依照訴願法第1條、第2條及第52條可知，各機關辦理人民、各級地方自治團體或其他公法人提起的訴願事件，應設訴願審議委員會。訴願審議委員會為受理訴願機關的內部單位，負責訴願事件的審理，該委員會組成人員以具有法制專長者為原則。至於該會委員，由本機關高級職員及遴聘社會公正人士、學者、專家擔任；其中社會公正人士、學者、專家人數不得少於二分之一。

行政處分原則上不因提起訴願或行政訴訟而暫時停止發生效力或停止執行程序，但有法律特別規定時，可依法停止執行，或聲請行政法院裁定停止執行。例如稅捐稽徵法第39條第2項以提供擔保或繳納部分款項為停止執行的條件、行政訴訟法第116條聲請行政法院裁定停止執行。

受理訴願機關審理訴願案件，發現原行政處分違法或不當，本來應該將違法行政處分撤銷或變更，以保障訴願人的權益。但如果因此將導致公益的重大損害時，例外可以維持原違法或不當處分，改以賠償其所受損害的方式予以救濟，此即為「情況決定」。此可參考訴願法第83條規定：「（第1項）受理訴願機關發現原行政處分雖屬違法或不當，但其撤銷或變更於公益有重大損害，經斟酌訴願人所受損害、賠償程度、防止方法及其他一切情事，認原行政處分之撤銷或變更顯與公益相違背時，得駁回其訴願。（第2項）前項情形，應於決定主文中載明原行政處分違法或不當。」第84條規定：「（第1項）受理訴願機關為前條決定時，得斟酌訴願人因違法或不當處分所受損害，於決定理由中載明由原行政處分機關與訴願人進行協議。（第2項）前項協議，與國家賠償法之協議有同一效力。」

實體上決定代表實質審查，以訴願為例，訴願決定可分為不受理之決定、無理由之決定、有理由之決定(撤銷原處分、撤銷原處分另為處分、情況決定、變更原處分、命為處分）。其中，除不受理之決定屬於形式決定(亦即僅就訴願法第77條所規定之事項審查)外，其他為實體上決定，換言之，受理訴願機關實質審查訴願事件之行政處分是否違法或不當。

主要是針對課稅處分所提起的撤銷訴訟。即為了使課稅紛爭一次解決，受有課稅處分的受處分人，如果對於該課稅處分不服，依法經復查（由原處分機關作成復查決定）及訴願（由訴願管轄機關作成訴願決定）程序後，仍不服時，是以該課稅處分、復查決定及訴願決定三者作為提起行政訴訟的共同爭執對象，也就是在行政訴訟上是將該3個處分視為1個統一的行政決定，使其一併接受行政法院審查，如行政法院認為人民主張有理由時，係將三者一併撤銷或變更。與原處分主義相對的是裁決主義，其認為在行政訴訟中所得爭執及請求撤銷的對象只是復查決定及訴願決定，而不及於最初的課稅處分。 例如：人民對於稅捐稽徵機關補徵所得稅新臺幣予300萬元的處分不服，提起的復查及訴願，均遭決定駁回，就是都維持原課稅處分的認定，人民可以該課稅處分、復查決定及訴願決定作為共同爭執對象，向行政法院提起撤銷訴訟，請求行政法院將該三者均予以撤銷。

行政處分或決定，原則上不因提起行政訴訟而停止執行。但是，於行政訴訟繫屬中或行政訴訟起訴前，如果可以預期處分或決定的執行，將發生難於回復的損害，且情況緊急，非即時由行政法院予以處理，則難以救濟的話，則例外可以依受處分人或訴願人的聲請，由行政法院裁定停止執行。不過，若對公益有重大影響，或原告的訴訟在法律上顯然無理由的時候，仍不可以停止執行。 (參照行政訴訟法第116條)

原告起訴後，針對訴訟當事人、訴訟標的或訴之聲明提出新的主張，並與原有的主張合併。 例如：原告提起撤銷訴訟，請求法院判決撤銷訴願決定及原處分，訴訟進行中再主張被告機關應合併給付損害賠償，追加訴之聲明，請求法院判命被告機關應給付新臺幣5萬元的賠償。

又稱人的不可分，是指訴訟行為之效力及於其他共犯。刑事訴訟法有所謂告訴不可分原則，就是指在告訴乃論之罪，告訴人對於共犯之一人提出告訴者，其效力會及於其他共犯。例如，在丈夫外遇，妻子對小三提出通姦告訴時，告訴的效力也會及於丈夫。如果妻子不願意對丈夫提告，就只能對丈夫的部分撤回告訴，而不能在提出告訴的時候，聲明只對小三而不對丈夫提告，因為這樣的聲明在法律上是沒有效力的。

案件經檢察官向法院起訴或聲請簡易判決處刑後，只要起訴或聲請處刑罪名的法定刑不是死刑、無期徒刑、最輕本刑三年以上有期徒刑的案件，也不是由高等法院管轄的第一審案件，在第一審言詞辯論終結或簡易判決處刑前，檢察官和被告可以就被告願意接受的刑度或願意接受緩刑的宣告、被告向被害人道歉、被告支付相當的賠償金、被告向公庫支付一定的金額等事項進行協商，經雙方達成合意，而且被告也認罪，就由檢察官聲請法院依協商合意內容來判決，這個程序就叫做協商程序。

對於行政機關作成的訴願決定、行政處分，或法院作成的民、刑事及行政訴訟裁判等，表達不服，並按法定程序尋求救濟。 例如：提起行政訴訟、訴願或提起上訴、抗告、再審等。