴大，俾發揮其功能。二、為建立業者負擔社會成本之觀念，每一事業於各年度內可抵減之金額，增訂一定之限度。惟為免導致業者可抵減稅額於五年內無法完全抵減之現象，明定最後年度抵減金額不在此限。」查促進產業升級條例係於79年12月29日公布，取代79年12月31日廢止「獎勵投資條例」，首揭促進產業升級條例第6條取代修正獎勵投資例第10條規定，其所沿襲修正理由：「惟為免導致業者可抵減稅額於5年內無法完全抵減之現象，明定最後年度抵減金額不在此限。」，立法精神則無二致。從而，自74年1月1日修正獎勵投資條例第10條條文生效，迄財政部上開函釋發布日止，徵納雙方有關投資抵減稅額最後年度不受金額之限制且其抵減順序列為優先，法律見解一致，實務上亦無異議，有「法之確信」，無人懷疑。而長達15年度徵納雙方對系爭同類型事件反覆為相同之處理，因而形成之「行政先例」、「行政慣例」，既未違法，依行政自我拘束之法理，自應經由憲法之平等原則而間接對本事件產生效力（行政法院48年判字第55號判例、77年度判字第24號判決參照）。

（三）參照財政部94年11月14日台財訴字第09400401160號訴願決定書之意旨，亦贊同本件原告之主張，認稅捐稽徵機關原處分違反租稅平等原則及行政自我拘束原則：

（１）財政部94年11月14日台財訴字第09400401160號訴願決定書撤銷原處分及復查決定之理由四：「第查行為時促進產業升級條例第6條第1項既規定公司『得』以其法定用途項目之支出（投資）金額，在一定限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之。並未限定營利事業當年度發生之投資抵減稅額應行抵減當年度應納稅額，如有餘額者，方得於以後年度抵減之。亦即訴願人有選擇是否以當年度發生之投資抵減稅額先行抵減當年度應納營利事業所得稅額之權利，．．．此為依據上開條文之文義所應有之解釋。且本此文解釋，於可供抵稅之5年抵減期間，新發生可供抵稅之金額，該舊餘額與新增抵稅金額何者得優先抵減稅額，訴願人亦有選擇權。」足證促進產業升級條例並未限制投資抵減之年序，而應由納稅義務人自行從擾擇定，始符促進產業升級條例鼓勵產業升級之美意。

（２）本件與上開訴願決定同為投資抵減年序適用之爭議，行政機關作成行政處分時，對於相同或具有同一性之事件，如無正當理由，應受其行政先例或行政慣例所拘束，此乃基於平等原則，惟被告就此二相同情形，為兩相歧異之認定，顯然有違平等原則及行政自我拘束原則。

（四）財政部88年9月23日台財稅第881945800號函釋違反法律保留原則：按「本法施行前，行政機關依中央法規標準法第7條訂定之命令，須以法律規定或以法律明列其授權依據者，應於本法施行後2年內，以法律規定或以法律明列其授權依據後修正或訂定；逾期失效。」為行政程序法第174條之1所明定。財政部88年9月23日台財稅第881945800號函發布解釋性行政規則，係對外發生法律效果之函令，對人民依法享有之權利增加限制之要件，為行政程序法施行日90年1月1日以前，財政部依中央法規標準法第7條本於法定職權所發布對於人民權利義務事項生效之行政命令，也就是職權命令；即行政程序法第150條第1項「對外發生法律效果之規定」，實質上則屬法規命令。職是，財稅行政主管機關所制訂之解釋函令，若與人民之權利義務有關者，實質上則屬法規命令，須於法律明確授權時始可為之。至於未經法律授權卻規範人民權利義務有關之事項者，仍然係法規命令之性質，而為行政程序法第158條第1項第2款規範之對象，故為無效之法規命令。基上，財政部訂定此則職權命令，其內容規範人民權利義務事項，有法律保留原則之適用。財政部逕以「行政規則」的形式發布，且未於行政程序法施行後2年內（即91年12月31日前），以法律規定或以法律明列其授權依據修正或訂定，已逾期失效。又「法規有左列情形之一者，廢止之：．．．四、同一事項已定有新法規，並公布或發布施行者。」為中央法規標準法第21條第4款所明定。上開財政部解釋函令既造成已屆最後抵減年度之投資抵減餘額有可能無法使用而失權，有如92年2月6日修正之促進產業升級條例第6條修正理由說明，即與立法目的「惟為免導致業者可抵減稅額於五年內無法完全抵減之現象，明定最後年度抵減金額不在此限。」不合，自非被告所稱「僅係明確闡述法條之真意，使條文規定得為適當之運用」，而係對人民依法律享有之權利增加限制之要件，與憲法第23條法律保留原則抵觸，應不予適用。惟，財稅主管機關既發現其發布之解釋函令違反立法目的，原應依行政程序法第162條規定由原發布機關廢止之，而捨此正途而不由，竟以其為修法之理由與取代之「法規」，如此「明修棧道，暗渡陳倉」的修法技術，如何確保依法行政，以保障人民權益，增進人民對行政之信賴？按「同一事項已定有新法規者，舊法規廢止之」，即「新法改廢舊法原則」。職是，上開財政部解釋函，既為修法之基礎理由與取代之「法規」，則92年2月6日修正產業升級條例第6條條文公布施行日，自為該解釋函廢止日，亦為法理之當然。

（五）財政部88年9月23日台財稅第881945800號函釋違反法律不溯既往原則，且枉顧人民信賴利益之保護，應不予適用：原告86年度營利事業所得稅於87年5月間即已完成申報，而系爭財政部解釋函令於88年9月23日始發布，蓋解釋函令若涉及人民權利義務之事項，須有法律之授權，無法律授權而剝奪或限制人民之自由權利者，即違反法律保留原則，為無效之法規命令。92年2月6日修正促進產業升級條例第6條之目的既為符合該條立法目的，足見上開財政部函釋適用之結果即屬違反母法精神，故應依新法之規定為之。則被告溯及適用上開函釋於原告86年度之申報抵減稅額，違反「法規不溯既往原則」。且按「信賴保護原則攸關憲法上人民權利之保障，公權力行使涉及人民信賴利益而有保護之必要者，不限於授益行政處分之撤銷或廢止（行政程序法第119條、第120條及第126條參照），即行政法規之廢止或變更亦有其適用。行政法規公布施行後，制定或發布法規之機關依法定程序予以修改或廢止時，應兼顧規範對象信賴利益之保護。除法規預先定有施行期間或因情事變遷而停止適用，不生信賴保護問題外，其因公益之必要廢止法規或修改內容致人民客觀上具體表現其因信賴而生之實體法上利益受損害，應採取合理之補救措施，或訂定過渡期間之條款，俾減輕損害，方符憲法保障人民權利之意旨。」司法院釋字第525號著有解釋。從而，原告因信賴行為時促進產業升級條例第6條第3項但書以及同法施行細則第6條第2項而生之實體法上利益受損害，財稅主管機關既未採取合理之補救措施，或訂定過渡期間之條款，俾減輕原告之損害，依前揭司法院釋字第525號解釋，上開解釋函即未符憲法保障人民權利之意旨，則屬違憲命令，自應不予適用。關於此點，貴院92年度簡字第376號及92年度訴字第1123號等判決，均就類似案例作成對納稅義務人有利之判斷，足資參照。

二、被告主張：

（一）按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之：．．．。」「前二項之投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。但最後年度抵減金額，不在此限。」為行為時促進產業升級條例第6條第1項前段及第3項所明定。次按「依促進產業升級條例第6條規定，公司於辦理當年度營利事業所得稅結算申報申請適用投資抵減時，應先就該年度內發生之投資抵減稅額，在不超過當年度應納營利事業所得稅額百分之50限度內抵減之；當年度抵減金額未達應納營利事業所得稅額百分之50者，可就以前4個年度內之未抵減餘額抵減之，不受抵減年序限制，其用前第4個年度之未抵減餘額抵減者，不受當年度應納營利事業所得稅額百分之50之限制；其用前3個年度內之未抵減餘額抵減者，應與當年度抵減金額合併計算，不得超過當年度應納營利事業所得稅額之百分之50。至公司當年度抵減金額已達應納營利事業所得稅額之百分之50者，仍可就前第4個年度之未抵減餘額抵減之，不受當年度應納營利事業所得稅額百分之50之限制。．．．四、本函發布日前未核課確定之案件，有其適用。」為財政部88年9月23日台財稅第881945800號函所釋示。

（二）查原告86年度營利事業所得稅結算申報於89年1月26日核定應納稅額7,812,413元，被告原核依首揭函釋規定，以86年度核定應納稅額7,812,413元之50％計3,906,207元，先行抵減86年度新增可抵減稅額6,334,756元，再就82年度核准可抵減稅額7,354,251元內抵減3,906,206元，致82年度未抵減餘額3,448,045元，已屆最後抵減年度無法使用而失權，並無不合，謹先陳明。次查，90年度核定應納稅額31,126,943元，被告原核依首揭函釋規定，以90年度核定應納稅額31,126,943元之50％，先行抵減90年度新增可抵減稅額4,379,324元，再就86、88及89年度核准可抵減稅分別抵減2,428,549元、7,565,477元及3,618,670元，是被告原核定抵減90年度營利事業所得稅9,079,867元及89年度未分配盈餘加徵10％營利事業所得稅8,912,153元，合計抵減17,992,020元，核定尚未抵減留抵稅額1,740,026元，並無不合，原告所稱洵不足採。

（三）按營利事業當年度發生之投資抵減稅額應先行抵減當年度應納稅額，其有餘額者，方得於以後年度抵減之，此由首揭法條條文「抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後4年度內抵減之」之規定，即可得知。次查依92年2月6日修正之促進產業升級條例第6條修正理由，亦可推論出，修正前該條文之文義解釋確為「核准抵減稅額應優先抵減當年度應納稅額」無誤，故首揭函釋之抵減順序，僅係明確闡述法條之真意，使條文規定得為適當之運用，並無原告所稱違背母法之情事；又如前所述，首揭法條條文明確易懂，而財政部於首揭函釋發布前，並未曾對該法條規定之各年度核准抵減稅額抵減順序發布任何釋令，稽徵機關以往年度縱有少許個案核定未合該規定，亦非即得指為「行政慣例」，是其主張洵不足採。

（四）另原告89年度營利事業所得稅，僅就研究發展支出部分，不服被告之核定，申經復查獲得部分追認，因未提起訴願而告確定，原告對89年度投資抵減年序部分，未提起行政救濟，是被告核定其86年度營利事業所得稅時，以86年度核定應納稅額7,812,413元之50％計3,906,207元，先行抵減86年度新增可抵減稅額6,334,756元，再就82年度核准可抵減稅額7,354,251元內抵減3,906,206元，致82年度未抵減餘額3,448,045元，已屆最後抵減年度，於87年度因無法使用而失權，亦告確定。原告未對86年度營利事業所得稅核定處分提起行政救濟，自不得再於事後爭執。

理由

一、按「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之：．．．前二項之投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。但最後年度抵減金額，不在此限。」「本條例所稱抵減當年度應納營利事業所得稅額，指扣抵依管轄稽徵機關核定當年度營利事業課稅所得額依規定稅率計得之應納稅額及核定上一年度未分配盈餘按百分之十計得之應加徵稅額。」分別為行為時促進產業升級條例第6條第1項前段、第3項及其施行細則第5條第1項所明定。

二、本件原告90年度營利事業所得稅結算申報，列報投資抵減稅額15,297,975元，被告初查以其89年度核定尚未抵減留抵稅額15,352,722元，90年度新增抵減稅額4,379,324元，抵減90年度營利事業所得稅9,079,867元及89年度未分配盈餘加徵10％營利事業所得稅8,912,153元，合計抵減17,992,020元，核定尚未抵減留抵稅額1,740,026元等情，為兩造所自陳，並有90年度依促進產業升級條例申報減免稅額通報單、90年度營利事業所得稅申報核定通知書調整法令及依據說明書、90年度營利事業所得稅申報核定通知書附原處分卷可稽，自堪認定。而原告提起本件訴訟係以：原告86年度營利事業所得稅結算申報時，原依促進產業升級條例第6條規定列報5年內適用投資抵減稅額，並選擇優先扣抵即將超過留抵年限之82年度投資抵減稅額，如此原告86年度新增之可抵減稅額10,431,269元，即可留待87至90年之以後4年度內抵減，而該86年度之投資抵減餘額，除於88年度營利事業所得稅申報時先行抵用1,146,448元，其餘9,284,821元即全數得於90年度營利事業所得稅申報時抵減之。惟被告核定原告86年度營利事業所得稅時，強制將86年度核定新增之投資抵減金額，先行抵減該年度核定之應納營利事業所得稅額半數，造成原告公司82年度留抵之投資抵減稅額抵稅權喪失，且因而對以後年度之租稅抵減數額產生影響，致原告90年度營利事業所得稅投資抵減稅額核定調減6,218,108元，且原告因被告核定調整適用投資抵減年序而喪失之抵稅權合計3,448,045元。查行為時促進產業升級條例第6條之規定，並無應以當年度發生之投資抵稅額先抵減當年度應納稅額後，才能以前4個年度之未抵減餘額抵減之規定，財政部88年9月23日台財稅第881945800號函釋增加法律所無之限制，違反「法律保留原則」，且顯與促進產業升級條例之立法目的抵觸，自屬違法。況且，於財政部上開函釋發布前，徵納雙方對於投資抵減稅額最後年度不受金額限制且其抵減順序列為優先，已有共識，而為人民所信賴，財政部上開函釋竟限定抵減年度之順序，破壞國家長久達15年行政實務所建立之法律秩序信賴基礎，已違反「行政自我拘束」、「平等原則」及「信賴保護原則」、「法律不溯既往原則」，並對原告信賴利益造成侵害等語，資為論據。而被告核定原告90年度尚未抵減稅額1,740,026元係以：被告係依如事欄所引財政部88年9月23日台財稅第881945800號函釋意旨，以原告86年度應納稅額7,812,413元之50％計3,906,207元，先行抵減86年度新增可抵減稅額6,334,756元，再就82年度核准可抵減稅額7,354,251元內抵減3,906,206元，致82年度未抵減餘額3,448,045元，已屆最後抵減年度無法使用而失權，並無不合；另被告以原告90年度應納稅額31,126,943元之50％，先行抵減90年度新增可抵減稅額4,379,324元，再就86、88及89年度核准可抵減稅額分別抵減2,428,549元、7,565,477元及3,618,670元，是被告原核定抵減90年度營利事業所得稅9,079,867元及89年度未分配盈餘加徵10％營利事業所得稅8,912,153元，合計抵減17,992,020元，核定尚未抵減留抵稅額1,740,026元，亦無不合，原告未針對被告核定其86年度營利事業所得稅提起行政救濟，不容事後再事爭執等語，資為爭執。爰分述如下：

（一）按憲法第19條規定「人民有依法律納稅之義務」，係指人民有依法律所定要件負繳納稅捐之義務或享減免繳納之優惠而言。稅法之解釋，應本於租稅法律主義之精神，依各該法律之立法目的，衡酌經濟上之意義及實質課稅之公平原則為之（司法院釋字第496號解釋參照）。舉凡應以法律明定之租稅項目，自不得以命令取代法律或作違背法律之規定，迭經司法院釋字第217號、第367號及第385號等著有解釋。財政部因執行促進產業升級條例之規定，基於職權固得為必要之釋示，然僅能就執行法律之細節性、技術性等次要事項加以規定，其內容當然亦不能牴觸促進產業升級條例或增加法律所無之限制，並加重人民之稅負，否則即有違憲法上租稅法律主義之原則。

（二）查促進產業升級條例係於79年12月29日公布，取代80年1月1日廢止之「獎勵投資條例」。依行為時促進產業升級條例第6條第1項前段及第3項：「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度內抵減之：．．．。」「前二項之投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。但最後年度抵減金額，不在此限。」及其施行細則第5條第1項：「本條例所稱抵減當年度應納營利事業所得稅額，指扣抵依管轄稽徵機關核定當年度營利事業課稅所得額依規定稅率計得之應納稅額及核定上一年度未分配盈餘按百分之十計得之應加徵稅額。」規定之文義可知，公司投資於行為時促進產業升級條例第6條第1項規定之設備或技術時，得在其支出金額百分之5至百分之20限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，固不待言；惟其如有前4年度之未抵減餘額時，亦可抵減當年度應納稅額，乃屬當然；此係法律賦予公司抵稅之權利，此項抵稅權利，除受同條第3項前段抵減總額之限制外，並未對各年度投資抵減稅額之年序，加以限制；換言之，上開投資抵減稅額之規定，既祇有抵減總額之限制，則公司自可於該限制數額之範圍內，擇優選擇前四年度或當年度之投資抵減金額，抵減當年度應納稅額，而行使其抵稅權利，並不受年序之限制，殆無疑義。此從行為時促進產業升級條例第6條第3項前段：「前二項投資抵減，其『每一年度』得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得額百分之五十為限。但最後年度抵減金額，不在此限。」係規定「每一年度得抵減總額」，而非規定每一年度之抵減順序；且該「每一年度得抵減總額」文義上乃承接同條第1項而來，尤其最後年度抵減金額，又不受當年度應納營利事業所得額百分之50之限制，益足明瞭。

（三）再從促進產業升級條例之立法沿革觀之，行為時促進產業升級條例第6條係沿襲獎勵投資條例而來；69年12月30日公布之獎勵投資條例第10條原係規定：「為基於政策需要，行政院得准生產事業在不超過當年度投資生產設備金額百分之十至百分之十五限度內，抵減當年度應納營利事業所得額。當年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後四年度應納營利事業所得稅額中抵減之。」「前項投資抵減之適用範圍、施行期限及抵減率，由行政院定之。」揆其立法意旨乃政府以投資抵減之租稅優惠達到鼓勵投資意願，獎勵工商業更新設備，及改進投資結構，以加速國家經濟發展之目的所制定。其中除投資抵減之適用範圍、施行期限及抵減率授權行政院訂定外，就各年度投資抵減金額如何抵減當年度應納稅額之順序並未規定，依其文義及立法意旨可知係由生產事業從優擇定，以達租稅優惠加速工業升級之目標。嗣上開條文於73年12月30日修正公布為：「為基於政策需要，行政院得准生產事業在不超過當年度投資生產設備金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年應納營利事業所得稅額。當年度應納營利事業所得稅額不足抵減者，得在以後五年度應納營利事業所得稅額中抵減之。」「前項每一年度抵減金額以不超過該事業當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。但最後年度抵減金額不在此限。」「第一項投資抵減之適用範圍、施行期限及抵減率，由行政院定之。」考其立法理由，除擴大投資抵減率之上下限，增加適用之彈性外；另基於公平納稅之原則，並建立業者負擔社會成本之觀念，增訂每一事業各年度內可抵減之金額；惟為避免業者可抵減稅額於5年內無法完全扺完，乃以但書明定最後年度抵減金額不在此限。由是可知，上開修正條文，除擴大投資抵減率之上下限外，僅將原來可於當年度及以後4年度抵完之抵減金額增訂其每一年度可抵減金額之額度，並延長抵減年限，俾使業者之抵減金額儘量於該限定之額度內抵完，其尤無限定抵減之年序，甚為明確。嗣促進產業升級條例為因應獎勵投資條例之施行屆滿而於79年12月29日制定公布，其第6條仍係延續獎勵投資條例第10條之立法意旨而訂定；且該條於84年1月27日經修正公布（即行為時法），亦係規定：「為促進產業升級需要，公司得在下列用途項下支出金額百分之五至百分之二十限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額；當年度不足抵減時，得在以後四年度抵減之。」「前項投資抵減，其每一年度得抵減總額，以不超過該公司當年度應納營利事業所得稅額百分之五十為限。但最後年度抵減金額，不在此限。」其關於投資抵減金額之規範意旨，與廢止前之獎勵投資條例並無二致，職是，二者自應作相同之解釋。由是言之，財政部88年9月23日台財稅第881945800號函釋：「二、依促進產業升級條例第6條規定，公司於辦理當年度營利事業所得稅結算申報申請適用投資抵減時，應先就該年度內發生之投資抵減稅額，在不超過當年度應納營利事業所得稅額百分之50限度內抵減之；當年度抵減金額未達應納營利事業所得稅額百分之50者，可就以前4個年度內之未抵減餘額抵減之，不受抵減年序限制，其用前第4個年度之未抵減餘額抵減者，不受當年度應納營利事業所得稅額百分之50之限制；其用前3個年度內之未抵減餘額抵減者，應與當年度抵減金額合併計算，不得超過當年度應納營利事業所得稅額之百分之50。至公司當年度抵減金額已達應納營利事業所得稅額之百分之50者，仍可就前第4個年度之未抵減餘額抵減之，不受當年度應納營利事業所得稅額百分之50之限制。‧‧‧四、本函發布日前未核課確定之案件，有其適用。」增列公司應先就當年度發生之投資抵減稅額抵減應納稅額後，始能就前4個年度之未抵減餘額抵減之，顯然添加法律所無之抵減年序之限制甚明；此從促進產業升級條例第6條第1項於92年2月6日經修正之立法理由：「依據財政部88年9月23日台財稅第881945800號函解釋：『．．．．。』，上述解釋函令造成已屆最後抵減年度之投資抵減餘額有可能無法使用而失權，致使促進產業升級條例鼓勵企業投資之美意大打折扣。爰修正促進產業升級條例第6條相關規定之文字，明訂公司適用投資抵減優惠時，得自當年度起5年內抵減各年度應納營利事業所得額，俾使公司投資抵減額不受抵減年序之限制。」益徵明瞭。故不論從行為時促進產業升級條例第6條之文義及立法意旨觀之，可知行為時促進產業升級條例第6條第1項既規定公司「得」以其法定用途項目之支出（投資）金額，在一定限度內，抵減當年度應納營利事業所得稅額，當年度不足抵減時，得在以後4年度內抵減之。並未限定營利事業當年度發生之投資抵減稅額應先行抵減當年度應納稅額，如有餘額者，方得於以後年度抵減之。亦即公司有選擇是否以當年度發生之投資抵減稅額先行抵減當年度應納營利事業所得稅額之權利，如其選擇以發生於當年度之可抵稅額先行抵減，而當年度不足抵減時，得在以後4年度內繼續抵減稅額，固無疑義；如其未選擇發生於當年度之投資抵減稅額抵減當年度應納營利事業所得稅，則該發生於當年度之投資抵減稅額亦屬未於當年度抵減完畢，仍得在以後4年度內申請抵減。且公司於可供抵稅之5年抵減期間，新發生可供抵稅之金額，該舊餘額與新增抵稅金額何者得優先抵減稅額，該公司亦有選擇權。財政部88年9月23日台財稅第881945800號函釋謂行為時促進產業升級條例第6條，係指應先就當年度內發生之投資抵減稅額抵減當年度之應納稅額，尚有餘額，再就以前4個年度內之未抵減餘額抵減之，乃限制公司選擇不以當年度發生之投資抵減稅額先行抵減當年度應納營利事業所得稅額之權利，以致將「得於當年度抵減」曲解為「應於當年度抵減」，自難謂符合前揭促進產業升級條例第6條第1項條文之真諦甚明（最高行政法院94年度判字第1278號、94年度判字第1488號判決參照）。是財政部上述函釋顯以母法所無抵減年序之限制，剝奪公司依法抵稅之權利，違背促進產業升級條例之規範目的，本院自得不予適用。

（四）經查，原告86年度營利事業所得稅結算申報，申報選擇先以前第4個年度即82年度之未抵減餘額抵減86年度應納稅額，此有原告86年度申報書附會計師查核簽證說明附本院卷可稽，揆諸前述說明，並無不合，其並無應排序在當年度抵減金額抵減後始得抵減之限制，復因其屬於最後年度之抵減金額，更不受當年度應納稅額百分之50之限制甚明。是原告86年度申報選擇先以82年度核准尚未抵減之抵減餘額抵減86年度應納稅額，而將86年度核准之抵減金額留待以後年度抵減，並於90年度申報抵減，係在法定之範圍內行使其抵稅之權利，自屬有據。而被告援引財政部上述函釋，核定原告86年度之抵減金額應先以86年度抵減金額先行抵減當年度核定應納稅額之百分之50，餘額始能以82年度核准尚未抵減之抵減稅額抵減之，將使原告82年度其餘核准未抵減之餘額因超過規定得抵減年限而失效，進而使原告86年度之可抵減金額提前抵減，並影響其90年度抵減金額及最後之應繳稅額，顯然增添促進產業升級條例第6條所無之限制，損及法律賦予原告抵稅之權利，自非可取。又原告86年度及87年度均申報先以即將失權年度即82年度及83年度之抵減餘額抵繳應納稅額，而被告核定原告86年度及87年度投資抵減金額抵繳當年度應納稅額之年序之情形並未記載於當年度之營利事業所得稅核定通知書，復未以其他方式通知原告，且因原告86年度無論先以82年度或86年度之抵減金額抵減應納稅額，二者最終之應繳稅額或應退稅額均屬相同，故原告並無從知悉被告86年度核定之抵減方式，直至90年度因各年度交互影響結果，原告始知各該年度之核定情形，有原告提出自86年度至90年度之申報書附會計師查核簽證說明書及被告各該年度核定通知書附調整法令及依據說明書附本院卷足資對照，復為被告訴訟代理人於本院準備程序時所是認（見本院96年1月8日準備程序筆錄）。參以原告86年度及87年度均選擇先以即將失權年度之82年度及83年抵減餘額申報抵繳當年度應納稅額，方再以其他年度及當年度核准抵減金額抵繳當年度應納稅額，而被告均從其申報，且未於核定通知書調整法令及依據說明書予以調整，迨至財政部上揭函釋出來以後，原告方一改以往之申報方式，而兼申報使用當年度部分抵減金額（非全部或應納稅額之百分之50）抵繳應納稅額等情觀之，益見以往實務，徵納雙方，並非依財政部上開函釋處理抵減年序甚明。從而，被告迨至財政部上開函釋出來以後，方據以解釋其核定原告86年度以來各年度抵減年序及金額之情形，進而持以影響原告90年度之抵稅結果，亦與誠信原則及行政行為內容應明確之原則有違。被告主張原告86年度營利事業所得稅之核定已告確定，而基此核定本件90年度抵減稅額，亦屬無誤，原告自不得再事爭執云云，即非可採。

三、綜上所述，原告90年度營利事業所得稅結算申報，列報依促進產業升級條例等相關法律規定准予抵減稅額15,297,975元，因被告未依行為時促進產業升級條例第6條之規定准許原告先以82年度之抵減餘額抵減86年度之應納稅額，而核定應先以86年度抵減金額先行抵減當年度核定應納稅額之百分之50，餘額始以82年度核准尚未抵減之抵減稅額抵減之，使原告82年度其餘核准未抵減餘額因超過規定得抵減年限而失效，進而使原告86年度之可抵減金額提前抵減，致被告核定原告90年度尚未抵減留抵稅額僅為1,740,026元，其違反行為時促進業升級條例第6條之規定，自有違誤，訴願決定未予糾正，亦有未合。原告起訴意旨求為撤銷，為有理由，應由本院將訴願決定及原處分（復查決定）予以撤銷，並由被告依據原告各年度申報選擇投資抵減之情形，及影響本件之各年度投資抵減稅額查明後，另為適法之處分。

四、據上論結，本件原告之訴為有理由，依行政訴訟法第195條第1項前段、第98條第3項前段，判決如主文。

第二庭審判長法 官　 江幸垠