實體上決定代表實質審查，以訴願為例，訴願決定可分為不受理之決定、無理由之決定、有理由之決定(撤銷原處分、撤銷原處分另為處分、情況決定、變更原處分、命為處分）。其中，除不受理之決定屬於形式決定(亦即僅就訴願法第77條所規定之事項審查)外，其他為實體上決定，換言之，受理訴願機關實質審查訴願事件之行政處分是否違法或不當。

刑事訴訟法第131條之1規定，受搜索人可自願放棄憲法保障的隱私權、財產權、居住權等基本權，同意接受搜索；此時執行人員只要出示證件，並將同意意旨記載在筆錄中，就無須使用搜索票；當受搜索對象為犯罪嫌疑人以外的人，就稱為第三人同意搜索。

交通行政訴訟是針對不服道路交通管理處罰條例所為裁罰所特別設計的行政訴訟程序，規定於行政訴訟法第237條之1至237條之9；如未有特別規定者，則準用行政訴訟法簡易訴訟程序之規定。 相較於行政訴訟簡易訴訟程序，交通行政訴訟具有以下特色：（一）提起違法裁決撤銷訴訟，應於裁決書送達後三十日之不變期間內為之。（二）起訴之裁判費，按件徵收裁判費新台幣（下同）300元，上訴則按件徵收750元，遠低於行政訴訟簡易程序裁判費徵收標準，即按件徵收2,000元、上訴按件徵收3,000元。（三）放寬管轄規定，不採原則上由被告機關所在地法院管轄之規定，使違規地、原告住、居所地地方法院行政訴訟庭亦有管轄權，使原告有起訴時有更多選擇。（四）無庸經訴願程序，即得針對被告機關的行政處分提起撤銷訴訟。被告機關於收受起訴狀繕本後，應重新審查原裁決是否合法妥當。（五）得不經言詞辯論而為裁判。（六）原告為自然人時，其配偶、三親等內之血親或二親等內之姻親；原告為法人或非法人團體時，其所屬人員辦理與訴訟事件相關業務者，雖非律師，經審判長許可，亦得為訴訟代理人。

訴願之程序標的，是指在訴願程序作為訴願對象之行政行為或狀態，包括行政處分或應作為而不作為之狀態（訴願法第1條第1項、第2條第1項）。行政訴訟之程序標的，是指在行政訴訟程序上作為訴訟爭議對象之事項或行為，例如：撤銷訴訟之程序標的是系爭被爭執的行政處分（行政訴訟法第4條第1項），確認行政處分無效之訴訟，其程序標的是系爭被主張無效的行政處分（行政訴訟法第6條第1項）。

對於課稅處分的撤銷訴訟，行政法院的審查對象是原告在復查程序中所爭執的行政處分違法事由，至於原告於復查程序中未爭執的部分，則不在法院審理範圍。相對於此，納稅者權利保護法第21條規定：「納稅者不服課稅處分，經復查決定後提起行政爭訟，於訴願審議委員會決議前或行政訴訟事實審言詞辯論終結前，得追加或變更主張課稅處分違法事由，受理訴願機關或行政法院應予審酌。其由受理訴願機關或行政法院依職權發現課稅處分違法者，亦同。」則是採取總額主義，行政法院審查的範圍不限於原告在復查程序中提出的違法事由。

案件經檢察官向法院起訴或聲請簡易判決處刑後，只要起訴或聲請處刑罪名的法定刑不是死刑、無期徒刑、最輕本刑三年以上有期徒刑的案件，也不是由高等法院管轄的第一審案件，在第一審言詞辯論終結或簡易判決處刑前，檢察官和被告可以就被告願意接受的刑度或願意接受緩刑的宣告、被告向被害人道歉、被告支付相當的賠償金、被告向公庫支付一定的金額等事項進行協商，經雙方達成合意，而且被告也認罪，就由檢察官聲請法院依協商合意內容來判決，這個程序就叫做協商程序。

依照訴願法第1條、第2條及第52條可知，各機關辦理人民、各級地方自治團體或其他公法人提起的訴願事件，應設訴願審議委員會。訴願審議委員會為受理訴願機關的內部單位，負責訴願事件的審理，該委員會組成人員以具有法制專長者為原則。至於該會委員，由本機關高級職員及遴聘社會公正人士、學者、專家擔任；其中社會公正人士、學者、專家人數不得少於二分之一。

人民因國稅或地方稅之課稅、退稅、滯納金、利息、滯報金、怠報金、短估金等金錢給付、不當得利之返還請求、租稅優惠、實物抵繳、稅則核定、罰鍰、沒入或其他種類行政罰等，所提起的行政訴訟事件（財政收支劃分法第8、12條）。 例如：臺北市稅捐稽徵處核定甲應繳納房屋稅新臺幣60萬元，甲不服，經過復查及訴願的救濟程序後，以臺北市稅捐稽徵處為被告，向臺北高等行政法院提起行政訴訟，這個案件即稅務行政訴訟事件。

因為第三人或行政機關與行政訴訟的原告或被告有一定的關係（如訴訟標的必須合一確定；有法律上利害關係等），經行政法院依職權或依聲請以「裁定」命該人或機關參與行政訴訟（行政訴訟法第41條、第42條及第44條第1項），或依行政訴訟法第44條第2項之聲請被行政法院駁回前，該人或機關即參加人。依照行政訴訟法第41、42、44條規定，訴訟參加的類型共有3種：必要參加、獨立參加及輔助參加。 例如：甲針對乙的專利權提起舉發，經經濟部智慧財產局（下稱智慧局）為「舉發不成立」的行政處分（審定），甲不服提起訴願，但訴願被駁回，甲向智慧財產法院對智慧局提起行政訴訟，此時甲是原告，智慧局是被告，智慧財產法院依行政訴訟法第42條第1項規定，裁定命乙參加這件行政訴訟，參與訴訟程序，乙就是參加人。

行政處分原則上不因提起訴願或行政訴訟而暫時停止發生效力或停止執行程序，但有法律特別規定時，可依法停止執行，或聲請行政法院裁定停止執行。例如稅捐稽徵法第39條第2項以提供擔保或繳納部分款項為停止執行的條件、行政訴訟法第116條聲請行政法院裁定停止執行。