本條例依行政院衛生署組織法第十七條規定制定之。

行政院衛生署疾病管制局 (以下簡稱本局) 掌理下列事項： 一、防疫制度之規劃及法規之研擬事項。 二、各種疫病之預防、控制、調查及研究事項。 三、疫病爆發之應變處…

本局設十組，分別掌理前條所列事項，並得分科辦事。

本局設秘書室，掌理文書、印信、出納、財產管理及其他庶務事項。

本局設資訊室，掌理本局業務電腦化之規劃、推展，並協同其他機關規劃推動全國性資訊運用等事項。

本局置局長一人，職務列簡任第十三職等，綜理局務，並指揮監督所屬人員；副局長一人至三人，職務列簡任第十二職等，襄理局務。 前項局長及副局長一人或二人，其職務得依醫…

本局置主任秘書一人，組長十人，職務均列簡任第十一職等；研究員十八人至二十人，職務列簡任第十職等至第十一職等；副組長十人，職務列簡任第十職等；室主任二人，專門委員…

本局設人事室，置主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理人事管理事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。

本局設會計室，置會計主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理歲計、會計及統計事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。

本局設政風室，置主任一人，職務列薦任第九職等至簡任第十職等，依法辦理政風事項；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。

本局應業務需要，得於全國重要地區、港口及航空站，設疾病管制分局。但以七個為限。 前項分局，置分局長一人，職務列簡任第十一職等；得置副分局長一人，職務列簡任第十職…

本局應業務需要，得設血清疫苗研製中心，置主任一人，職務列簡任第十一職等；其餘所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。

本局應業務需要，得設研究檢驗中心，置中心主任一人，職務列簡任第十一職等；中心副主任一人至二人，職務列簡任第十職等；中心主任、中心副主任，其職務必要時得由研究員兼…

第五條至第十一條所定列有官等、職等人員，其職務所適用之職系，依公務人員任用法第八條之規定，就有關職系選用之。 本局醫事人員，依醫事人員人事條例規定進用之。

本局為應業務需要，第六條所定研究員及副研究員員額中，必要時得比照專科以上學校教授、副教授之資格聘任；其退休、撫卹，比照教師相關規定辦理，並陳報本署核定。 本條例…

本局因業務需要，經本署同意，得設各種委員會；所需工作人員，就本條例所定員額內派充之。

本局辦事細則，由本局擬訂，報請本署核定之。

本條例施行日期，由行政院定之。 本條例修正條文施行日期，由行政院以命令定之。

本細則依行政院衛生署疾病管制局 (以下簡稱本局) 組織條例第十五條規定訂定之。

局長綜理局務，指揮監督所屬單位及職員；副局長襄助局長處理局務；其他各級主管人員各就其主管事務或奉命辦理事項，指揮監督所屬職員。