不同的數個案件，如果具有刑事訴訟法第7條的相牽連關係（例如，一人犯數罪、數人共犯一罪或數罪、數人同時在同一處所各別犯罪等），檢察官將這些案件合在一起起訴，讓法院一起審判，這樣的起訴方式稱為合併起訴。

即法院不告不理原則。法院審理的對象及標的，以檢察官起訴的被告及犯罪事實為限，不得對未經起訴之被告及犯罪事實進行審判。控訴制度下，由檢察官負責偵查並追訴犯罪，在法庭上負擔起證明被告犯罪的責任，審判者即法官不再涉入案件的偵查與訴追，而只負責審理檢察官起訴的案件，並且根據法庭上檢、辯雙方辯論結果作成判斷。在我國，隨著從歐洲引進的現代檢察官制度，使刑事審判從「糾問式的審理構造」中解放，走向有：職司審判的法官、負責控告追訴犯罪的檢察官，及為自己利益辯護的被告（與他的辯護人）並立的三面訴訟關係。在刑事訴訟法，這樣的三面關係是維持公平審判的重要基本制度。此原則明定於刑事訴訟法第266條：「起訴之效力，不及於檢察官所指被告以外之人。」及第268條：「法院不得就未經起訴之犯罪審判。」在控訴原則下，得以確保法院立於公正客觀之地位聽審，防止法院身兼犯罪追訴者與審判者雙重身分的糾問審理下，而有對被告不利的預斷。

刑訴法第133條第3項規定「提出命令」，指對於應扣押物（可為證據或得沒收之物）之所有人、持有人或保管人，偵查或司法機關得命其提出或交付，如檢察官或法院函請調閱戶政機關被告之戶籍口卡，或金融銀行機關被告帳戶資金往來明細等，此無須事先由法院審查。

解釋一：現行法並未就強制處分為定義性規定，惟參照學說見解，所謂強制處分，係指刑事偵查追訴或審判機關為求證據之調查、取得、保全及被告人身之確保，得使用強制手段對犯罪嫌疑人、被告或其他訴訟關係人所為之強制措施。故是否構成強制處分，應以有無壓抑或違反個人的自由意思，而對其個人重要之自由權利造成實質的侵害為斷。例如：傳喚、拘提、逮捕、羈押、搜索、扣押等，均屬強制處分。 解釋二：檢察機關或法院在偵查、審判中，為確保被告到場，或蒐集、保全證據，有時必須要透過一些強制力的行使來限制民眾自由、財產，例如沒收犯罪證據、逮捕嫌疑人等等，這些行為在法律上就叫做強制處分。現行刑事訴訟法規定的強制處分類型，可分為對「人」實施的強制處分，有拘提、逮捕、羈押，及對「物」實施的強制處分，有搜索、扣押。 強制處分的發動應遵守令狀原則，也就是要有拘票、押票、搜索票，依據侵害人民自由、財產的嚴重程度，分別規定由法官或檢察官審查，但在急迫情況下，如果等待核發令狀後再實施強制處分，恐怕對保全證據或被告緩不濟急。因此，刑事訴訟法例外規定了一些沒有令狀也可以實施強制處分的類型。例如：現行犯(第88條) 及通緝犯之逮捕（第87條）、緊急拘捕（第88條之1）、附帶搜索（第130條）、緊急搜索（第131條）、同意搜索（第131條之1）。

指判決的各部分在審判上無從分割(例如實質上一罪、裁判上一罪等均屬之)，因一部上訴而其全部必受影響者而言。例如 : 法院於審理時，認為甲犯了A罪刑與B罪刑屬同一事件，則於上訴時不可只上訴A犯罪事實，必須將B犯罪事實一同上訴。

幽靈抗辯，是指被告在刑事訴訟中針對檢察官的有罪指控，故意將犯罪行為推卸給已死亡的人，或是捏造實際上不存在的人，使法院無從讓被告與該死亡或不存在的人對質，難以查證被告辯解的真實性，企圖藉此達到減輕或者免除刑事責任的抗辯手段。

刑事訴訟法所稱犯罪之被害人，以因犯罪而直接被害之人為限，亦即指法益因他人之犯罪而直接受侵害者而言。惟財產法益被侵害時，所有權人固為直接被害人，對該財產有事實上管領力之人，其管領權受侵害者，亦不失為直接被害人。犯罪之被害人得為告訴或提起自訴。

由於相牽連之案件（例如：一人犯數罪、數人共犯一罪或數罪）可能有部分證據是共通的，如由同一法院合併審判，除了訴訟經濟，也可避免裁判歧異，故刑事訴訟法第6條規定此時得合併由其中一法院管轄，如已由不同法院受理中，亦可依法裁定移送於一法院合併審判。

訊（詢）問被告前，除需告知「犯罪嫌疑及所犯所有罪名」外，應再告知三件事，一為「得保持緘默，無須違背自己之意思而為陳述」、二為「得選任辯護人」、三為「得請求調查有利之證據」，此即所謂「米蘭達原則」，除依刑事訴訟法訊（詢）問被告之情形外，於執行拘提或逮捕時，亦有適用，目的在於保障被告受憲法保障之訴訟防禦權。

追訴權時效指國家依法得以追訴特定犯罪的期限。如果犯罪發生後一定期間內，檢察官沒有起訴的話，就不能再追究這個犯罪。刑法是以特定罪名法定最重本刑的輕重來決定追訴權時效長短，犯的罪越重，追訴權期間越長。當法定最重本刑為死刑、無期徒刑者，追訴權時效為30年；法定最重本刑為一年未滿有期徒刑、拘役或罰金者，追訴權時效為5年。